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1、分子模拟实验作业氢键络合物(文献)一、实验部分(1) 采用MM2方法计算TPA二聚体复合物的结构和结合能Ei 采用MM2方法计算TPA单体能量优化后构型图1.TPA单体经MM2Total En ergy: 5.5564kcal/mol 采用MM2方法计算TPA二聚体能量图2. TPA二聚体经MM2优化后构型Total En ergy: 3.9065 kcal/mol结合能 E1=-( 3.9065-2*5.5564) = 7.2 kcal/mol(2) 采用MM2方法计算Phe-Phe二聚体复合物的结构和结合能E?图3. Phe-Phe单体经MM2优化后构型Total En ergy: -2.
2、6281 kcal/mol采用MM2方法计算TPA二聚体能量（第一种）H图4. Phe-Phe二聚体经MM2优化后构型Total En ergy: -23.3587 kcal/mol结合能 E2= -( -23.3587 -(-2.6281*2)= 18.1 kcal/mol2.073?图5. Phe-Phe二聚体经MM2优化后构型Total En ergy: -27.9305 kcal/mol结合能 E2= - (-27.9305 - (-2.6281*2) = 22.7 kcal/mol(3) 采用MM2方法计算Phe-Phe-TPA二聚体复合物的结构和结合能E3。通过结合能的比较，验证与
3、实验结果E2 E3 Ei是否符合?采用MM2方法计算Phe-Phe-TPA二聚体复合物图 6. Phe-Phe-TPA 二聚体MM2优化后构型=10.0 kcal/mol结合能 E3= - (-7.0116-5.5564 -(-2.6281)E1= 7.2 kcal/molE2= 15.8 /22.7kcal/molE3= 10.0 kcal/mol15.8 10.07.2 即 E2E3Ei与实验结果E2 E3 Ei相符合(4) 设计出如图2所示的2TPA-2Phe四聚体复合物的结构并计算其结合能HHHHH%HHHHH2.090?-2.135?HH H2.080?图7. Phe-Phe-TPA
4、二聚体经MM2优化后构型图8. Phe-Phe-TPA二聚体等电子密度图(等值面值：0.005分辨率：51)Total Energy: -27.5377 kcal/mol结合能 E4= -(-27.5377-5.5564*2+2.6281*2) =33.4 kcal/mol二、实验心得与体会 本次实验进行了氢键络合物的模拟和计算，主要利用MM2方法进行优化和实 验数据的计算，使我对氢键的内涵有了更加深刻的认识，对建模的熟练度也有了 明显的提升。 建模是一个很关键的部分，氢键键长应该控制在1.8-2.0?之间，参与氢键形成 的原子尽量在同一平面内，尽量避免原子挤在一起，尽可能分散，这样有利于增 加优化的成功率，这样可以给优化提供一个很好的导向作用，增加优化的速率，以 免在计算时超出理论范围值。 氢键的H布置局限于O-H，N-H也可以参与氢键的形成，文献中做的内容就体 现了这一点，不同的结合方式会有不同的结合能，会使二聚体或多聚体呈现不同的稳定性。
