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1、新版 Pubmed 检索攻略日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路 【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早！【基 金专栏】国自然等各项基金独到经验见解【SCI专栏】从开 始到接收全程tips【实验技能】这么棒快告诉你老板！关 注我们，为您的科研路提速 第一章 PubMed 概述笔者最近接到很多同学的微信，说希望看到 pubmed 的 搜索教程，然后就在网上进行了检索，发现网上的教程都是 老版的pubmed，比方还有limit按钮等等，其实pubmed改 版之后已经变得更加简洁，就行百度搜索框一样，只有一个 框和go。而以前的5个功能按钮早早已经删除，在你搜索结 果中才可以显示，在我们搜索的
2、左侧。那么下面我们就开始 学习学习pubmed的搜索技巧吧！我看到很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索 框里输入一个关键字，然后按一下Go按钮这样一种单一原 始的检索方式。虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以 得到令人满意的信息，但对于另一半情况，就没有那么幸运 了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的无用信息 中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。令人费解的是，很多医务工作者宁可在每次检索时都花 上成倍的时间，却不愿花上几个小时的时间去认真研究PubMed。君欲善其事，必先利其器，PubMed就好似一把 功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发 射子弹，更重要
3、的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把 这把枪的功能发挥到及至。在以后的章节中，我们将逐步深入地了解PubMed，相 信通过这些章节的学习，我们可以真正熟练掌握 PubMed， 从而使自己的工作事半功倍。第二章 PUBMED 简单检索技巧 一在这一章里，我们将对如何应用 PUBMED 这一得力 助手检索文献，作以简单介绍。1直接检索。 当你打开浏览器，在地址栏内键入 :/ ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 或是百度 pubmed，就进入了PUBMED 检索系统主页。在靠近页面上部的地方，首先映入 我们眼帘的，即是供我们输入所需查询内容的检索框。这就 是改版之后的pubmed，是
4、不是非常简洁？在检索框中输入查询词，然后单击go按钮或按回车键，PubMed将会 自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检 索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：PROTEIN、 STRUCTURE、POPSET 等等。说到这里，很多人可能以为只需傻瓜式的输入几个字符 然后回车一敲便可万事大吉，其实不然。每个人搜索效率的 高低往往存在很大差异。在这里提供以下建议仅供读者参 考：明确你索要检索的关键概念及词语，即关键字；考虑到关键 字的类似说法，即有可能出现的同义词；通过限定 DATES,STUDY GROUP 等，精炼你的检索范围；
5、多向有经验 的人求教，因为不同的专业背景以及个人的差异，都有可能 形成不同的方法和技巧。2 通过布尔BOOLEAN运算来提高你的效率最常用的三种布尔运算即是ANDQR,和NOT。AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所 出现的位置在哪，只要他们都出现在索引文章的某一处，就 将其列出。而OR则是将出现至少一个关键词的文章列出，这种运 算在想将相似主题的文章罗列在一起时，十分有效。NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分 除去。但是在使用的时候要特别注意，会有可能将一些你所 需要的文章漏掉。比方当你的检索词为LEAD POISONING NOT CHILDREN时，除了会删除掉那些
6、仅讨论儿童的文章， 同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。3 PUBMED检索类型通常我们所要查询的单词类型大致可以分为：词语主题检索 这时我们在PubMed主页的检索框 中键入的是英文单词或短语大写或小写均可。然后回车 或点击Go，PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索， 并将检索结果直接显示在主页下方。例如：键入 vitamin c common cold后回车或点击Go， PubMed开始检索并将检 索结果显示出来。著者检索 当我们所要查询的是著作者时，在检索框中 键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓空 格名字首字母缩写，例如smith ja，然后回车或点击
7、Go， 系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。刊名检索 在检索框中键入刊名全称或MEDLINE形式 的简称、ISSN 号，例如：molecularbiology of the cell,或 mol biol cell,或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在 刊名字段检索，并显示检索结果。日期或日期范围检索 可以在检索框中键入日期或日 期范围，然后回车或点击Go，系统会按日期段检索，并将 符合条件的记录予以显示。日期的录入格式为YYYY/MM/DD ；如：1999/09/08也可以不录月份和日子，如：2000或1999/12。 检 索期刊子集辑检索的格式为检索词ANDjsubs
8、eta，如： neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种： Abridged Index Medicus有 120 种重要核心期刊、Dental 和 Nur sing。分别使用 jsubsetajsubsetd, jsubsetn 进行限定。这个功能非常实用，如果想入组比较高质量额文献，比 方核心期刊，这个时候实用期刊检索方式将会给你剩下很多 时间，比方，我们搜索neoplasm,直接搜索，一共出来了 2692727篇文献。如果我们限定核心期刊，那么结果只有 40238篇文献,这个工作量的差异对我们来说无疑是巨大的！ 大家一定要掌握。 检索带文摘的记录 检索的格式为：
9、 检索词 AND has abstract,如如: liver cancer ANDhas abstract。 要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE记录中没 有文摘。布尔逻辑检索PubMed系统允许使用布尔逻辑检索， 只要在检索框中键入布尔逻辑运算符AND, OR或NOT。 具体使用时要注意的问题,详见上第 2点所述。4如何处理检索结果当你点击GO或回车后，PubMed将会自动运行检索命 令,在屏幕的下方显示出符合检索要求的项目,并且在查询 框内保留原检索词。此时要注意的是符合检索要求的项目是 以SUMMARY简要格式显示出来的，就是列出作者，文 章题目,以及文章来源的一些信息
10、。在DISPLAY键后还可以选择别的显示格式，点击 DISPLA Y键后，系统按所选格式全部检索结果。那么如何批量保存文献呢？打开Summary下拉菜单项选择择其中一种格式，然后点击Save键；要保存特定记录 时，点击记录左边的选择框予以标记后，再点击Save键。使用浏览器的打印功能，即可把感兴趣的内容打印出 来。系统允许每页最多显示500 条记录。如果想打印成文本 格式，请先点击Text键，然后再打印。第三章PUBMED简 单检索实例在上一章里，我们已经对如何用PUBMED来查询我们感 兴趣问题的文献。在这一章，我们可以通过几个简单的实例 来具体熟悉PUBMED的用法。1明确所要检索的内容。
11、如果我们要查询的问题是维 生素C对于普通感冒的防治作用。首先我们应分析这一问题 中的关键词语，主要由维生素C，和普通感冒构成。即 VITAMIN C和COMMON COLD。2分析所要检索的两个相关词语的关系。根据我们的 日常生活经验，可以将两个关键词之间的关系定义为AND, 于是我们可以在检索框内键入VITAMINC AND COMMON COLD.，然后点击GO，进行检索。下面的画面即为经过上 面检索过程后所得到的相关文章。 3以上初步检索后 所显示的结果都以默认的 SUMMER 格式显示出来，在经过 对SUMMER的阅读后，我们可以进一步筛选文献的内容。 如我们感兴趣的是第二、三、五篇的
12、话，选中这几篇文献左 侧的方框。如果我们想要同时看到这几篇的ABSTRACT，在 Display Settings键后的下拉菜单项选择择ABSTRACT，然后 点击DISPLAY。即可看到所要结果。查看结果：第四章 PUBMED高级检索技巧高级检索技巧有两个入口：一是通过搜索前的 advanced 进入，就在pubmed首页搜索框的下面。这里三个高级搜索 选型： 1、是左侧的and or not选项，很简单，具体见 简单搜索步骤2.2、是搜索框选型，fieids，选择你需要选择的搜索范围。3、是index索引，以cancer为例，点击list，出现下列图内容，可以很方便的选择子方向，这个 选项
13、可以大大的提高我们的检索效率，缩小工作范围。 第二个功能入口就是我们搜索之后的界面，在左侧的选项。 还是以cancer为例，左侧出现了 additional filter，这里我们 可以把我们需要的内容进行筛选，比方我需要找到临床试验 类型的文章，就在article types中点击clinical trial，需要查 看最近 5 年的文章，就选择 publication data 5 years，等等。 这个功能可以帮助我们快速的筛选出我们需要的文章类型， 实在是好用的没话说啊！同时对于高级玩家来说，如果想要查看 pubmed 的检索 的详细内容，可以点击右下侧的search details
14、，点击see mo re,你将会看到pubmed的全部搜索信息，同时提供修改。以上就是pubmed常用的高级搜索技巧了，同时一些基 本的内容比方如何把文献导出txt，如何只查看title就比较简 单了，不再赘述。第五章谈MeSH Browser医学主题词浏 览器【何为MeSHMeSH其实是Medical Subject Headings的缩略词，即医 学主题词，是用标准化的医学术语来描述生物医学概念。NIH 的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标 引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题 词称主要主题词major topic headings，论述主题某一方 面的
15、内容的词称为副主题词。【那么为什么要使用医学主题词呢？我们先来看个比喻，如果有人问你感冒了吗？你会不会 答复没有啦，我只是有点着凉发烧而已呢？当然不会，因为 你知道感冒就是着凉发烧。但一个检索系统，如果你不告诉它的话，它就有可能不知道这一点。在期刊中，对于 同一个概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和 Neoplasm都是指肿瘤。当一个查询者希望查阅肿瘤和 diet（饮食）相关的文献时，他可能会输入Tumor,也可能输入 Neoplasm作为关键字，但其实这两者之间是没有区别的。 一个愚蠢的检索系统可能就认识不到这点，而像PubMed这 样的智能化检索系统就能够准确的意识到这点，从而不会
16、造 成检索结果的遗漏。如何使用如果你希望使用医学主题词进行检索，同样有两个入口。1、可以从PubMed首页上点击PubMed Ser vices下方 的MeSH Browser即可进入以下界面。2直接从搜索框内进入。扌巴pubmed的下拉框打开，在里面直接找到mesh 的选项。举例说明，如果你想要检索Neoplasms和bone的相关 文献，首先在 MeSHBrowser 的检索框内输入检索词 Neoplasms，然后点击Browse按钮。然后，我们再在MeSH浏览器内输入bone，按检索按 钮，系统会告诉你bone不是一个主题词，但它会自动将其 转换成主题词Bone and Bones，同样，其下方也会显示出其 定义及在树状等级结
