伯杰氏系统分类手册

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1、附录2 伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册（“Bergrys Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles 第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出

2、一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 （Domain “Archaea”）第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目 热变形菌目(Thermoproteales)第I科 热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属 热变形菌属(Thermoproteus)第II属 热杆菌属(Caldivirga)第III属 热棒菌属(Pyrobaculum)第I

3、V属 热枝菌属(Thermocladium)第II科 热丝菌科(Thermofilaceae)第I属 热丝菌属(Thermofilum)第II目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属 (Acidolobus)第III属 气热菌属(Aeropyrum)第IV属 浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属 葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属 斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属 恐硫球菌属(Sulfophob

4、ococcus)第VIII属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属 耐热球菌属(Thermosphaera)第II科 热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属 热网菌属(Pyrodictium)第II属 栖高温菌属(Hyperthermus)第III属 热叶菌属(Pyrolobus)第III目 硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属 硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属 酸菌属(Acidianus)第III属 生金球菌属(Metallosphaera)第IV属 栖冥河菌属(Stygiolobus)第V

5、属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属 硫化球菌属(Sulfurococcus)第AII门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.)第I纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属 甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属 甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属 甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter

6、)第II科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属 甲烷球菌属(Methanococcus)第II属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)第II

7、属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属 甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属 甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属 产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属 产甲烷菌属(Methanogenium)第V属 叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属 甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属 甲烷粒菌属(Methano

8、corpusculum)第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属 甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属 产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属 甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属 甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属 甲烷叶菌属(

9、Methanolobus)第VI属 甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属 甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.)第I属 鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲 盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目 盐杆菌目(Halobacteriales)第I科 盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属 盐杆菌属(Halobacterium)第II属 盐盒菌属(Haloarcula)第III属 盐棒杆菌属(Halobaculum)第IV

10、属 盐球菌属(Halococcus)第V属 富盐菌属(Haloferax)第VI属 盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属 盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属 盐红菌属(Halorubrum)第IX属 盐栖菌属(Haloterrigena)第X属 无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属 钠线菌属(Natrinema)第XII属 嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属 嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属 嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属 碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲 热原体纲(Ther

11、moplasmata class. nov.)第I目 热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科 热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.)第I属 热原体属(Thermoplasma)第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属 嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科 铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属 铁原体属(Ferroplasma)第V纲 热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目 热球菌目(Thermococcales)第I科 热球菌科(Thermococcaceae)

12、第I属 嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属 热球菌属(Pyrococcus)第VI纲 古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.)第I属 古生球菌属(Archaeoglobus)第II属 铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲 甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目 甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I

13、科 甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属 甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)细菌域“Bacteria”第BI门 产液菌门(Aquificae phy. nov.)第I纲 产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目 产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科 产液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第I属 产液菌属(Aquifex)第II属 热杆菌属(Calderobacterium)第III属 氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属 热发状菌属(Thermocrinis)未定属第I属

14、 脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)第BII门 栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲 栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目 栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科 栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属 栖热袍菌属(Thermotoga)第II属 闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属 地袍菌属(Geotoga)第IV属 石袍菌属(Petrotoga)第V属 栖热腔菌属(Thermosipho)第BIII门 热脱硫杆菌门(Thermodesulf

15、obacteria phy. nov.)第I纲 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)第BIV门 异常球菌栖热菌门(Deinococcus-Thermus)第I纲 异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目 异常球菌目(Deinococcales)第I科 异常球菌科(Deinococcaceae)第I属 异常球菌属(Deinococcus)第II目 栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科 栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属 栖热菌属(Thermus)第II属 稍