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1、一、SPM的安装与启动先安装mat lab，然后将SPM复制到mat lab下的一个文件夹（SPM2需要或以上版本）。启动mat lab, 首先set path，然后在mat lab命令窗口中输入SPM即可启动，然后选择fMRI，也可以直接输入SPM fMRI二、SPM数据处理概要先将所得数据进行空间预处理（对齐，平滑，标准化等），然后进行模型估计（将刺激的时间、 间隔与血流动力函数进行卷积，所得结果与全脑象素信号进行相关分析），最后察看结果。三、SPM8数据处理的一般步骤为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路 径。处理前首先要采用数据转换软件将d
2、icom数据转换成SPM解析格式，然后进行数据预处理，预处 理结束后到mat lab安装目录中备份spm*.ps文件，其中包含了空间校正和标准化的信息，然后进行 建模分析。运行命令：spm fmri，打开spm8的操作界面我们称左上侧的窗口为按钮窗口（button window），左下侧的窗口为输入窗口（input window），右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口（Tree Building Window or the graphics window） 0+”号，你可以双击显示子分支项,在spm8和spm5中，每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板，如果一个分支项左面有 如果一个分支项右
3、面有“-x”号，你必须为之指定选项（否 则不能运行该tree）,分支项的选项在其右侧面板指定，而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我 们处理数据没有特殊需求，我们只关心带有“ up): 1:2:nslices 2:2:nslices， 如1:2:25,2:2,25； interleaved (top - down): nslices:-2:1, nslices-1:-2:1Reference Slice，我们输入“31”。选择参考扫描层(一般可使用默认值)，其它扫描层的起始 时间都将以此层的起始时间为标准来移动进行校正。通常选择n slice/2，如25层时选择13层作为 参考层。Filena
4、me Prefix,是指新生成的图像前加何标记，一般采用默认设置。最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这就 是时间校准后的数据。注意很多研究者容易将时间校准和空间校准顺序颠倒，一般的观点是如果图像获取是隔层(interleaved)进行的，如 1、3、5、7、9、2、4、6、8、10,则要先进行 slice timing 再进行 realign，如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10,则要先 进行 realign 再做 slice timing。(为什么)3、Realign (相当于AFNI
5、中的 registration)分两步：1) coregister,将每个session的第一 scan与第一 session的第一 scan进行比较，然后将 每个session中的其他scan与本session中的第一个scan进行比较，得到每个文件的转换参数，生 成文件，同时为每个session生成对齐参数(realignment parameters ),文件名为 realignment_params_*.txt2) reslice,用文件对重新切片，生成文件。并可依选择生成一个平均象，名为。以上两步具体解释如下一一即使我们对被试的头部做了很好的固定，在实验过程中，被试也会不 由自主的有
6、一些轻微的头动，这在fMRI实验中尤为明显。这一步就是把一个实验序列中的每一帧图 像都和这个序列的第一桢图像按照一定的算法做对齐，以矫正头动。做完这一步，能给出该序列中被 试的头动情况，以作为是否放弃该数据的依据，如果头动超过1个voxel (功能图像扫描矩阵一般是 64*64，则体素的大小为(F0V/64) * (F0V/64) * (层厚+层间距)，则要考虑放弃该时间点数据。 该程序利用最小二乘法(least squares approach)原理和含6个参数(刚体模型)的空间变换，对从一 个被试获取的时间序列进行校正。用户可指定某个volume作为随后volumes的参考。可以是第1个
7、volume， 也可选择比较有代表性的volume(更明智的选择)，例如选择磁场相对稳定的第4个 volume。 校正信息(头动信息)将在结果窗口 (Graphics Window)显示。每个Session的校正信息将存储为 rp*.txt，其中*为Session数据集名称。另外，头动校正信息将以plot图形显示。如下图：Translation 表示被试头部在X，Y，Z三个方向的平移，分别用蓝，绿，红三种颜色表示。Rotation表示被试头 部在实验过程当中绕X(L-R)，Y(A-P)，Z(S-I)三条轴的转动角度。横坐标代表这个序列所采集的所 有图像，纵坐标表示的是偏移量和偏转角度，分别以毫
8、米和度为单位。采用SPM8，头动信息和空间 标准化的图形文件将以spm_data”.ps的形式保存于matlab的工作目录下，如我们是2009年4 月30日处理的数据，则将以文件存于mat lab的work目录下。translatioii100 SDD JOD 4G-： Q CDQ TOO DC-?我们在预处理面板校准选项中选择“Realign (Est & Res)”，出现如下对话框，我们按下面设 直进行：选中“data”，选择“New Session”，然后选中data下出现的“Session ”选项。点击 “Specify Files”，用spm文件选择器选择刚做完时间校准的图像（a*.img）。
