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1、如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1. 超级结构、简化线性分子式和化学反应式1.1 目标本章讲解如何画更为复杂的结构,主要讲解的两个内容是:二维(2D)优化和三维(3D)优化。 如何利用2D优化和清理(Clean) 工具功能画环烷烃和氨基酸； 如何将化学结构式转化成简化线性分子式(SMILES),如何做相反的转化； 如何用3D Optimization 优化工具画2,2,2环己烷, 三蝶烯(triptycene),立方烷(cubane)和C20球碳结构(dodecahedrane)的3D优化结构； 如何画化学反应式。1.2 2D优化清理功能(C
2、lean) 可以理解为2D的优化。例如：可以重新画和调整大小，以使所有键长和键角符合标准。使用该功能，可以很容易地画出完美的结构。下面给出一些实例：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1.2.1 创建环烷烃结构 下面是如何画环壬烷：1. 在原子工具栏（结构模式），点击碳原子。2. 在结构工具栏，选择画链工具(Draw chains)，并在工作区画出9个碳的链。注意游标显示着链中原子数。3. 在结构工具栏，点击上下翻转按钮结构就被颠倒了：4. 点击鼠标右键，选择通用画图工具(Draw Normal)，由一个原子拉到另一个原子，以建立连接的键。如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!5.
3、点击清理结构键(Clean Structure)得到如下结构：1.2.2 画环形的缩氨酸1. 在结构模式下进行操作。2. 在模板窗口切换到氨基酸的标签下，可以从打开模板窗口按钮中找到模板窗口。3. 从氨基酸系列中选择酪氨酸（Tyr）在空白区点击导入结构。4. 从原子基团表中选择Alanine丙氨酸和Tryptophan色氨酸，点击指定的原子，连接上相应的官能团。如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!提示：在固定基团到工作区前，可以按TAB键将结构翻转。5. 点击右键快速切换到选择/移动工具然后如下图将氨基拖拽到羟基上：6. 点击优化结构（Clean Structure）将得到如下结构：如果
4、您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1.3 简化线性分子式(SMILES Notations)ACD/ChemSketch可以将简化线性分子式( SMILES,全称Simplified Molecular Input Line Entry Specification) 转化为分子结构式,反之易然。1.3.1 创建简化线性分子式1. 在工具（Tools）菜单，指向生成（Generate）然后选择SMILES Notation命令。创建的简化线性分子式出现在结构式的下面：2. 可以按CTRL+C将其复制到Windows的剪贴板，通过菜单命令或CTRL+V粘贴到其他外部文件中。注意：如果有多个结构
5、式,不必分别选择每一个结构式,再转换成SMILE Notation,只要不选择任何结构式,点击SMILES后,所有的结构的如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!SMILE Notation将在一行显示,中间有一点隔开。1.3.2 从简化线性分子式创建结构式 现在我们将进行相反的过程,将简化线性分子式(SMILES Notations)转化成结构式。1. 选择由前一节得到的线性分子式：2. 从工具菜单栏 ( Tools) 选择 Generate Structure from SMILES命令,结构式将出现。这个结构式与前面得到的相同。3. 若确实没有将线性分子插入到工作区或者分子没有被选中，
6、选择Structure from SMILES命令，在出现的对话框中可以手动输入线性分子：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!4. 点击OK。生成的结构以阴影的形式附着在鼠标下：5. 点击工作区置入结构。1.4 IUPAC国际化学标识分子式ACD/ChemSketch 可将结构转换成IUPAC国际化学标识分子式（IUPAC International Chemical Identifier），但是免费版不能将结构转成分子式。1.4.1 生成国际化学标识分子式我们将转换(1S)-1-(1H-咪唑-4-基)乙醇。1. 用已学的知识绘制如下结构：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!2.
7、在工具菜单，指向生成，然后选择InChI选项。在出现的对话框中，如图设置选项然后点击OK：3. 在工具菜单中，指向生成，然后选择InChI for Structure.生成的分子将出现在结构的下方：4. 用不同的选项来重复InChI分子的生成；在InChI Options对话框中清除Mobile H Perception 选项并选择Stereo Options下面的Ignore.将会显示如下的InChI分子：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1.5 3D优化讲述如何创建一个含有非标准角度和键长的结构。画这样的结构是很难的。3D优化和3D旋转使可以很容易完成。1.5.1 创建双2，2，2
8、环己烷结构1. 从选项菜单，选择参数设置，然后在出现的对话框中切换到结构标签。2. 在3D优化区，清除Add Hydrogens前面的复选框然后点击OK。3. 在参考工具栏或原子基团表中选择环己烷点击工作区置入环己烷环。4. 点击正常绘图并按照下面的图案使用拖拽绘制出烃桥：5. 点击3D优化即获得所绘结构的3D样式。6. 如果选项菜单下参数对话框中结构标签下的转换到3D旋转结构的复选框被选中，在3D优化后将自动转换到3D旋转模式。如果没有选中，点击3D旋转如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!。然后指向结构的任一原子或键拖拽到工作区上使其旋转到如下结构：注意: 从Options 菜单, 选
9、择 Preferences,再单击对话窗口的 Structure键，可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。可以改变交叉键的位置,具体做法是利用Tools 菜单键下的Bring Bond to Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1.5.2 创建三蝶烯结构在结构模式下进行以下操作。1. 使用上
10、节的技巧画出双2，2，2环己烷结构，或者使用模型窗口中相应的模型或者在上面的模板中选择双环中的合适结构。点击粘贴到工作区。2. 从参考工具栏或原子基团表中选择苯环。3. 指向a键进行点击以将苯环连接该键：4. 在b和c键上重复2-3的步骤将获得如下结构：5. 如果工作区的结构不止一个，使用选择工具 如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载! 中的任意一个来选中要进行3D优化的结构。6. 点击3D优化将得到所绘结构的3D样式：7. 如果转换到3D旋转模式的复选框被选中（结构标签下），3D优化后程序将自动转换到3D旋转模式，如果没有选中，点击3D旋转。指向结构中的任一原子或键拖拽到工作区即可。8.
11、 从工具菜单栏，选择Show Aromaticity来显示芳香环：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!1.5.3 创建立方烷结构在结构模式下进行以下操作。1. 由基团表中选择环丁烷，在工作区点击两次，生成上下两个正方形。2. 选择正常画图模式，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的角：3. 点击3D优化键，得到所要的3D模型。4. 选择3D旋转(3D Rotation)键。5. 将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它是需要的结构。1.5.4 创建C20球碳分子在结构模式下进行以下操作。1. 在原子团表中选择环戊烷，在工作区点击，放置该结构。如果您需要使
12、用本文档，请点击下载按钮下载!2. 在环的每个边点击，形成另外五个环：3. 点击鼠标右键，选择选择/移动工具。4. 通过拖动鼠标将原子a,c,e,g,i移动到原子b,d,f,h,j形成如下结构。 5. 在左边原子工具栏中选取碳原子，点击箭头所指的点：6. 通过拖动鼠标用单键连接甲烷基团，得到下面的结构：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!7. 点击3D优化键（3D Optimization)，得到所要求的3D模型。8. 选定3D旋转工具(3D Rotation) ，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为所期望的结构。1.6 绘制、标记和映射化学反应将说明如何绘制
13、化学反应和复杂化学图案的手动或自动绘制。1.6.1 绘制化学反应绘制如下反映图形：1. 从原子团表中Table of Radicals 选择苯环Benzene如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!。2. 按键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环翻转,然后在空白区点击,得到苯环,然后在苯环上的相应的位置点击,得到以下结构：注意：:当将几个结构画在一起时, 可以将光标直接点在即将连接的键上。3. 按住 键盘上的TAB键,将悬在光标上的苯环阴影翻转,然后点击空白处,右击鼠标,悬在鼠标上的阴影将消失：4. 点击常规画图工具 ( Draw Normal ),然后在一个独立的苯环的双键上点击,得到三键：
14、5. 按照 Section 6.4.2节中所讲的画出三将军结构如下：6. 从结构工具栏中,选择 Reaction Plus键，在以下两个结构之间点击,得到加号：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!7. 点击反应箭头键( Reaction Arrow) , 在反应物和生成物之间点击并拖动鼠标,得到箭头：注意: 点击 Reaction Arrow 键右下脚的三角,可以得到一系列的不同形状的箭头。一些箭头被视为图形模式的物体,所以不能正确地输出至其他文件。8. 如果要移动加号或者箭头,可以点击选择/移动键 Select/Move工具, 然后将光标指在要移动的物体上,拖动鼠标。1.6.2 标记化
15、学反应的条件学习如何在化学反应图形中添加实验条件：1. 在结构工具栏，点击反应箭头标签。2. 点击反应箭头调出编辑反应条件对话框。3. 在编辑反应条件对话框的上部方格中输入25然后在对话框的右边点击。如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!4. 在下面的方格中输入benzene苯。5. 点击OK关闭对话框。现在反应如下：1.6.3 映射化学反应此工具能够映射已有手工或自动绘制的反应。选择不同的颜色来区分自动生成和手动插入。1. 从选项菜单选择参数调出参数设置对话框。2. 转到反应Reaction标签，将手绘色Manual Mapping Color选为红色：3. 转换到结构Structure标签，将自动/手动编号色Auto/Manual Numbering Color设置为蓝色：如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!4. 点击OK，现在我们可以照样子开
