化学结构式编辑软件ChemDraw课程

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1、目 录第一章 chemdraw基础知识11.1、工作环境21.1.1工作环境综述21.1.2 图形工具板21.2 chemdraw的基本操作41.1.1 chemdraw文件的建立41.1.2 打开chemdraw文件41.1.3 chemdraw文件的存储61.1.4 关闭chemdraw文件71.1.5 退出chemdraw7第二章 实例指导82.1指导实例1 反应方程式82.1.1 绘制前的操作准备82.1.1 绘制实例92.2 指导实例2 绘制中间体结构152.3 指导实例3 复杂环化合物182.4 指导实例4 Fischer葡萄糖结构图212.5 指导实例5 绘制透视图形232.6

2、指导实例5 Newman结构26练习:29第一章 chemdraw基础知识计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。它不仅能够帮助我们进行文字及图形处理等文书工作,而且可以在化学学习与研究的各个方面协助我们更快、更好的工作。本章介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件,以期能帮助读者在自己的学习和研究中做出有效、快速的选择。有关化学结构式编辑的软件市面上非常之多,它们各有所长。既有商品的,亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形的绘制。常见的这类软件有:ChemDraw, ChemWindow, I

3、SIS Draw, ChemSketch等。前两个为商业软件,有关它们的资料可以查阅各自的网站http:/ 和 http:/ http:/ 3D(分子结构模型)和ChemFinder(化学数据库信息),其最新版本是Chem Office 2004(ChemDraw Pro 8.0、Chem3D Ultra8.0、ChemFinder Ultra8.0) 。 ChemDraw是国内外最流行、最受欢迎的化学绘图软件,它可以建立和编辑与化学有关的一切图形。例如, 建立和编辑各类化学式、方程式、结构式、立体图形、对称图形、轨道等,并能对图形进行翻转、旋转、缩放、存储、复制、粘贴等多种操作。基于国际互联

4、网技术开发的智能型数据管理系统,包含的多种化学通用数据库共四十多万个化合物的性质、结构、反应式、文献等检索条目的分析和利用,可为化学家的目标化合物设计、反应路线选择和物化性质预测以及文献的调用提供极大的方便。 该软件可以运行于Windows平台下,使得其资料可方便地共享于各软件之间。除了以上所述的一般功能外,其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如:熔点、生成热等;对结构按IUPAC原则命名;预测质子及碳13化学位移动等。 1.1、工作环境1.1.1工作环境综述类似Office的多文档界面,主要包括以下几个部分:1、菜单栏: 含有操作chemdraw应用文件和内容的命令设置。2、工具

5、栏: 含有常用命令图标,单击图标时,效果与选择菜单中相应的命令一样。3、编辑区: 供绘制图形结构的工作区。4、滚动栏:含有滚动框、滚动按钮和滚动条。5、状态栏: 标出当前的工作内容以及鼠标指到某些菜单按钮时的说明图形工具板状态/信息栏编辑区滚动栏菜单栏工具栏图1.1 chemdraw软件的操作界面1.1.2 图形工具板图形工具板含有所有能够在文件窗口绘制结构图形的工具,选择了这些工具的图标后,光标将随之改变成为相应的工具形状。工具板见图1-2。选择工具时,一次只能选择一个。在图标右下角有小黑三角 工具图标里,含有进一步的子工具图标板。用鼠标按下含三角的图标时,子工具图标将显示出来。工具板上的工

6、具如下。 图1-2 chemdraw软件的工具图板图1-3 工具栏中的子工具类型键工具:用于绘制单、双和三键箭头工具:用于绘制各种箭头。轨道工具:用于绘制各种轨道。画图工具:用于绘制常见几何形状。基元工具:用于绘制化学中常用符号。符号工具:用于绘制各种重要化学符号。反应查询:用于建立原子间在不同结构中的联系。模板工具:用于绘制模板库存的图形和结构。图1-4 工具栏中的模板工具1.2 chemdraw的基本操作1.1.1 chemdraw文件的建立在file菜单中选择NEW或open special即可以建立一个新文件。1.1.2 打开chemdraw文件1、打开chendraw文件:通过菜单【

7、FileOpen】打开相应的chemdraw文件。图1-5 file文件及下拉菜单2、打开不同格式的chemdraw文件在open对话框下面的下拉菜单中选择需要的文件格式。图1-6 chemdraw中open菜单下的对话框。3、变换两个打开文件的窗口 每次打开一个文件,就出现一个文件窗口。如果打开多个文件,尽管文件名都列在窗口菜单中,但文件窗口只显示最后打开的文件。把现有文件窗口变换成其他打开文件的窗口(激活其他文件窗日),可按下列方法进行: (1)在窗口菜单中选择要转换的文件。 (2)单击所要文件窗口的任何暴露区域。(3)按ctrl十Tab键变换两个打开文件的窗口。 1.1.3 chemdr

8、aw文件的存储 1、存储一个文件的方法 (1) 在File菜单中选择save,此时出现一个存储对话框,所用的平台不同,对话框也不同。 (2)在【文件名】框中输入要存储文件的名:(3)单击OK或save.2、以不同的文件名和位置存储文件副本 可以用Save As命令以不同的文件名、不同的位置或不同的格式存储文件副本。以这种形式存储文件副本,对保持原文件或把原文件的信息输入到其他应用都是很有用的。 (1)在File菜单中选择Save As. (2)在save对话框中输入新的名或新地址名。(3)单击OK或save. 1.1.4 关闭chemdraw文件结束文件操作、关闭活动文件窗口的方法:(1)在F

9、ile菜羊中选择close(2)单击close即可。在关闭之前,记住储存文件,否则将出现对话框提问操作者。 1.1.5 退出chemdraw在file菜单中选择Exit chemdraw ,即可把文件退出。及时关闭结束的文件,可以给正在应用的文件倒出更多的内存空间。在退出结束文件之前,需要先存储已有的文件。第二章 实例指导本章提供5个典型通俗的指导性实例,设计的目的是使使用者熟悉第一章中的基本术语和基础知识,掌握一些基础的绘图技能,便于在以后的学习中举一反三,运用自如。2.1指导实例1 反应方程式 2.1.1 绘制前的操作准备在本实例中,将学习如何绘制反应方程式(图2-1),绘制实例前先进行以

10、下操作:图2-1 实例指导1(反应方程)(1) 开始启动chemdraw。(2) 从File菜单,选择Save As命令。(3) 在文本对话框的底部输入tut1.cdx。(4) 在指南中存储文件。(5) 单击OK按钮。(6) 打开Object菜单,确认在Fixed lengths和Fixed angles命令的左边有对号,如果没有对号,再选择一遍,如图2-2。图2-2 Object菜单的操作 2.1.1 绘制实例 1、绘制第一个键(1)在工具板上选择实键工具,见图2-3左。(2)把鼠标(当选中单键工具时,鼠标在屏幕上显示为十字形)放在文件窗口的任意合适的位置(定位),同时单击鼠标,见图2-3中

11、。(3)向右上角拖动鼠标,见图2-3右。(4) 当放开鼠标时,键与X轴成30度角,伸展的键长为固定键长。见文件窗口左下角的【信息区域】框。 【注意】当利用键工具绘制化学结构时,总是要建立结构的第一个键,如图2-3所示。不能用键工具单击出结构来,如果用环工具,可用单击开始第一个结构。2、加一个键(1)用鼠标指向键右面的原子(放在点位),见图2-4左。(2)单击原子加一个键,见图2-4右。形成的键与第一个键成120度角。 图2-3 绘制第一个键 图2-4 加一个键3、加第二个键(1)用鼠标指向C2原子(加键的位置就是C2),见图2-5左。(2)单击原子加一个键,见图2-5右。4、建立一个双键 (1

12、)用鼠标指向C2并按下鼠标,见图2-6左。(2)选中鼠标沿单键从C2移动到C4,然后放开鼠标,即可建立一个双键,见图2-6右。5、在结构上加原子标记加原子标记的方法很多,将在指导实例中逐步说明。(1)用鼠标指向原子,见图2-7左。(2)双击原子,见图2-7中。(3)在文本框中输入字母O,见图2-7右。如果关闭文本框,可单击窗口其他区域或选择其他工具。6、复制结构(1)选择套索图标,最后绘制的结构自动被选中。(2)把鼠标放在选择方框中,鼠标变成一只手。(3)按下Ctrl键,手上出现一个加号,表示选择工具的复制模式,见图2-8左。 (4)向右按动选择框,当开始移动时,结构的复制图被建立,原结构保持

13、在原位置,见图2-8右。 7、修改复制的结构 (1)在工具板上选择实键工具,见图2-9左。 (2)用鼠标指向原子,见图2-9中。 (3)单击原子加键,见图2-9右。 8、加一个以上的键 (1)用鼠标指向原子,见图2-10左。 (2)单击原子三次,每次间隔停顿一下,见图2-10右。【注意】 这里所用的角度是基于Drawing Setting对话框中的Chain Angles Setting所决定。如果想改变到任意角度,可以由Shift再加上按动操作实现。9、改变某一个键的角度(1)按下Shift键,指向向下的垂直线,见图2-11左。(2)按动键到指定的方位,见图2-11右。(3)放开鼠标和Shift键。10、用快捷键建立原子标记在键盘上的许多键可以作为设置原子标记的快捷键。(1)用鼠标指向原子,见图2-12左。(2)用键盘输入字母O,见图2-12右。11、把两个靠近的结构分开到目前为止,反应的反应物和产出物的结构已绘制完毕,见图2-13。用check Structure命令来检查结构图形的正确性的步骤:选择选择工具,最后绘制的图形自动被选中;如选择不同的结构,双击结构的任意一个键;从Structure莱单选择check Structure命令,其错误信息将在相应处出现。重复此步骤检查另外的结构。 【注意】如果发现错误,在信息窗口单击Stop按钮,

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