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1、一、背景介绍简介：用密度泛函理论计算固体的电子结构。它基于键结构计算最准确的方案一一完全势能(线 性)增广平面波(L)APW)+局域轨道(lo)方法。在密度泛函中可以使用局域(自旋)密度 近似(LDA)或广义梯度近似(GGA)。WIEN 2000使用全电子方案，包含相对论影响。功能：计算固体特性。键能和态密度，电子密度和自旋密度，X射线结构因子，Baders的“分 子中的原子”概念，总能量，力，平衡结构，结构优化，分子动力学，电场梯度，异构 体位移，超精细场，自旋极化(铁磁性和反铁磁性结构)，自旋-轨道耦合，X射线发射 和吸收谱，电子能量损失谱计算固体的光学特性费米表面LDA，GGA，meta
2、-GGA, LDA+U, 轨道极化中心对称和非中心对称晶格，内置230个空间群图形用户界面和用户指南友好 的用户环境W2web (WIEN to WEB)可以很容易的产生和修改输入文件。它还能帮助用户执 行各种任务(如电子密度，态密度，等)。平台：Unix /linux二、软件的安装设置1、硬件环境Shanghai/Suse 10u22、软件版本Ver： wien2k093、安装Intel编译器 ifort/iccVer： 11.0834、安装 Intel 的 MKLVer： 10.1.2.0245、安装 mpich v1.2.7./configure -c+=icpc -cc=icc -f7
3、7=ifort -f90二ifort-prefix二/home/so ft /mpi/mpichT.2.7-i ntelmakemake install6、设置环境变量vi /.bashrc添加如下：#mpich#export PATH二/home/soft/mpi/mpichT.2.7-intel/bin:$PATH#intel compiler#./home/soft/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh./home/soft/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/iccvars_
4、intel64.sh #intel mkl#exportLD_LIBRARY_PATH=/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/:$LD_LIBRARY_PATH7、安装fftw库tar zxf fft w-2.1.5 .t ar.gzcd ff tw-2.1.5/export F77二ifortexport CC=icc./configure -prefix二/home/soft/mathlib/fftwv215-mpich enable-mpimakemake install8、创建编译目录进入安装用户目录su mjhemkdir /WIEN2k
5、_09cp WIEN_2k. tar /WIEN2k_099、将压缩包解开cd /WIEN2k_09tar xf WIEN2k_09. tar./expand_lapw10、编译./siteconfig_lapw其中几个编译参数需要修改：(可以参考如下)specify a systemLinux (Intel ifort 10.1 compiler + mkl 10.0 )specify compilerCurrent selection:ifortCurrent selection:icc specify compiler options, BLAS and LAPACKCurrent se
6、ttings:O Compiler options:FR mpl -w prec_div pc80 -pad -align-DINTEL VML tracebackL Linker Flags:$(F0PT)-L/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/ -pthread -i-staticP Preprocessor flags-DParallelmkl的库用静态的：R R_LIB(LAPACK+BLAS):/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_lapack.a/home/so ft/int
7、 el/mkl/10.1.2.024/lib/em6 4t/libguide.a/home/so ft/int el/mkl/10.1.2.024/lib/em6 4t/libmkl_core.a/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_em64t.a configure Parallel executionShared Memory Architecture? (y/n):nRemote shell (default is ssh) = sshDo you have MPI and Scalapack installed and int
8、end to run finegrained parallel? (This is usefull only for BIG cases)!(y/n) nCurrent selection: mpiifortCurrent settings: 采用静态库RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_intel_lp64/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_scalapack_lp64.a/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_sequential.a/ho
9、me/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_blacs_lp64.a/home/soft/mathlib/fftwv215-mpich/lib/libfftw_mpi.a/home/soft/mathlib/fftwv215-mpich/lib/libfftw.a -lmkl/home/so ft/int el/mkl/10.1.2.024/lib/em6 4t/libguide.a/RP RP_LIB(SCALAPACK+PBLAS): -lmkl_intel_lp64/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em
10、64t/libmkl_scalapack_lp64.a/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_sequential.a/home/soft/intel/mkl/10.1.2.024/lib/em64t/libmkl_blacs_lp64.a-L/datal/soft/lib/lib/ -lfftw_mpi -lfftw -lmkl/da ta1/so ft/int el/mkl/10.0.3.020/lib/em6 4t/libguide.aFP FPOPT(p.op tions): $(FOPT)MP MPIRUN commando:
11、 mpirun -np _NP_ -machinefile _HOSTSEXEC_Dimension Parameters该部分可以采用默认值，也可以设置为(4GB以上内存)PARAMETER(NMATMAX= 30000)PARAMETER(NUME= 1000)进入编译部分：Compile/RecompileA Compile all programs (suggested)主要在编译mpi并行版本的5个可执行文件时会出错，因此编译后需要检查以下文件是 否存在： ./SRC_lapw0/lapw0_mpi./SRC_lapwl/lapwl_mpi ./SRC_lapwl/lapwlc_mp
12、i./SRC_lapw2/lapw2_mpi./SRC_lapw2/lapw2c_mpi11、安装后设置./userconfig_lapweditor shall be: vi其余都回车修改.bashrc,注释以下这行：#ulimit s unlimited修改 parallel_optionssetenv WIEN_MPIRUN “mpirun machinefile _HOSTS_ np _NP_ _EXEC_”12、配置web界面用root用户打开apache服务service apache2 start在普通用户下执行w2web将打开7890端口作为wien2k的web界面13、算例测
13、试进行串行计算：以系统自带算例TiC为例: cd TiCmkdir TiCcp ./TiC.s truct .生成原子信息：instgen_lapw初始化算例：init_lapw - b计算：run_lapw可以看到程序的输出结果在*.output中，如有错误可以在TiC.dayfile中查询。 进行并行计算：测试并行环境是否设置：testpara_lapw测试算例计算状态：testparal_lapwtestpara2_lapw根据.machines文件不同决定进行k点或mpi并行计算：K点：granularity:ll:node31:l1:node31:11:node32:1 1:node
14、32:1lapw0:node31:2 node32:2extrafine:lmpi：granularity:ll:node31:21:node32:2lapw0:node31:2 node32:2extrafine:1计算：run_lapw -p14、采用作业调度提交作业cat wien2k.pbs# # Script for submitting parallel wien2k_09 jobs to Dawningcluster.# # Lines that begin with #PBS are PBS directives (not comments).# True commen ts begin with # (i,e., # followed by a space).#
