知道引物获取序列

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1、以陈坤教授 2005 年在中华流行病学杂志上的文章为例,文献中只列出了基因名称、位 点信息及所使用的引物。m” 盒和鼎 紅忑盘命熄阳 $样玉 *疔廡t PA以自器ic询A康抑旺”电,図玄1、宓代K書図字古性勺越直离Itir啟J 舷11肉工&, #a杲用”&iw比底业fFcm-讯饶陸甘朿检應家主ttcHFuri.尊以或宦檢4世 MSitAUCftJAfX H?H余苗鲨术,ttH mfi CftC亚習和Wit黨甘.R切曲色景曲如KltH r FFIA: HMTiV F YF1 7MI/A J Jlfi UiQtJt: fil Lfllft .T iti.ftJtfL.JtirUttSft wt a

2、f., l w.M 11 和.;$ i- w“ i. wrm 障sa 型 i j A .J iffi a fl #* 11 A4 ; i * .v,i代谢酶堆因多态性与结直肠癌 易感性关系的病例对照研究124 I.J. DMA片ftT4A不存在切位点。(j .; CYP2L1 恭固 II259说(他 1 )和-HI19C (Nm T也点爭虑性分折:采由PCR HI- LP分折 方ti,引物.序也対 常-CCA GTC GAG TCT ACA rrT(, TCA-.)h 和 S-ITC AJ-:- LG 1CT TCT AAC TGG-3 FCR 反:益条杵 3 9+r 预蛮性5 rnin.u

3、,T 95V 30 s6t 3U Q 72V. 60 站行 3U 牛循坏陆 7?T延忡* min,FCR反应严牺10 h诃井別脛限创 1 人r-t 1 利 J?也 I ftPJ h-1259C 经丹r 1 鮮切 为 290 J20 l.? DNA 片 El,-IOJ9C R 池 1.聘切肖 州Q、旳 h? rNA RE,UJGSTMl科iTTl型陷型抄帝朋用爭正首先进入到 NCBI 的 Entrez Nucleotide 数据库,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore点八、击左下的 BLAST 链接,进入序列比对界面。IhrkxBTJ A.knffc -c * i

4、e*tik.cct *ric*7,nJAil JCU 1 mm-mM Ehnd wMd keAtviirfn1 irtrfiftfiEwriFibcw Mfbwr iTwt.Tlw ww?IKMIKTUMMi LhlhlLtO / EU5r: Ivie IieiI iliFMrTR .tiirria Ini VirAmq Iltitvi Exnliar匸点击左下nucleotide blast,将文章所列上游引物CCAGTCGAGTCTACATTGTCA放入 Enter Query Sequence框内,点击下方的BLAST按钮,即可进行该引物的基因序列比对。首 先给出基本情况,如21个碱基,

5、还有图示(Graphic Summary)等。I|* ffiWip:沪力 Mt呻 Hr* 11|I七還 - KH !&p下拉观察图示部分,色彩表示得分的高低,黑色得分最低,本比对中可见蓝色是最高分, 表示配对非常好,点击其中一个蓝的线条,则可看到其具体信息,刚才输入的引物序列也在 其中,可见 21 个碱基与比对基因序列完全吻合,同时也能看到你所研究的基因名称,这两 项可以用来检查比对出来的基因是不是你想要的。收集其中的关键信息,就是引物在这个基因中的起始位置为6573423。用同样的方法将下游引物进行BLAST,同样获取其在所研究基因的位置信息(终止位置)为6573835。此时可点击此页面引物

6、序列上方显示研究基因名称的链接 cytochrome P450, family 2, subfamily E, polypeptide 1,即可进入到该基因所在染色体基因组的页面,注意右边Change Region Shown,可将刚才获取的上下游引物在基因中的位置信息填入其中,点击Update View, 下拉,即可获得上下游引物之间的序列。HornactvoniMDnia 10 nanomic contig GftLhJTprwnqry -aFteirbiy* Rrl p-ni-li Ikif ncmu n:-mem I r-!rBir r-T*. iMifj I rnmn rapl fi

7、t . t qi- a gct t c a a a a c =-眾鷲MCFf32S;?a 9 Q c T c a I G 0 - c c Qzgcoc c A I a - c -Q * a c a a9 c c * c a tu e a ci c 0 tT D uta 9 G - - a 9 0 * a & 9 9 a 匸匸 9 p U U 匸 A eorco t * o t c a Q a c t a c t t t a a * G * a 9 - a 0 A s - a Q ccs “ 5 u “*;峨 H WJ和|Liimyis-纭血坤wiwTh三此时可以再看一下上下游引物是否是此序列 的头和尾,以检查此序列是否为你所需。另 外,显示此序列长度为413bp,而文献中显示 为410bp,此也正常,可能存在基因的缺失或 插入现象。

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