ctDNA在淋巴瘤诊疗中的全程应用

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1、Distinct biological subtypes and patterns of genomeevolution in lymphoma revealed by circulating tumor DNASci. Transl. Med . Nov 2016IF: 16.3背景1. 弥漫大 B 细胞淋巴瘤 (Diffuse Large B Cell Lymphoma, DLBCL) 是非霍 奇金淋巴瘤 (NHL) 中最为常见的类型。治愈率高,但是 30-40%的患者仍会复 发;2. 目前缺乏有效方法对患者进行风险分级评估并指导治疗。COO分类法 的临床应用潜力巨大,但是基于组织的分子表

2、达水平检测具有局限性 ;发主中心B细胞样(germinal center B ce-!ilce, GCB)DLBCL活化B细胞样activated B cell-likeP ABC3. 对于由滤泡淋巴瘤(Follicular Lymphoma, FL)转化而来的DLBCL,缺乏准 确的转化预测指标 。ctDNA:无创连续方法1. Panel 设计:recurrent SNV, Indel;breakpoints (BCL2, BCL6, MYC IGH);重链可变区 IgVH & 重链连接簇 IgJH2. 样本信息患者92例: 76 DLBCL (初诊/复发) + 12 FL + 4 其它 组

3、织活检76 份: 76 DLBCL血浆144 份: 45 治疗前 + 99 治疗后结果技术表现100%的肿瘤组织中检测到体细胞变异,中位突变个数为 134;TiJNW 与Fish相比,translocation的检出灵敏度为89%。产日關仃旧何|耐顷伽SEfli panBi n=*i)開忖mhGEmL: Conceiiuations of ctDNA were expressed in hiploid genome equivilents per mLhGE/mL = AF#CtDWAWniQ3.3 血浆中能检出组织中91%的driver突变; 52%的组织Non-driver突变能在血浆中检

4、测到; 检出率与分期和 ctDNA 浓度(黑色三角 )有关:当 ctDNA 浓度大于 5hGE/mL 时,血浆中能检出至少一个 SNV;基于CAPP-seq的ctDNA检测能够反应肿瘤组织的分子特征 结果监测lBgnlsGH窗科吕总ATumor PranBalmaii genotyping clDNA derecixmpHl SSABns1- 1 T5 I i I i - 一 嘶幕 1O.NDzl T i97KC46t S Cz G| f mergence ol 07K C4fi1 SI i tanca mulations:BTXC4A1S基于 CAPP-seq 的 ctDNA 检测能够实时监

5、测肿瘤的克隆进化和分子耐药结果预后疗前的ctD対矗沐度与DLBCL预后铝关的3个临床捲标 DH, WTVftlAnn乩ibor分期均显著相芜CovariJte nctDNA cone.ihGE/mL)Endo ntPFSOSP (Univariate)0.35P (Multivariate)0,0270,82dicMdiBiff*-pwoocnc心梢#%匸昭硕冋 /J*f-P.531PIfl31护:*卅尸liflHYVt*!佔K阿w!-GOODMO2 5&A3SWi(rJ 詡 icP iff* io*ir* io is1 io*MWP OOHAeanc 佃低 阿ctDNA可以作为一个独立的预后

6、指标结果复发对来自11名患者的30个CR期血浆和8个复发血浆进行CAPP-seq检测CtKL.Wetram end of ttscrapyIsanled bruiinr&upcs, *LLjrj.yi:P= a.DODS 国DN丸rwver 昨常阳 dlber Irealniml S 仙iDin-iULAonEF却 UHCkmCF4t MuiHiK?n l JWHin Lhifi UmniifriJ W 口内sq u :问根据样品的突变频谱,通过 Bayesian 方法分别计算归属 ABC 和 GCB 类别 的可能性并完成分类。力OOG 50 &?一 80 呂 suCL-taGC B (j?

7、= M)NorGCB M 二 32)ii i hi i on hiuhii ill oiimi mil min in(i mn min iiPaiisrit idnor 占之mpl 包总(n - 76)CAPPSeq dassificstionHns algonttim dasailicaiion-与临床分类的一致性接近到80%04DE20040 Ncn-GCBB CAPP-5eq 宁 00;,p_,jiOgD 真 Hans 制goiinmQTumor-cfefiried &GB Pion GCB subfype r - 24 ji = 17GCB-(n = 3- NaGCB | Ji = 2

8、-4)a 1QOO 2000 MG0avlromdusgncisWFF-Sq cias5i1caln conwrance IMzp-smadefined subtypefl GCBGCS = 21) Nan-GCB fl = 17)Sa mqMt lypFlpHR (9S Gl)i :TlimCM500 0030.53 沖.42-0-54)Plasma25O.K0.17 (0.25-0B9)C-APF-&eLBCLfl* = 7H 8rt1 - 111DJ I1口店101110acP0.(J3P-O.COS-随访期血浆能够以更高比率的新增突变区分tFL;Bipay-frae tranfonna

9、tiwi pre网IcUonXnSPPPVNPVTransforming vs. non-83%89%91%80transforming FL (n二 El)Sil gms谄vity; Sp, specificity: ctDNA浓度能够从ntFL中区分tFL和rrDLBL; 通过 logistic 回归建模和 leave-one-out 交叉验证,血浆区分 tFL 和 ntFL的灵敏性和特异性分别达到83%和 89%。Sot id clrtfe-; luffrar tiopsiea Dashed cnw: luinor not txidps:囲1,匚忠盼,CABDiiFI1445HF附5423?831%l BCL-PM旧HQ119Dr/CREBBPCAmi 1rR1446HF1t5l 7(3%LBCL?-户胁JtGHk(s119D A

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