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1、综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。 DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。 GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 TIGR
2、DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。DNA序列数据库包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。CUTG,MM子使用频度表。http:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.htmlhttp:/www.dna.affrc.go.jp/nakamura/CUTG.htmlEPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。 TRRD.真核生物基因组转录调控区数
3、据库。OOTFD,转录因子和基因表达数据库。RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。http:/www.girinst.org/server/repbase.html MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。http:/ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/) Simple Repeats,简单重复序列库。COMPEL,复合元件数据库。ftp:/ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)MPDB,分子探针数据库。HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的H
4、VI和HVII两个高变异区的序列。PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。http:/sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。ftp:/ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。dbSTS,序列标记位点(Sequenc
5、e Tagged Sites)数据库。ftp:/ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.ftp:/ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB target=_r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http:/bio-r.it:800
6、0/BioWWW/#AMMTDB/urlHOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。ftp:/ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen) DNA结构参数库.ftp:/transfac.gbf.de(/pub/structure_library) NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点. SELEX_DB,随机化序列库. ASDB,交替剪接基因的数据库.http:/hattrick.lbl.gov:8888/Intronerator,秀丽线虫内含
7、子和交替剪接数据库。http:/www.cse.ucse.edu/kent/intronerator/IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。EID,外显子、内含子数据库。ExInt,外显子、内含子数据库。NDB,核酸晶体结构数据库。VectorDB,载体数据库。Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)ftp:/ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)RNA序列和核糖体数据库:1993年成立的RNA学会，在出版RN
8、A刊物同时，还维护着两个信息网页：http:/www.pitt.edu/rna1/snoRNA,小核仁RNA数据库。. noRNA-DataBase.htmlSmall RNA数据库。RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型。tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。http:/www.indiana.edu/tmrna/tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。gRNA,导引RNA数据库。http:/www.biochem.mpg.de/goeringe
9、/SRPDB,信号识别粒子数据库。TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。l 类病毒和类病毒样RNA数据库。http:/www.callisto.si.usherb.ca/jpperra/UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5端和3端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。http:/r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。RNAmods,RNA修饰数据库。ftp:/medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)AARSDB,酰氨基tRNA
10、合成酶数据库。tRNA序列和基因、结构与功能数据库。PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。r.it:8000/srs6/ target=_r.it:8000/srs6/>http:/bio-r.it:8000/srs6/url16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。ftp:/acad.fandm.edu(/nar/)RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。http:/pundit.color
11、ado.edu:8080/RNA/uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。PseudoBase,假扭结数据库。http:/www.bio.leidenuniv.nl/Batenburg/PKB.htmlRDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。http:/rdp.life.uiuc.edu(/pub/)SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RN
12、A结构数据库。5S rRNA数据库。DRC,核糖体交链数据库。http:/www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。RNA非正则配对数据库。基因图谱数据库:Rhdb,辐射杂交数据库。ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)Mouse RH数据库。GDB,人类基因组数据库。GeneMap99,人类基因图谱1999年版。HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。ftp:/ftp.ebi.ac.uk(/pub/databa
13、ses/RHdb/gm99.map)人类基因组测序中心:HUGO是人类基因组组织的缩写。HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中国情况的短文在：美国能源部支持的人类基因组计划美国国家卫生署对人类基因组计划的支持，通过NHGRI即国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute）体现。英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者。百慕大原则：测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。世界上主要人类基因组测序中心的名单。NCBI的GenBank数据库从1999年10月起，
14、建立了智人基因组子目录，其下按染色体编号设子目录。英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有到其他染色体数据的链接。日本的DDBJ和信息生物学中心（CIB）联合建立了一个Human Genomics Studio，可以按染色体编号检索和查找基因序列。 Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一。承担人类基因组计划的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X。 LBNL，Lawrence Berkeley 国家实验室。LLNL，Lawrence Livermore 国家实验室。LANL，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。JGI，由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所（Joint Genome Institute）。UW
