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1、1.研究相互作用蛋白质组学的意义？蛋白质很少单独发挥其功能，通常都是多种蛋白质形成复合物起生物学作用，全球范围内蛋白质-蛋白质相互作用的研究，也就是所谓的相互作用组学已经成为非常重要的现代分子生物学。蛋白质是所有细胞的重要组成部分，大多数细胞行使功能时蛋白质之间的相互作用是必不可少的。如基因转录，细胞周期调控，信号转导或监控过程中等的基本过程都依赖于正确的功能蛋白质复合物。“后基因组”时代的重要里程碑之一是功能注释的基因组数据的积累。蛋白质形成时的干扰或对组织内蛋白质复合物的干扰，往往会导致细胞功能障碍，最终导致疾病。而且,在不同的组织和细胞中,蛋白质复合物的组成并非一成不变,为适应细胞生长的
2、微环境变化,蛋白质复合物的各组成成分还存在着时间和空间的表达差异性。因此,在组织或细胞中众多蛋白质协同发挥生理作用的过程中,蛋白质复合物的组成分析尤其重要，这也进一步要求我们充分揭示一个细胞或组织中完整的蛋白质-蛋白质相互作用网络蛋白质相互作用组。 2.相互作用蛋白质组学的研究方法有哪些? 答：生物化学方法：免疫共沉淀法；亲和层析法。 遗传学方法：yeast two-hybrid;Protein-fragment complementation assay(PCA);Membrane yeast two-hybrid(MYTH);Resonance-energy transfer (RET)
3、systems包括FRET、BRET、 BRET-FRET(SRET)、TR-FRET和FRAP;luminescence-based mammalian interactome mapping(LUMIER);The mammalian protein-protein interaction trap(MAPPIT) and its variants(Array MAPPIT、MASPIT和Reverse MAPPIT);Phage display;Protein microarrays 。酵母双杂交蛋白质的片段互补分析（PCA）;膜酵母双杂交（MYTH）;共振的能量转移（RET）系统包括F
4、RET，BRET，BRET，荧光共振能量转移（SRET），TR-FRET和FRAP;基于发光的哺乳动物相互作用组的映射（LUMIER）;哺乳动物的蛋白质 - 蛋白质相互作用的陷阱（MAPPIT）及其变种（的阵列MAPPIT，MASPIT和反向MAPPIT）;噬菌体显示屏;蛋白质微阵列。3.与传统蛋白质相互作用研究方法相比，相互作用蛋白质组学的优势在哪里？答：相互作用蛋白组学技术可以在生理条件下获得与靶蛋白相互作用的蛋白质，候选蛋白质与靶蛋白的结合机会均等；灵敏度高；鉴定出在空间上非直接物理相互作用的蛋白质，避免假阳性出现；检测多亚基蛋白质之间的相互作用；能适用于大规模蛋白质相互作用的研究等。传
5、统方法由于其粗糙性和经济承受能力HTP互动目前可用的数据仍然是基于经典的Y2H。虽然它最近已表明，Y2H网络提供高品质的二进制交互信息，但该方法具有的固有的局限性，如收缩相互作用的核和使用酵母作为宿主系统。而现在的方法是以酵母系统为基础，应用哺乳动物系统，因此提供了一些优势，并且，他们往往是技术上的挑战，而不是扩展到HTP格式。如的PCA，RET为基础的方法或MAPPIT操作方法在哺乳动物细胞中，它可以补充耦合质谱方法（AP-MS）。这是经常选用的方法，因此HTP PPIs类药物的研究被广泛使用的亲和纯化。虽然AP-MS需要相对严格的生化隔离的蛋白质复合物，但它可以适用于宽范围的细胞类型。随着
6、相互作用蛋白质组学的成熟可以有更多新颖的发现，也可以使我们更好的了解细胞内蛋白质之间的相互作用。1.基因芯片在医学中有何应用？（1）发现新基因（2）基因表达分析（3）DNA序列测定与序列间比较（4）突变体和多态性的检测（5）疾病的诊断。（6）药物研究的重要技术平台，大量应用与耐药性检测、药物靶点寻找、高通量的药物筛选、药物作用机制和毒理研究等。2.基因芯片的使用应注意哪些问题？根据研究课题的需要来选取相关基因芯片。基因芯片的数量：每实验组应最少有56块基因芯片才具有统计学意义。利用基因芯片时必须了解在什么时间取材和取什么组织进行检测的问题。在什么时间取材需要研究者根据相关文献和实验目的而定。取
7、材时应注意不要将无关组织带入实验材料中，以免影响取材的准确性。组织的取材量由组织类型和基因芯片的一次成功率决定。不能单凭基因芯片检测结果而对不同表达的基因之间的关系做出结论。随着蛋白芯片技术的发展，将基因芯片技术与蛋白芯片技术结合使用，可提高实验结果的可靠性和准确性。可采用与基因芯片公司合作的方式进行，在合作中，应就实验的设计等问题与基因芯片公司协商。避免由于实验设计等原因导致实验的失败。同时，应与基因芯片公司签订有关合同，明确双方的义务和责任。3. 基因芯片有哪些优点和缺点？优点：检测效果：准确、可靠、灵敏。检测方法由由荧光扫描仪检测，计算机自动分析，方便、快捷。成本低。与传统诊断区别：直接
8、以病理基因（致病基因、疾病相关基因和外源性病原生物基因等）为分析对象。可以一次性对样品大量序列进行检测和分析。缺点：技术成本昂贵、复杂、检测灵敏度较低、重复性差、分析泛围较狭窄等。 中枢神经系统(CNS)结核特别是结核性脑膜炎(TBM)是结核分枝杆菌(M.Tb)感染最为严重的形式，尽管近期在抗结核治疗方面取得了一定进展，但是在感染的患者中一半以上会出现死亡或严重的中枢缺陷。CNS结核的决定性诊断取决于脑脊液（CSF）中M.Tb的检测。现在CNS结核的诊断依然是个难题，因为在TBM急性阶段广泛应用的细菌学检测方法的“金标准”（如直接涂片和细菌培养）在检测CSF标本中的M.Tb时敏感性并不高。与传
9、统的“金标准”不同, 最近多种分子学方法包括核酸扩增(NAA)分析技术，特别是聚合酶链式反应(PCR)分析法，已经作为一个诊断CNS结核的新兴方法浮现。因其有快速、敏感和特异的特点。此外，巢式PCR分析技术的革新值得关注，因为他能改进CNS结核的诊断。本文中，对最近的NAA方法，主要是PCR技术作一概述。1、 简介在美国，由M.Tb引发的CNS疾病特别是结核性脑膜炎(TBM)并不常见，占所有结核病例的1%左右。中枢神经系统(CNS)结核是结核分枝杆菌(M.Tb)感染最为严重的形式，尽管近期在抗结核治疗（ATT）方面取得了一定进展，但是在感染的患者中一半以上会出现死亡或严重的中枢缺陷。此外，由于
10、广泛传播的AIDS引起越来越多的免疫功能不全的的群体、逐渐增加的老龄化人群、免疫抑制剂的广泛应用等原因，使得TBM成为一个严重的临床和社会问题。因为CNS结核相对稀少且引起的中枢症状无特异性，所以其诊断有很大难度。对于TBM来说，针对结核进行准确快速诊断和早期治疗尤为重要，否则会导致预后不良和长期的神经方面的后遗症。然而，M.Tb传统的基于细菌学的金标准检测法包括直接涂片进行抗酸染色（AFB）和细菌培养不能对其进行早期诊断，因为敏感性较低且培养时间过长（4-8周）。 最近，用各种分子学方法，包括NAA分析技术，特别是PCR分析方法用于检测CSF中M.Tb DNA已经作为一个诊断CNS结核的新兴
11、方法浮现。因其有快速、敏感和特异的特点。许多学者认为虽然不同的实验室和每种类型的检测方法之间的PCR敏感性有着显著差异(6583%)，但是不能用PCR法检测CSF中的M.Tb DNA。而且，有报道将巢式PCR法作为检测CSF中 M.Tb DNA的强效方法。与传统的单级PCR相比，这种新方法可显著增强DNA扩增的敏感性和特异性。然而，由于其步骤繁琐耗时且有较高的交叉污染的风险，所以用巢式PCR检测CSF以诊断TBM还有待于改进。目前，常规诊断实验室检测用实时PCR法。除了进行常规的定性分析，实时PCR以其高度复制性使精确定量分析成为可能。 本文作者聚焦与NAA分析技术特别是PCR法的最新进展，并
12、对期刊中和临床上关于CNS结核诊断的演进作一概述。2、 结核的全球流行病学负担2007年，据世界卫生组织(WHO)统计每年会有9.27百万活性结核新增病例，这导致每年约1.6百万人死亡。结核依然是一个世界性负担，在不发达国家和发展中国家有大量新增病例。实际上，在结核发病率上印度、中国、印度尼西亚、尼日利亚和南非依次位列第一到第五位。在80%的新增病例中，像贫困、过度拥挤、营养不良和免疫系统功能不良等社会和人口统计学因素在其世界范围内流行起重要作用，而余下的20%结核患者与撒哈拉以南非洲中的HIV有关。在2007年新增的9.27百万病例中，约有1.37百万(14.8%)HIV阳性。CNS感染是结
13、核最为严重的感染形式之一。在美国针对肺外结核进行的大范围流行病学研究中CNS相关的病例占总肺外结核的5-10%，与2010年CDC新进估计的5.5%（CVS结核占总结核病例的1.2%）相近。在CNS结核最大的前瞻性流行病学研究中，从加拿大收集的1970-2001年间82764个结核病例中，CNS结核的发病率接近1.0%。然而，尽管在像美国这样的发达国家中结核病例的总数量在减少，但是，有报道表明肺外结核所占比例在渐进式增加。造成这一现象的原因在于近年来免疫功能不全患者的增加和HIV/AIDS流行率的盛行。此外，尽管结核的基于人口的总死亡率较低且正在减少，但是已有研究显示伴有肺外结核（包括CNS结
14、核、TBM和传播性疾病）患者的死亡率会显著增加现已确认几个引发CNS结核的风险因素。年龄（儿童成人）和合并HIV感染的患者均属患CNS的高风险因素。其他危险因素包括营养不良、近期小儿麻疹、酗酒、肿瘤成人免疫抑制剂的应用和社区流行的疾病。发达国家中有研究表明在CNS患者中，外国出生的个体（即出生于发达国家以外国家的人）呈现出更高的患病率。3、 CNS结核的现行诊断方法现在，CNS结核诊断依然是一复杂问题，因为像直接涂片抗酸染色和M.Tb培养等广为应用的传统的细菌学检测方法不能快速检测出CSF标本中的M.Tb，因其在TBM急性阶段敏感性较差。考虑到CNS结核的预后和长期神经后遗症，其急性阶段的快速
15、准确诊断和早起开始ATT治疗显得尤为重要。基于微生物技术进行的传统的“金标准”在诊断TBM时敏感性较差且不能及时得到结果，而临床要求诊断方法要更为敏感、快速、精确。现已有应用于结核病呼吸道标本的检测技术，从这些技术中抽出几个基于分子的方法对CNS结核进行诊断，这种做法是否合适仍处于评估阶段。这些技术包括商品化的NAA法和其他PCR类方法。此外，像磁共振成像（MRI）等神经放射成像技术的应用显著提升TBM和结核诊断的准确性。最近，有大量应用神经放射成像技术评估CNS结核的报道。公认的TBM神经放射方法用于基础脑膜强化、脑积水和幕上脑实质和脑干梗塞的诊断。而且，通常认为脑内结核瘤强度有高有低。伴有
16、不规则壁的圆形或分叶状肿物，并且调节对比度后呈均质或环状增强。然而，当只用神经放射成像技术时，无法区分结核瘤和其他想像真菌颗粒这样的脑内集聚性损伤。因此，我们认为是基于分子学的技术和神经放射成像结合的方法是有发展前景的方法，在诊断TBM和结核性肿瘤中非常好，而不是伴或不伴有经典的细菌生物学技术的神经放射成像技术。肺结核的研究和治疗4、 PCR技术的最新进展诊断M.Tb的NAA法是通过对来自痰液或CSF等临床标本进行M.Tb的DNA或RNA提取和扩增，以检测是否含有结合杆菌。PCR技术是典型的DNA扩增方法。鉴于PCR分析技术的最新成就和进展，在这部分，我们对其原理做一概括。4.1PCR的基本原理图1简要阐释了PCR的基本原理。从根本上说，PCR分析技术依赖与热循环，包括重复加热和冷却以
