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3、tanford.edu/（免费）3D Molecular Designs （蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技 术）3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock （3D 分子对接）（免费）AMSOL （半经验量子化学计算）（免费）Amsterdam Density Functional （ADF,第一原理电子结构计算）Bilbao晶体学服务器（免费）BOSS （蒙特卡罗模拟软件）CADPAC （剑桥量子化学计算软件）（免费）Car-Parrinello分子动力学（CPMD, ab-initio分子动力学计算软件）（免 费
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5、kVision （分子对接程序）（部分免费）DPMTA （分子动力学并行模拟软件）（免费）Dr. Pablo Wessig研究小组开发的计算化学软件（免费） eHiTS: Electronic High Throughput ScreeningEMSL Gaussian Basis Set Order Form （免费）GAMESS-UK （分子电子结构计算软件）GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic StructureSystem（免费）Genebrowser （生物技术、基因治疗资源导航）Glide （分子对接程序）GROMO
6、S （通用分子动力学软件包）（部分免费）HyperChem （分子模拟）Interprobe Chemical Services （分子模型化软件）Jmol （分子可视化软件）（免费）List of Computationally Sick Species （ab initio 计算出现问题的物质、 方法）MacroModel （分子力学计算程序）MARDIGRAS和CORMA （弛豫矩阵分析）（免费）MCPRO （用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件）MDRANGE （分子动力学计算ion ranges）（免费）MDynaMix （分子动力学计算软件）（免费）MidasPlus （分子建模软件
7、，美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图 形实验室开发）MOE（分子模拟应用环境、方法开发平台）MOLMOL （生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析）（免费） MolPOV 2.0.8 （一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件）（免费） MOLPRO量子化学软件包（用量化从头方法计算分子电子结构）（免费） Mopac 2002 （通用半经验量子力学程序）NAMD （并行分子动力学计算软件）（免费）Norgwyn Montgomery （化学软件公司）NWChem （计算化学软件包）OpenEye （快速计算分子的静电性质、形状）ORAC （用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序
8、,意大利佛 罗伦萨大学）（免费）ORTEP-III （美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化-热椭圆体绘图 程序）（免费）OSIRIS Property Explorer （LogP,溶解度、成药可能性预测）（免费） PAPA （计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序）（免费） PETRA （反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等）（部分免费） PharmTree （3D药效团生成和化合物分类）Pipeline Pilot （药物发现集成平台）PMDS （并行分子动力学模板库）（免费）PreADMET （ADMET 预测）Protein Domain Motion Analysis Softwa
9、re: DynDom （蛋白质分析 软件）（免费）ProtoMol （分子动力学并行计算软件）（免费）PSI3量子化学软件包（量化从头计算）（免费）Q-Chem （量子化学计算软件包）SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA （分子动力学相关软件）SimBioSys （药物设计软件SPROUT）SMILECAS数据库（描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系 统）SURFNET （量子化学计算程序）（免费）Sweet （依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型）Swiss PDB Viewer （PDB蛋白质结构可视化软件）SYBYL/Base（分子模拟和药物发现平台）TIN
10、KER （分子设计软件）（免费）UCSF Chimera （可扩展的,交互式分子图形程序）（免费）VAMP/VASP （采用从头计算量子力学的分子力学）（免费）VHMPT （螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序）（免费）Virtual Molecular Dynamics Laboratory （分子动力学软件）（免费）voidoo（空腔探测软件）（免费）WAM: Web Antibody Modeling （抗体模型构建）（部分免费）WebMO （基于3W界面的计算化学软件包）（免费）并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD（免费）大分子对接程序Hex（免费）大规模原子（分子）并行模拟器LAMMP
11、S（免费）单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件（CCP14）（免费）蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD（免费）蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL分子的物理化学性质在线计算（用在基于结构的药物设计,可计算 logP, PSA,等）（免费）化合物3D结构VRML文件的自动生成（免费）化学中的常用计算机软件与资源（免费）化学资源工具箱（免费）计算机模拟的分子运动图像集（DSMM）（免费）可下载的教学软件（伦敦大学玛丽女王学院化学系提供）（免费）量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件（化学反应计算、分 子建模和可视化）美国
12、康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件（计算 生物与化学方面）（免费）美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD（免费）免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统（免费）模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO（免费）牛津大学：抗癌药物分布式计算项目Screensaver Lifesaver欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战（Simu: Challenges in Molecular Simulations）生物大分子结构分析和确认系列软件（美国加州大学圣地亚哥分校大 分子结构计算研究中心开发）（免费）牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件（免费） 应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序（免费）原子轨道3维模拟演示
