1 产水菌门(Aquificae) ﻫ1.1 产水菌纲(Aqｕificａe) ﻫ2 热袍菌门（Therｍｏtogａe) 2.1 热袍菌纲(Thermｏtoｇae) ﻫ3 热脱硫杆菌门(Tｈeｒｍodｅｓulfobａcｔｅria) ﻫ３.1 热脱硫杆菌纲（Ｔhermodesｕlfｏbａcｔeriａ) ４ 恐球菌-栖热菌门(Deｉnococcus－Thermus) ﻫ4.１ 恐球菌纲(Deinoｃoｃci） ﻫ5 产金菌门（Cｈrｙsｉogｅｎｅｔeｓ) 5．1 产金菌纲（Chrｙsiogenetes) ﻫ６ 绿弯菌门(Chloｒoｆlexi) ﻫ6.1 绿弯菌纲(Chlｏroflｅｘｉ) ６.２ 厌氧绳菌纲(Ａnaｅｒｏlｉneae) ﻫ７ 热微菌门（Tｈeｒmomiｃrobia) ７.1 热微菌纲(Theｒmｏmicrobia） ８ 硝化螺旋菌门(Nitrｏｓpirａ) 8．1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) ﻫ９ 脱铁杆菌门(Ｄｅferribactｅres) ﻫ9.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteｒｅs) １0 蓝藻门(Ｃyaｎoｂacteriａ) ﻫ1０.１ 蓝藻纲(Cyanobacteria） 11 绿菌门(Ｃhｌｏrｏbi） 1１.1 绿菌纲(Cｈｌorobｉa) ﻫ１2 变形菌门（Pｒotｅｏbacterｉa) 12．1 α－变形菌纲(Aｌｐhaｐrｏteｏｂacteriａ) 1２．2 β－变形菌纲（Ｂetaｐroteoｂacteriａ) ﻫ１2.3 γ－变形菌纲（Gammaproteoｂaｃｔｅrｉa) １2．４ δ-变形菌纲(Deｌｔaproteobacteriａ) 12．5 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacｔｅrｉa) 13 厚壁菌门(Firmicｕtｅs)(低G+C革兰氏阳性菌） ﻫ13．1 梭菌纲(Ｃlostridia） 13．2 柔膜菌纲（Mollicutes) １３.３ 芽孢杆菌纲（Bａｃｉllｉ) 14 放线菌门(Ａctｉnobacｔeriａ)(高Ｇ+Ｃ革兰氏阳性菌） 1４.1 放线菌纲(Actinobacｔerｉa） ﻫ15 浮霉菌门（Planctomycｅteｓ） 15.1 浮霉菌纲(Pｌancｔomｙcｅtacｉa） ﻫ16 衣原体门(Chlａｍyｄiae) ﻫ１6.1 衣原体纲(Chlamｙdiaｅ） 17 螺旋体门（Sｐirocｈaetes） ﻫ1７.１ 螺旋体纲(Spirｏｃhaｅteｓ） ﻫ18 纤维杆菌门（Fibrobacteres) １８.1 纤维杆菌纲(Fibｒｏbａｃｔeｒes) 19 酸杆菌门(Aｃｉdobaｃteria） ﻫ１9.1 酸杆菌纲（Aｃｉdobａcteｒiａ) 20 拟杆菌门(Bactｅrｏidetes) ﻫ20.1 拟杆菌纲（Ｂacｔｅroidetes） 20．２ 黄杆菌纲（Flａｖobａcteria） 2０．3 鞘脂杆菌纲(Ｓphｉngobacteriａ) ﻫ２1 梭杆菌门（Fuｓoｂacteriａ) 21．1 梭杆菌纲（Fusｏbacteria) 22 疣微菌门(Veｒrucoｍicrobia) 22.1 疣微菌纲(Ｖerrｕcomiｃrobiae) ﻫ23 网团菌门（Ｄｉctyogloｍi) ﻫ23．1 网团菌纲(Dictyｏｇlomi) ﻫ２4 芽单胞菌门(Geｍmatimonadeｔes) ﻫ24．1 芽单胞菌纲(Gemｍatimｏnaｄetes) ﻫﻫﻫ产水菌门(Aquｉficａｅ) 产水菌纲(Aquiｆicae) 产水菌目（Aquｉｆicales) 产水菌科(Ａｑuｉfｉcaceａe） 产水菌属(Aquifex) (Calderobacteriuｍ) ﻫ(Ｈｙdrｏgenobacｕlｕｍ) (Hydｒoｇｅnｏｂacｔer） (Ｈyｄroｇenoｔｈｅrmｕs) (Pｅrseｐhonelｌa) ﻫ（Ｓulfｕrihydrｏgenｉｂium) ﻫ(Thermocｒinｉs) ﻫ科未定 ﻫ(Bａlｎｅａｒｉum) ﻫ(Desulfurobａｃｔeｒiｕm) ﻫ(Thermoviｂriｏ) 热袍菌门（Thermｏｔogae) 热袍菌纲(Thｅｒmotogae) ﻫ热袍菌目(Ｔheｒmotogａlｅｓ) ﻫ热袍菌科(Ｔhermoｔogacｅａe） 热袍菌属（Ｔｈｅrmotogａ) (Ｆｅrviｄｏbａｃｔｅriuｍ) ﻫ（Geotｏga） ﻫ(Ｍarinitｏgａ) ﻫ(Pｅｔrotoｇａ) (Tｈermosｉｐho) ﻫ热脱硫杆菌门(Thermｏdｅsulfoｂａｃｔeria） ﻫ热脱硫杆菌纲(Theｒｍodｅsｕｌfｏbａcteria) ﻫ热脱硫杆菌目(Thermｏｄesｕlfｏbａcｔeriaｌes) 热脱硫杆菌科(Theｒｍodesulfｏbaｃteriaceａｅ) ﻫ热脱硫杆菌属(Ｔhermｏdesulfobacterium) ﻫ(Thermｏdesulｆaｔatｏr) 恐球菌-栖热菌门(Deｉnoｃoｃcｕs－Thｅｒmus) ﻫﻫ恐球菌纲（Dｅinoｃoｃｃi） ﻫ恐球菌目(Dｅinｏcoｃcales) 恐球菌科（Deinococcacｅae) ﻫ恐球菌属(Ｄeiｎoｃoｃcｕs) （注：根据希腊语δεινος / deinos，与“恐龙”旳dｉno－同源) ﻫ栖热菌目(Theｒmales) 栖热菌科（Therｍａcｅae） ﻫ栖热菌属（Tｈeｒmus) 海栖热菌属(Marinitheｒｍuｓ) 亚栖热菌属（Meｉothermus） ﻫ海洋栖热菌属（Oceaniｔherｍus) ﻫ火山栖热菌属(Vｕｌcanithermus) ﻫ产金菌门（Cｈrｙsiogeｎｅｔes) ﻫ产金菌纲(Chｒysiogenetes) 产金菌目(Chryｓiogｅnales) ﻫ产金菌科(Chrｙｓｉogｅnaceae) 产金菌属(Chrｙsiogenｅs) ﻫ绿弯菌门(Chｌorｏfleｘi） ﻫ绿弯菌纲（Ｃhｌｏrｏfｌexｉ） ﻫ绿弯菌目(Chlｏｒoflｅxales) ﻫ绿弯菌科（Chloｒofleｘaceae) ﻫ绿弯菌属(Ｃhlｏｒoｆｌexuｓ) ﻫ绿线菌属(Ｃhlorｏnｅma) ﻫ太阳发菌属(Heｌiothrix) 玫瑰弯菌属（Rｏseifｌｅｘuｓ) 颤绿菌科(Oscｉlloｃhlｏriｄaceaｅ) ﻫ颤绿菌属（Osciｌocｈloｒis） 爬管菌目(Ｈerｐｅtosｉｐhonaleｓ) ﻫ爬管菌科(Heｒｐｅｔosiphｏnacｅae) ﻫ爬管菌属(Herｐｅtｏsiphon） ﻫﻫ厌氧绳菌纲（Anaerｏliｎｅae) ﻫ厌氧绳菌目(Anaeroｌineales） ﻫ厌氧绳菌科(Ａnaeroｌｉneａceａe) 厌氧绳菌属(Aｎaerolinea) 暖绳菌属(Caldiliｎea） 热微菌门（Ｔｈermomicrobia) ﻫ热微菌纲(Tｈeｒmomｉcrobia） ﻫ热微菌目（Tｈermｏｍiｃrobiales） 热微菌科(Ｔheｒｍomiｃrobiacｅaｅ) ﻫ热微菌属(Tｈermｏｍicｒoｂiｕm) ﻫ硝化螺旋菌门(Nitrospiｒa) ﻫﻫ硝化螺旋菌纲（Niｔrospira) 硝化螺旋菌目(Ｎitrospｉｒalｅs) 硝化螺旋菌科（Nitrosｐiｒaceaｅ) 硝化螺旋菌属（Nｉｔrospｉra) 钩端螺菌属(Lepｔospiriｌｌｕｍ) ﻫ磁杆菌属（Mａgnetobacterium） ﻫ热脱硫弧菌属(Thermodｅｓulfoviｂrio) 脱铁杆菌门（Deｆerrｉｂａcｔerｅs) 脱铁杆菌纲（Ｄefｅrｒibacteres) 脱铁杆菌目(Ｄｅfeｒｒibacteralｅs） ﻫ脱铁杆菌科(Dｅferribaｃｔeraceａｅ) ﻫ脱铁杆菌属(Ｄｅfｅrｒibacｔｅr) (Denitrｏｖibrio) ﻫ(Fｌeｘistipes） （Ｇｅoviｂrｉo) ﻫ科未定 (Syneｒgistｅs) ﻫ(Ｃaldithrｉx) 蓝藻门(Cｙanoｂactｅria） ﻫﻫ蓝藻纲(Cyａｎｏｂacteria） ﻫ注：本文采用旳Bergeｙ＇s手册中蓝藻内旳分类,不管目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subｓeｃｔｉon”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列名称；属除Halospirulinａ和Trichodｅsmiｕｍ之外均标为“形态属”(Form Genus）而非“属”(Genus)。
表中在形态分类背面加注"@"预料不久旳将来整个蓝藻分类系统将会大调,与其他细菌统一为系统发育分类系统 ﻫ此外,因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物,涉及多支互不有关旳原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门（Cyanobａcteria)细菌但也可根据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”,但应注意避免与其他细菌重名 ﻫ色球藻目(Cｈrｏocｏccales)@ ﻫ第一科@ ﻫ管孢藻属（Ｃhaｍaesiｐhｏn)@ 色球藻属（Chroocｏccuｓ)＠ (Cyaｎｏbacteｒium）@ ﻫ(Cｙanoｂium）@ (Cｙaｎoｔhece)@ ﻫ蓝纤维藻属(Dactyloｃocｃopsis)@ ﻫ(Ｇｌoeobacter）@ ﻫ黏球藻属(Ｇlｏeocapsa）@ 黏杆藻属(Gｌoeoｔｈeｃe)@ ﻫ微囊藻属(Microcyｓｔis）@ 原绿球藻属(Pｒoｃhloｒｏcｏccus）@ 原绿藻属(Ｐrochloｒon)@ 聚球藻属（Syneｃhococcus)@ ﻫ集胞藻属（Ｓynｅchｏcysｔiｓ)＠ ﻫ宽球藻目(Pｌeurocａｐｓales)@ ﻫ第一科@ (Ｃｙanocystis）@ （Dｅrmｏcarpella)@ (Sｔａnieria）@ 异球藻属(Xeｎococcuｓ）@ 第二科@ ﻫ拟色球藻属(Chｒoocｏccidioｐsiｓ)@ 黏囊藻属(Mｙxosarｃina)@ ﻫ宽球藻属（Pｌeurocapsａ)@ 颤藻目(Oscillatorｉaｌes)@ ﻫ第一科@ ﻫ节螺藻属（Arthrospira)＠ (涉及商业化螺旋藻) ﻫ(Borziａ)@ (Ｃｒｉnaｌium）@ (Geitｌerｉｎemａ)＠ 盐螺旋藻属(Hａlｏsｐirｕlina) ﻫ（Lｅpｔｏlyngbｙa）@ ﻫ（Ｌimnothrｉx)@ 鞘丝藻属(Lyｎｇbｙa)@ ﻫ微鞘藻属(Micｒoｃｏleus)@ 颤藻属（Ｏｓcilｌatｏria)@ (Plaｎktothｒix）@ ﻫ原绿发藻属(Pｒochｌorotｈｒix)@ ﻫ(Psｅuｄａnａbａｅna)@ ﻫ螺旋藻属(Sｐirulina)＠ ﻫ(Ｓtａrrｉａ)@ 束藻属(Syｍpｌocａ)@ 束毛藻属（Trｉchodesmｉum) (Ｔychonema)@ ﻫ念珠藻目(Nｏsｔoｃalｅｓ)@ 第一科＠ 鱼腥藻属(Anabaｅna）@ ﻫ项圈藻属（Anａbａenopsｉｓ）＠ 束丝藻属（Apｈanizoｍeｎon)@ ﻫ(Cyanospiｒa)@ (Ｃylindrosｐermopｓiｓ)@ ﻫ筒孢藻属(Ｃylindrospermuｍ）@ ﻫ节球藻属(Noｄuｌaｒia)＠ ﻫ念珠藻属(Nosｔoc）@ 伪枝藻属(Scｙtoｎｅｍa)@ 第二科@ 眉藻属(Caｌothrix）@ ﻫ胶须藻属(Rivuｌaria)@ ﻫ单歧藻属(Ｔolypoｔhr。