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1、FlowJoa件的简单介绍和基本应用Windows或者Mac系统下FlowJo是九十年代美国斯坦福大学LeonardHerzenberg（FACSM器的发明者）实验室研发的一款流式数据分析软件。这款分析软件功能强大，操作简单，易学易用，可在安装使用。它简单直观的操作平台，已被领域内的科学家、实验室广泛使用。同时，他也是各期刊杂志引用最多的流式数据分析软件。一、FlowJo电脑配置及安装环境PC:操作系统：Vista、Windows7内存：512MBRAM及以上MAC:操作系统：OSX10.3或更高版本内存：512MBRAM及以上安装环境：避免阳光直射，水平放置，远离水源、热源二、FlowJo3
2、本功能介绍1 .阶梯式设门：将细胞群之间的逻辑关系用简单、递进的阶梯式去呈现，一改传统复杂的逻辑门设置。并可以自定义细胞群名称，进而直观的显示细胞群统计值，让分析结果一目了然。如图732012442 m471J2K 61M 管毋 45,2%无 lymplioQles 3一?1，Hnnl（：, C M 旧* CM2.多种图像显示方法及显示类型：显示方法：它可以呈现为一维的直方图，二维图及三维立体图。一维图二维图如图三维图1.1. 种设门工具:设门是流式数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布的，是小概率事件还是集体事件，都可以很方便的界定各种细胞群。如图蜘
3、蛛门四分门矩形门、椭圆门、自动门4 .多种分析平台及工具：特殊的分析平台：细胞周期，细胞增殖，钙离子流量，反向设门等。独特的分析工具：门的批处理，样品的荧光补偿。5 .灵活方便的数据导出：无论是图形数据还是表格数据都可以用Ofice软件、Powerpoint或直接打印，输出的表格数据可保存为HTML,SQL等格式。FlowJo的基本应用：1.单标样本的分析方法：双击桌面Flowjo软件图标，进入软件工作台。软件工作台由菜单栏、工具栏、组空间和样本空间组成（见图1）。将要分析的数据组拖至组空间中，单击选中分析组（3colorcomp）,此时在样本空间里便会显示分析组里的所有样本。然后双击样本空间
4、中的样品（Cy5PE.fc,出现图形窗口（以二维点图的形式，见图二）。工刖刘历samplerJ lex如 oompX轴选择SSC（侧向散射），Y轴选择FSC（前向散射），然后选择设门工具（矩形门、椭圆门、多边形门、自动门）中任一种。如图三，用椭圆门选中要分析的细胞群。在图形窗口中双击选中的细胞群，生成新的图形窗口。在X轴选择CD4,Y轴选择Histogram,选择设门工具（区域门、双分门）中任意一个，在单参数直方图中设门。双分门设门如图四，左边区域为CD4阴性细胞，右边为CD4阳性细胞（见图五）23由/医r Sfgjfl x|M(l中十余画瓯t bS4E当就1 SPtlHOffrScMPL配加
5、 T 国将M有CD1+，t*T 11寸:。柏2/ROM 12jMXKOOO / MWCT KO.口Nm. =11;Ti KH i, 3WW WO-图四图五2 .图形的输出和保存：a.在单参数图上点击鼠标右键选择复制图片，可以吧图片粘贴到Word、Excel、PPT中。b.在图形分析窗口菜单栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另存为”，选择保存位置、命名文件名称以及文件保存类型。c.在Flowjo工作台单击打开布局编辑器， 在样本空间中把 CD4细胞的节点拖入布局编辑 器中，在布局编辑器中点击保存按钮， 在弹出的对话框中选择保存的路径， 名称及图片格式。 如图六、七所示：飞 2522 Fk
6、*b印卜支酢不用工而咨现上IL由 砺田图形布局编辑回画园画壮吟析I3 Al Samplesu 3COLOR.FCS u Cy5PE comp fcsCW CD4-323% 3%54.7%U PTC rnmpirc U PE t&mp.fcs50C0CEOCOCJ-n：50CDC30C0C图七图六3 .多色样本的分析方法：打开分析软件，将要分析的数据拖至工作台。在样本空间中双击要分析的样本，出现图形窗口，显示为二维点图。X轴选择FSC Y轴选择SSC然后选择多边形设门工具，在点图中选中要分析的细胞群（如图八），双击门出现图形窗口， X轴选择CD3, Y轴选择FSC使用矩形门选中CD3阳性细胞群，
7、并命名为 T细胞。双击T细胞门，出现图形窗口，在 X轴选择CD4,Y轴选择CD8,使用十字门设门（如图九），其中Q1区域为：CD8+,Q2区域为：CD8+/CD4+,Q3区域为：CD4+,Q4区域为：CD8-/CD4-,见图十。I肉曲 ”国 出图八国 青?.JG1Q国 畲囤 L 懦咕co* _国图九图十4.双指数转换：如下图，图中所设的门范围很小，但却显示里面的细胞比例高达35.1%,这说明有很多细胞压在了坐标轴上。这时可以在 X轴和Y轴点击坐标轴边上的 T按钮，在弹出的下拉列表 中选择“用双指数转换”，如图十一、十二所示：那巴堆物310-CD*4 0SUE JnnH-dEOaCump-PhE
8、ry aCD9图十一12301。1 口ID-0 0 7 0Comp-PhvEry: aCDS IS图十二注：双指数转换只是更改了数据呈现的方式，不会对数据本身做任何更改。5.批处理功能：a.样品的批处理：将一组数据重的标准品Sample1分析完成后，按住ALT键，在工作台中单击样品Sample1下的节点，将其拖到组空间的TitrationData组上，这样就对该组中的所有样本都进行了与Sample1样本中一样的设门和数据的统计。如图十三、十四:图十四b.图片的批处理：打开工作台常用工具栏中的布局编辑器将工作台中，将工作台中Sample1样本下的分析节点拖入布局编辑器，点击布局编辑器右上角的批处
9、理按钮“Batch如下图，便能得到图片的批处理结果。图十五四、注意事项：1 .二维点图的设门原则二维点图常用四分门来设门，四分门设门要根据阴性对照界定阴性区。根据细胞分群的趋势，四分门的界定线可设置阴性、阳性细胞的分群处。2 .多色标记分析说明多色样本分析在实验室中具有重要的地位，只要把多色的分析简化为单标记和双标记的分析，问题就会迎刃而解。例如：检测treg需要标记CD4CD25/FOXP3,可以用SSCvsCD4的二维点图，把CD4+的细胞圈出来。然后用CD25vsFOXP对二维点图，把CD25+/FOXP3+勺细胞表示出来。这样就可以把CD4+/CD25+/FOXP3+勺treg细胞辨别出来。上面的实例（多色样本分析方法）就是把三标的样本转化为两个二维点图进行分析的。
