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1、湖 南 科 技 大 学毕 业 设 计（ 论 文 ）题目绵羊MHC Class基因的生物信息学分析作者周丽萍学院生命科学学院专业生物科学学号0709010125指导教师金元昌二一一年 月 日湖 南 科 技 大 学毕业设计（论文）任务书 生命科学学院 院 生物工程 系（教研室）系（教研室）主任: （签名） 2011 年 1 月 18 日学生姓名: 周丽萍 学号: 07090101025 专业: 生物科学 1 设计（论文）题目及专题： 绵羊 MHC ClassII基因的生物信息学分析 2 学生设计（论文）时间：自2011年 1月18日开始至 2011 年 6 月 10 日止3 设计（论文）所用资源和
2、参考资料：3.1所用资源:万维网上的生物数据库;学校所购买的电子期刊;校图书馆;学院实验室网络；3.2 参考资料:张阳德编著.生物信息学M北京:科学出版社,2004.9.金伯泉.细胞和分子免疫学M.科学出版社，2006,281-305. 许忠能.生物信息学M. 清华大学出版社，2008,1-4. 杨晶，胡刚，王奎，沈世镒.生物计算生物序列的分析方法与应用M.科学出版社，2010，105-111.4 设计（论文）应完成的主要内容：4.1获取绵羊 MHC ClassII基因核酸与蛋白序列及与其同源的其它物种的序列，进行多序列比对，做出分子进化树，并分析； 4.2对绵羊 MHC ClassII分子的
3、疏水区、跨膜区、功能结构域和生物活性位点分析； 4.3预测绵羊 MHC ClassII分子的二级结构与三级结构。 5 提交设计（论文）形式（设计说明与图纸或论文等）及要求： 5.1严格按照的写作完成毕业论文，完成不少于8000字信息量的论文；格式正确，包括目录、论文中英文题目及摘要、前言、正文、参考文献、致谢词和附录； 5.2 在实验及论文写作过程中，对数据和结果等要求实事求是，并且要在老师的指导下独立完成。 6 发题时间： 2011 年 1 月 17 日指导教师： （签名）学 生： （签名）湖 南 科 技 大 学毕业设计（论文）指导人评语主要对学生毕业设计（论文）的工作态度，研究内容与方法，
4、工作量，文献应用，创新性，实用性，科学性，文本（图纸）规范程度，存在的不足等进行综合评价指导人： （签名）年 月 日 指导人评定成绩： 湖 南 科 技 大 学毕业设计（论文）评阅人评语主要对学生毕业设计（论文）的文本格式、图纸规范程度，工作量，研究内容与方法，实用性与科学性，结论和存在的不足等进行综合评价评阅人： （签名）年 月 日 评阅人评定成绩： 湖 南 科 技 大 学毕业设计（论文）答辩记录日期： 学生： 学号： 班级： 题目： 提交毕业设计（论文）答辩委员会下列材料：1 设计（论文）说明书共页2 设计（论文）图 纸共页3 指导人、评阅人评语共页毕业设计（论文）答辩委员会评语：主要对学生
5、毕业设计（论文）的研究思路，设计（论文）质量，文本图纸规范程度和对设计（论文）的介绍，回答问题情况等进行综合评价答辩委员会主任： （签名）委员： （签名）（签名）（签名）（签名） 答辩成绩： 总评成绩： 摘 要从NCBI中获取绵羊主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex，MHC）的核苷酸与氨基酸序列，应用生物信息学原理,对绵羊MHC分子疏水区、跨膜区、结构功能域和生物活性位点等几方面生物学特性进行了分析，预测出该基因的二级结构和三级结构，并将绵羊与其它动物的核苷酸和氨基酸序列进行多序列对比，做出分子进化树。结果表明，绵羊MHC分子有一个疏水区和跨膜
6、区；该分子有主要组织相容性复合物蛋白免疫球蛋白信号及N-糖基化位点、蛋白质激酶C磷酸化位点等多个生物活性位点。绵羊MHC class的氨基酸序列和核苷酸序列与成都麻羊的同源性最高，分别达66%和73%，其次与亚洲水牛和肩蜂牛的同源性也较高，与大黄鱼的同源性最低，分别为25%和51%。关键词：主要组织相容性复合体类；生物信息学；序列分析ABSTRACTExtract Ovis aries from NCBI of nucleotides and Major Histocompatibility Complex class II amino acid sequence, application b
7、ioinformatics principle, on Ovis aries MHC class II molecules succoth watershed and transmembrane area, the structure and function domain and biological activity sites aspects of biology characteristic was analyzed to predict the secondary structure and level 3 genetic structure, and the Ovis aries
8、and other animals will be more nucleotide sequence of amino acid sequence and contrast, make more sequence phylogenetic tree. Results show that, Ovis aries MHC class II molecules have a dredging watershed and transmembrane area, the molecules are major histocompatibility complex protein immunoglobul
9、in signal and N - glycosylation sites, protein kinase C phosphorylation sites such multiple bioactive loci sites, Ovis aries MHC class II the sequence of amino acids and nucleotide sequences and the Capra hircus is highest homology of 66% and 73%. Secondly Bubalus bubalis and Bos indicus homology of
10、 higher, with the lowest, homology of Larimichthys crocea for 25% and 51% respectively.Keywords: Major Histocompatibility Complex class II molecules; Bioinformatics; Sequence analys 湖南科技大学本科生毕业设计（论文）目 录第一章 前言11.1 生物信息学简介11.2 MHC的相关简介1第二章 材料来源4第三章 分析方法53.1 蛋白质序列的获取53.1.1 绵羊MHC Class基因的核酸和蛋白质序列的获得53.1.2 同源序列获得53.2 蛋白质的基本性质分析53.2.1 疏水性分析53.2.2 跨膜区分析53.2.3 功能结构域分析53.2.4 生物活性位点分析53.3 蛋白质结构预测53.3.1 蛋白质二级结构的预测53.3.2 蛋白质三级结构预测53.4 绵羊MHC Class系统进化树分析5第四章 结果与分析64.1 绵羊MHC Class基因的核酸和蛋白质序列64.2 绵羊MHC Class蛋白质的疏水性和跨膜区分析74.2.1绵羊MHC Class蛋白质的疏水性分析74.2.2绵羊MHC Class蛋白质的跨膜螺旋区分
