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1、精选优质文档-倾情为你奉上PCR扩增反应的操作第一节PCR扩増反应的基本原理一、聚合魄式反应(PCR)的基本构成PCR是聚合酶链式反应的简称，指在引物指导下由酶催化的对特定模板(克隆或基因组 DNA)的扩增反应，是模拟体内DNA复制过程，在体外特异性扩增DNA片段的一种技术，在 分子生物学中有广泛的应用，包括用于DNA作图、DNA测序、分子系统遗传学等.PCR基本原理：是以单链DNA为模板，4种dNTP为底物，在模板3,末墙有引物存在的情 况下，用酶进行互补链的延伸，多次反复的循环能使微鼠的模板DNA得到极大程度的扩增.在 微量离心管中，加入与待扩增的DNA片段两端己知序列分别互补的两个引物、
2、适量的緩冲液、 微量的DNA膜板、四种dNTP溶液、耐热TaqDNA聚合醇、Mg2件.反应时先将上述溶液加热, 使模板DNA在高温下变性，双链解开为单链状态：然后降低溶液温度,使合成引物在低温下与 其祀序列配对，形成部分双链，称为堰火；再将温度升至合适温度.在Taq DNA聚合酶的催化 下，以dNTP为原料，引物沿方向延伸，形成新的DNA片段，该片段又可作为下一轮反 应的模板，如此重夏改变温度，由高温变性、低温复性和适温延伸组成一个周期，反复循环，使 目的基因得以迅速扩増.因此PCR循环过程为三部分构成：模板变性、引物退火、痢稳定DNA 聚合酶在适当温度下催化DNA链延伸合成(见图)。1. 模
3、板DNA的变性模板DNA加热到905-C时,双螺旋结构的级键断裂，双链解开成为单链，称为DNA的变 性，以便它与引物结合.为下轮反应作准备。变性温度与DNA中G-C含量有关，GC间由三个 氢键连接，而A-T间只有两个狙键相连.所以Gt含量较高的模板，其解链温度相对要高些. 故PCR中DNA变性需要的温度和时间与模板DNA的二级结构的复杂性、G-C含量高低等均有 关。对于高G_C含量的模板DNA在实验中需添加一定量二甲基亚破(DMSO),并且在PCR循 环中起始阶段热变性温度可以采用97-C,时间适当延长，即所谓的热启动.2. 模板DNA与引物的退火将反应混合物温度降低至37-65C时，寡核昔酸
4、引物与单链模板杂交，形成DNA棋板引物 复合物。退火所需要的温度和时间取决于引物与靶序列的同源性程度及寡核昔酸的碱基组成。一 般要求引物的浓度大大高于棋板DNA的浓度，井由于引物的长度显著短于棋板的长度，因此在 退火时，引物与模板中的互补序列的配对速度比模板之间重新配对成双链的速度要快得多，退火 时间一般为I2min。3. 引物的延伸DNA模板-引物复合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板. 按基困对与半保留复制原理,合成一条与模板DNA鮭互补的新链。重复循环变性-退火延伸三 过程，就可获得更多的“半保留复制鮭”，而且这种新鮭又可成为下次循环的模板.延伸所需要 的
5、时间取决于模板DNA的长度。在72*C条件下,TaqDNA聚合醪催化的合成速度大约为4060个碱基,秒.经过一轮“变性-退火-延伸”循环，模板拷贝数增加了一倍。在以后的循环中, 新合成的DNA都可以起模板作用，因此每一轮循环以后，DNA拷贝数就増加一倍.每完成一个 循环需24min, 一次PCR经过3040次循环，约23丄扩増初期，扩増的量呈直线上升， 但是当引物、模板、聚合酶达到一定比值时.酶的催化反应趋于抱和，便出现所谓的“平台效应” .即爬DNA产物的浓度不再増加.PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩増暈呈指数上升.反应最终的DNA扩増量可用 Y= (1+X) *计算.Y代表DNA片
6、段扩増后的拷贝数，X表示平(Y)均每次的扩増效率，n 代表循环次数。平均扩増效率的理论值为100%,但在实际反应中平均效率达不到理论值。反应 初期，靶序列DNA片段的増加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，被扩増的DNA片段不再呈指数増加.而进入観性増长期或静止期，即出现“停滞效应”，这种效应称平台期数、PCR 扩增效率及DNA聚合酶PCR的种类和活性及非特异性产物的竞争等因素.大多数情况下，平台 期的到来是不可避免的。PCR扩増产物可分为长产物片段和短产物片段两部分.短产物片段的长度严格地限定在两个 引物链5,端之间.是需要扩増的特定片段.短产物片段和长产物片段是由于引物所结合的棋板不 一
7、样而形成的,以一个原始模板为例，在第一个反应周期中.以两条互补的DNA为模板，引物 是从3,端开始延伸.其5,端是固定的.3,端则没有固定的止点.长短不一，这就是“长产物片段 .进入第二周期后.引物除与原始棋板结合外，还要同新合成的链（即“长产物片段”）结合。 引物在与新链结合时，由于新链模板的5,端序列是固定的.这就等于这次延伸的片段3,端被固定 了止点，保狂了新片段的起点和止点都限定于引物扩増序列以内、形成长短一致的“短产物片段” .不难看出“短产物片段”是按指数倍数增加，而“长产物片段”则以算术倍数增加，几乎可以 忽略不计.这使得PCR的反应产物不需要再纯化，就能保证足够纯DNA片段供分
8、析与检測用.二、PCR疝的五个刑参与PCR反应的物质主要为五种：引物、酶、dNTP,模板和M叶.I-引物引物是PCR特异性反应的关键，PCR产物的特异性取决于引物与棋板DNA互补的程度。理 论上.只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核甘酸桂做引物，利用PCR就 可将模板DNA在体外大蛍扩増引物设计有3条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补. 其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发 DNA聚合反应（即错配）.引物的选择将决定PCR产物的大小、位置、以及扩増区域的Tm值这个和扩増物产量有关的 重要物理參数.好的引物设计可以避免背景和
9、非特异产物的产生,甚至在RNA-PCR中也能识别 cDNA或基因组模板。引物设计也极大的影响扩增产量：若使用设计粗槌的引物,产物将很少甚 至没有：而使用正确设计的引物得到的产物量可接近于反应指数期的产量理论值。当然，即使有 了好的引物，依然需要进行反应条件的优化，比如调整M曹愀度,使用特殊的共溶剂如二甲基亚甲酰胺和甘油。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些 原则，则有助于引物的设计。1）引物长度PCR特异性一殷通过引物长度和退火温度来控制.引物的长度一般为15-3Qbp常用的是 1827bp,但不应大于38bp.引物过短时会造成Tm值过低，在酶反应温度时不能与模板
10、很好的 配对；引物过长时又会造成Tm值过高，超过臨反应的最适温度，还会导致其延伸温度大于74T, 不适于TaqDNA聚合酶进行反应，而且合成长引物还会大大增加合成费用（2）引物碱基构成引物的G4C含量以4060%为宜，过高或过低都不利于引发反应，上下游引物的GC含賞 不能相差太大。其Tmttl是寡核昔酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核昔酸双链解 链的温度，有效启动溫度，一般高于Tm值5IOC.若按公式Tm=4 （G+C） +2 （A+T）估计引 物的Tm值，则有效引物的Tm为5580*C,其Tm值最好接近72C以使复性条件最佳。引物中 四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嗥吟或聚啧
11、噬的存在.尤其3,端不应超过3个连续的G 或C,因这样会使引物在G+C富集序列区错误引发（3）引物二级结构引物二级结构包括引物自身二聚体、发卡结构、引物向二聚体等.这些因素会影响引物和模 板的结合从而影响引物效率。对于引物的3末端形成的二聚体，应控制其AG大于.5.0 kcal/mol 或少于三个连续的碱基互补，因为此种情形的引物二聚体有进一步形成更稳定结构的可能性，引 物中间或5,端的要求可适当放寛.引物自身形成的发卡结构,也以3,端或近3,端对引物-模板结 合影响更大：影响发卡结构的稳定性的因素除了碱基互补配对的键能之外，与茎环结构形式亦有 很大的关系.应尽量避免3,末端有发卡结构的引物.
12、（4）引物3,端序列引物3味端和模板的碱基完全配对对于获得好的结果是非常重要的,而引物3味端最后5 到6个核昔酸的错配应尽可能的少.如果3,末端的错配过多,通过降低反应的退火温度来补偿这 种错配不会有什么效果，反应几乎注定要失败。引物3,末端的另一个问题是防止一对引物内的同源性.应特别注意引物不能互补，尤其是在 3,末端.引物间的互补将导致不想要的引物双链体的出现,这样获得的PCR产物其实是引物自身 的扩增。这将会在引物双链体产物和天然模板之间产生竞争PCR状态，从而影响扩增成功。引物3,末端的稳定性由引物，末端的碱基组成决定.一般考虑末端5个碱基的AGAG值是 指DNA双链形成所需的自由能，
13、该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，此值的大小对 扩增有较大的影响。应当选用3,端AG值较低（絶对值不超过9）负值大，则3,末端稳定性高， 扩增效率更高。引物的3,端的AG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应.需要注意的是.如扩增编码区域，引物3,端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位 易发生简并.会影响扩增特异性与效率。另外末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基. 因此应当避免在引物的3端使用碱基A。（5）引物的5,端引物的5,端限定着PCR产物的长度，它对扩増特异性彫响不大。因此，可以被修饰而不影响 扩增的特异性.引物5,端修饰包括：加酶切位点：标记生物素
14、、荧光、地高辛、E3垸如引入蛍 白质结合DNA序列；引入突变位点、插入与缺失突变序列和引入一启动子序列等.对于引入一 至两个酶切位点，应在后续方案设计完毕后确定，便于后期的克隆实验，特别是在用于表达研究 的目的基因的克隆工作中（6）引物的特异性引物与非特异扩增序列的同源性不要超过70%或有连续8个互补碱基同源，特别是与待扩增 的棋板DNA之间要没有明显的相似序列。2. 酶及其浓度TaqDNA多聚臨是耐热DNA聚合酶，是从水生柄热歯（Thennus aquaticus）中分离的.Taq DNA聚合酶是一个单亚基，分子量为94 000Da.具有53的聚合酵活力，53,的外切核酸 酵活力，无35的外
15、切核酸酶活力，会在3,末端不依赖模板加入I个脱氧核昔酸（通常为A, 故PCR产物克隆中有与之匹配的T载体），在体外实验中，TaqDNA聚合酶的出错率为叶1。 %此酶的发现使PCR广泛的被应用。此酶具有以下特点：（】）耐高温，在70C下反应2小时后其残留活性在90%以上.在93C下反应2小时后其残 留活性是仍能保持60%,而在95C下反应2小时后为原来的40%。（2）在热变性时不会被钝化，故不必在扩増反应的毎轮循环完成后再加新醴。一般扩増的PCR产物长度可达2.0 kb,且特异性也较高.PCR的广泛应用得益于此酶,目前各试剂公司中开发了多种类型的Taq酶，有用于长片段扩 増的酶，扩增长度极端可达
16、40kb；有在常温条件下即可应用的常温PCR聚合酶；还有针对不同 实验对象的酶等。一典型的PCR反应约需的酶量为2.5u （总反应体积为50gl时）浓度过高可引起非特异性扩 增，浓度过低则合成产物最减少3. dNTP的质量与浓度dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系，dNTP粉呈颗粒状，如保存不当易变性失 去生物学活性。dNTP溶液呈酸性，使用时应配成高浓度后.以IMNaOH或IMTris. HCI的缓 冲液将其pH调节到7.07.5,小量分装，-20*C冰冻保存。多次冻融会使dNTP降解。在PCR反 应中，dNTP应为50200呻。1/1.尤其是注意4种dNTP的浓度要相等（等摩尔配制），如其中 任何一种浓度不同于其它几种时（偏高或间氐），就会引起错配.浓度过低又会降低PCR产物的
