系统发育学论文

《系统发育学论文》由会员分享，可在线阅读，更多相关《系统发育学论文（20页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。

1、恩蚜小蜂属部分种类28S rDNA及CO1基因序列的分子进化和系统学研究专业：生物化学与分子生物学姓名：邢建晓学号：20141155摘要本文通过对恩蚜小蜂属部分种类28S rDNA及CO1序列进行分析，重建恩蚜 小蜂属的部分种类系统发育关系。使用ClustalX1.81对来源于Genbank上的27 种恩蚜小蜂属28S rDNA及CO1序列片段进行了同源性比较，并利用MEGA 5.0 软件计算碱基含量、颠换值、转换值、颠换比和遗传距离，采取相邻连接法、最 小进化法、最大似然法构建了恩蚜小蜂属的系统发育树。结果显示，恩蚜小蜂属 28SrDNA序列的保守位点为3,占总位点数的0.55%;序列变异位

2、点为53&简约信 息位点为536,占序列总位点的99.1%,转换数为113,颠换数为237,碱基的转换 主要发生在TC间，转换的频率是颠换频率的0.48倍，由此可以认为恩蚜小蜂属的 28SrDNA的保守性较强。恩蚜小蜂属C0I序列的保守位点为1,占总位点数的 0.15%;序列变异位点为680,占总变异位点的99.7%;简约信息位点为678。其中 转换数为99,颠换数为284,可见恩蚜小蜂属的C0I序列的变异率较高。关键词：恩蚜小蜂属28SrDNA系统发育AbstractThis article analysis 28S rDNA and C01 sequence of Encarsia,and

3、 reconstruct the genus part of phylogenetic relationships of Encarsia. Using ClustalX1.81 from of 27 Encarsia in Genbank compared 28 s rDNA and CO1 sequence fragments.The homology and MEGA 5.0 software is used to calculate base content,transversion value, transformation, transversion ratio and genet

4、ic distance.Taking the adjacent connection method,minimum evolution method, maximum likelihood method to construct the phylogenetic trees of the Encarsia.According to the results of Encarsia ,conservative sites of 28s sequences is 3,accounting for 0.55% of the total numbers;Sequence mutation loci is

5、 538, contracted and information site is 536, accounting for 99.1% of the sequence of total, convert the number is 113, Britain is 237, the bases of the transformation occur between mainly in TC, the frequency of transformation is a transversion of 0.48 times, which can be thought of Encarsia of the

6、 28s conservative is stronger. The Encarsia of C0I sequence of conservative sites is 1, accounting for 0.15% of the total numbers ;Sequence mutation sites is 680, accounting for 99.7% of the total variation sites.A simple information site is 678 which convert the number to 99. Britain is 284, Encars

7、ia genus C0I sequence variation rate is higher.Keywords: Encarsia 28SrDNA system development1前言-2-1.1恩蚜小蜂属分类地位-2-1.2序列比对-2-1.3系统发育树的构建方法-2-1.4本论文研究目的与意义-3-2步骤与方法 -3-2.1序列比对-3-2.2 计算遗传距离 -4-2.3序列特征分析-5-2.4系统发育树的构建-5-3结果与分析-5-3.1 28SrDNA序列的分析-5-3.1.1 28SrDNA序列核苷酸的组成-5-3.1.2 28SrDNA序列的碱基替换情况分析-6-3.2 CO

8、I序列的分析-7-3.2.1 COI序列核苦酸的组成-7-3.2.2 COI序列的碱基替换情况分析-7-3.3恩蚜小蜂属的系统发育分析-8-3.3.1用最大似然法(ML)建树-8-3.3.2用相邻连接方法(NJ)建树 -10-3.3.3用最小进化法(ME)建树-12-4小结与讨论-13-5参考文献-14-1前言1.1恩妍小蜂属分类地位恩蚜小蜂属（Encarsia Forste隶属于膜翅目（HymenopterM、小蜂总科 （Chalcidoidea、财小蜂科（AphelinidaQ，分布于世界各地。雌成虫外部形态 特征是恩赐小蜂分类的主要依据。恩蚜小蜂体浅色至深褐色或有斑纹。触角膝 状,8节，

9、索节3-4节，棒节2-3节，索节与棒节上有条形感觉器。前胸背板窄小， 中胸背板发达，三角片前突，小盾片宽大于长,通常具2对刚毛和1对板状感觉 器。中胸盾中叶一般具6-12根毛,呈对称排列。每盾侧叶2-3根毛，每三角片1 根毛，两三角片间的距离大于一个三角片长度。后胸背板窄。并胸腹节横向，中 间窄，两端各有一个气门。前后翅各一对,前翅亚缘脉较缘脉短，通常2根毛。 翅基室具4-10根毛。后翅窄小。足跗节5节,少数种类中足跗节为4节。产卵 器稍微突出腹部末端。恩蚜小蜂属建立于1878年，目前全世界已知种类413种，是蚜小蜂科中最 大的一个属。恩蚜小蜂属是介壳虫和粉風的主要寄生蜂，少数寄生厨虫,某些种

10、 类的雄性也可寄生鳞翅目的卵,或者为重寄生。在属阶元分类上,恩蚜小蜂属是 小蜂科中异名较多、分类较难的1个属。迄今为止，恩蚜小蜂属已有413个种 被描述，但据估计还有较多的种类未被描述。种团分类系统是恩蚜小蜂属的种 分类鉴定的重要基础，目前，被描述的恩蚜小蜂属种类主要被分为26个种团，其 中大多数种类包含在 aurantii, inaron, lahorensis, luteala, opulenta, parvella strenua种团中，但仍有78个种未能归到相应的种团。1.2序列比对序列比对需要确定基因位点的同源关系,并分析序列中位点插入、缺失的过 程，是序列分析的基础。多序列比对结果

11、不会绝对的正确，只是反映了在多大程 度上序列之间的相似性关系。采用不同的比对方法和结果，所得到的系统发育 树可能不同。目前，序列比对方法主要为手工比对和自动比对。但是，如果序列 间的相似性低于50%,我们无法进行手工比对。CLUSTAL X是目前最流行的自动 比对程序。自动比对过程中可以进行手人工调整。1.3系统发育树的构建方法系统发育树是用来概括各种生物之间亲缘关系的树状分支图形。进化树的 拓扑结构依靠的算法有独立元素法和距离依靠法两类。独立元素法指进化树的 拓扑形状是由序列上的碱基的状态决定的，如ML、ME。距离依靠法指两两序列 的进化距离决定树的拓扑形状，树枝的长度表示进化距离，如:NJ

12、、UPGMA。目前 最常用的系统发育树方法主要有：邻接法、最小进化法、最大似然法。由于多 种因素会影响系统发育树的构建,因此具体分析时应使用多种方法来构建可靠 性更高的系统发育树。邻接法（NJ法）在距离建树中常用到，是建树最快的算法。这种方法在个人 计算机上可以一次性处理大量的序列信息,并且可以方便地进行自展检验。其 建树的步骤是连续不断地在最孤立的两序列中插入树枝，并且保留树的终端。 因此，巩固了最接近的一对序列，这个过程不断地被重复。町法是一个完全基于 算法的建树方法，并且只得到一个进化树。NJ法可以满足于仅为了简单聚类的 分子鉴定,而不适用于研究物种的进化地位。最小进化方法（ME法）是通

13、过把所有距离相对于进化树的路径长度的偏差极 小化，将进化树中双重距离的合适度极大化，根据进化路径长度的差异优化出 最短、最优的进化树。目前ME法在构建系统发育树的研究中越来越流行。最大似然方法（ML法）是比对给定序列的每个碱基位点，计算其碱基频率，从 而得出似然值。通过位点的似然值计算得到整个树的似然值，因此似然值越高, 进化树越好。ML法会花费大量的计算时间，但其建树效果比町法、ME法要好。1.4本论文研究目的与意义恩蚜小蜂属大部分种类是粉虱和介壳虫的重要天敌,对粉虱和介壳虫具有 很好的控制作用。本文对恩蚜小蜂属的27种序列进行比对和研究。研究结果 将为恩蚜小蜂属的种类在害虫生物防治中的应用

14、提供参考依据。本文以28SrDNA和COI的基因序列，利用生物信息学分析方法，探讨了恩蚜小蜂属的不 同基因的组成特点，构建了该属部分种类的分子系统发育关系，旨在解决一些 分类地位上有争议的种类，并希望为今后恩蚜小蜂属的分类研究提供分子生物 学方面的依据。2步骤与方法2.1序列比对本次研究所用数据均来源于GenBank。从GenBank下载了恩蚜小蜂属的 28S及COI基因的序列，同时下载两种同源序列作为外群，序列信息见表2.1表2.1恩蚜小蜂属的序列分析种名28S序列号COI序列号Encarsia haitiensisAY360217.1AY264343.1Encarsia nigriceph

15、alaAF254246.1AY264340.1Encarsia perplexaAF254245,1AF223371.1Encarsia qvercicolaAF254242.1KC870914.1Encarsia luteaAF254241.1KC870907.1Encarsia smithiAF254234.1KF017886.1Encarsia inaronAF254231.1GQ423484.1Encarsia adustaAF254230,1AB715248.1Encarsia accentsAF254228.1AB715246.1Encarsia cibcensisAF254227.1AB715244.1Encarsia mineoiAF254226.1AB715240.1Encarsia pergandiellaAF254223.1JX531620.1Encarsia bimaculataAF254221.1noEncarsia meritoriaAF223367.1noEncarsia strenuaAY518548.1町483848.1Encarsia asterobemisiaeDQ830995.1noEncarsia scapeataDQ83099