R作主成分分析主成分分类和主成分回归

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1、9丄3相关的R函数以及实例F面介绍与主成分分析有关的函数.1,.prhicomp函数作主成分分析最主要的函数是princonipO函数,其使用格式为princonpCfoznulatdata=HULLTsubsettna.actiand其中formula是没有响应变量的公式(:类很同归分析,方差分析,但无响鯉最)4询是数据框类似于回归分析.方差分析.或若princonpCxjcor=FALSETscares=TRUEca-/nat=NULL#subset=repCTRUEnrowCas.matrix(x)5.其中x是用丁主咸分分折的数据”以数值矩阵或数据框的形式给Okcor是逻辑变量,当coT

2、RUE表示用样本的相关矩阵R作主成分分析,当cor=FALSE:缺省值叢示用样本的协方差阵S作主成分分析.“皿我是协方差陥如果裁据不用工提供,可由协方差阵提供.其他参数的意义见在线帮助-prcanpC)函数的意文与彳吏用方法与pTznconpO函数相同.2.sunmiBLry函擞s-JnnaryC)与回归分析中的用法和同,其目的是提取主成分的信息,其作用柝为sunnaryCabject,1aadings=FLSEtcutofI=G.1d其中atject是由princampC)得到的对象Loadizigs是逻辑变El当loadings二TRUE妻示显示loadings的內容:具体含义在卜面的lo

3、admgsO函数)当loadmgs=FALSE则彳;显示.3loa.din雷s函数loadings(丽数是显示主成分分析或因子分析中lobdii炉鐵荷,见因子分析的内容.在主成分分析中,该内容实际h是主成分对应的各列,即前面分析的正交矩阵Q-在因子分析中j耳内容就是载荷因子矩阵-oingS0两数的使用格式为loadings(x)其中厘是由函princanpC或factanalC见因子分忻!得到的对象.4. predict.函數predict0函数是预测主咸分的值类似丁-回归分忻中的使用方法.其便用格式为predict(object,newdaLa,.-)其中object是由princampt得

4、到的对象.newdata是由硕测值构成的数据M当newdata缺省时,预测已有数据的主成分值.5. screplot函数screeplatC函数是画岀主成分的碎石图*斗使用格式为screepla.Cx,npcs=nin(10length(x$sdev),Lype=cCbarplatt11lines)tnain=deparse(substituLeCk)T其中兀是由princampO得到的对象.apes是画岀的主成分的个数.type是描述画出的碎石图的类型,barplot11图类型*Lines是直线图类型.6. biplot函數biplotC)是画出数据关于主成分的散点图和原坐标在主成分下的方向

5、,其使用格式为biplat,(x,choices=1:2*scale=1*pc.biplor=FALSEs、其中x是由princonipO得到的对象.choices是选择的主成分,缺省值是第八第女主成分.pc.baplot是逻辑变尿:缺省值为FALSE;.当严力叩1毗=用Ga.bTiel(1971)捉山的画图方法.7. 实例F面用一个例子说明前面介绍的函数的便用方送.例(中学生身休四项指标的主成分分析)在某中甞魁机柚取某年规別2学也测董其身高(扯)、体唾(矩).购曲(X靱坐高X)數据如衣加所示.试对这跖名中学生身体四项指标數据做空成分分析.W:用数据框的形式输入数据.用prancompO作主成

6、分分析”由前面的分折,选择相关矩阵作主成分分析更合理,因此,这里这择的参数是cor=TRUE.最后用sunnaryC)列岀主成分分析的值,这里选择loidings=TRIJE.以下屋相应的student student.pr sJUEiiryCstudent.pxtIcadizigsrRUEZnportanceofconponeiits:Coup.1Comp.2Conp.3Comp.4Standarddeviation1.8817EG50.559BC6360.281795940.25711844ProportionofVarianceC.8852745ChnnulaLiveProportion

7、C.88527450.07834579C.01985224C.C1652747C.953620290.9SS472531.-00000000Loidms:Comp.1Camp.2Conp.3Comp.4XI-0.497C.543-0.450C.5C6X2-0.515-0.210-0.462-C.691X3-0.481-0.7250.1750.461X4-0.5070.3680.744-G.232在匕述程序中,语句student.pr-princonpCstuden7Tcor=TRUE)可以Sfcstudent.prpredictCstudent,pr)Comp.1Comp.2Comp一30.0

8、6990950-C.2阴13-0.3&509248-C.26612C1391.59&2S340-C.7184=7399C.32813232-0.1180S&4&-2u847931510.38956679-0.09731731-C.2754024870.7599698S0.80604335-G.04945722-C.162949298-2.739667770.C1718G87G.36012615C.35S6530442.1C5831680.2284393C.186C0422-C.036456084-1.42105691-C.06051650.21093321-C.044223C92-0.82&8

9、3977-C.781O2575-0.275577980.0572S8&72-0.934644G2-G.58469242-G.GB8141360.1810377461C2.35463820-G.36532199C.C8840476C.04552C127112.837419160.34875841C.C3310423-0.03114595012-2.608512240.21278728-C.333980370.51015757413-2.44253342-C.1676949S-0.4&918095-C.162S8783C141-S66306690.0502.13S4C,37720280-C.358821916152.81347421-O.S17&0107-C.03291329-C.222035112160.063929830.2071SMSC.

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