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1、常见限制性内切酶识别序列（酶切位点）（BamHI 、EcoRI、HindIII 、Ndel、Xhol 等）Time : 2009-10-22 PM 15:38Author:bioerHits:7681 times在分子克隆实验中，限制性内切酶是必不可少的工具酶。无论是构建克隆载体还是表达载体，要根据载体选择合适的内切酶（当然，使用T载就不必考虑了）。先将引物设计好，然后添加酶切识别序列到引物5端。常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、HindIII 、NdeI、XhoI等可能你都已经记住了它们的识别序列，不过 为了保险起见，还是得查证一下。下面是一些常用的II型内切酶的识别序列，仅供参考。先
2、介绍一下什么是II型内切酶吧。The Type II restrictio n systems typically con tai n in dividual restrictio n en zymes and modificatio n en zymes en coded by separate gen es. The Type II restricti on en zymes typically recog nize specific DNA seque nces and cleave at con sta nt positi ons at or close to that seque n
3、ee to produce 5-phosphates and 3-hydroxyls. Usually they require Mg 2+ ions as a cofactor, although some have more exotic requireme nts. The methyltra nsferases usually recog nize the same seque nee although some are more promiscuous. Three types of DNA methyltra nsferases have bee n found as part o
4、f Type II R-M systems formi ng either C5-methylcytos ine, N4-methylcytos ine or N6-methylade nine.酶类型识别序列TypeIIrestrictio nApaI5GGGCCAC 3en zymeTypeIIrestrictio n5 GAGATCC 3BamHIen zymeTypeIIrestrictio nBglII5 AAGATCT 3en zymeTypeIIrestrictio nEcoRI5 GAAATTC 3en zymeTypeIIrestrictio nHin dIIIen zyme
5、5 AAAGCTT 3TypeIIrestrictio nKp nlen zyme5 GGTAC9 3TypeIIrestrictio nNcoIen zyme5 C9ATGG 3TypeIIrestrictio nNdeIen zyme5 CAATATG 3TypeIIrestrictio nNheIen zyme5 GACTAGC 3TypeIIrestrictio nNotIen zyme5 GCAGGCCGC 3TypeIIrestrictio nSacIen zyme5 GAGCTAC 3TypeIIrestrictio nSalIen zyme5 GATCGAC 3TypeIIre
6、strictio nSphIen zyme5 GCATGAC 3TypeIIrestrictio nXbaIen zyme5 TACTAGA 3TypeIIrestrictio nXhoIen zyme5 CATCGAG 3要查找更多内切酶的识别序列，你还可以选择下面几种方法：1. 查你所使用的内切酶的公司的目录或者网站；2. 用软件如：Primer Premier5.0 或Bioedit等，这些软件均提供了内切 酶识别序列的信息；3. 推荐到 NEB 的 REBASE 数据库去查(网址：http:/ 酶识别序列，下一步或许是添加保护碱基了，可以参考：NEB公司网站提供的关于设计PCR引物保护
7、碱基参考表下载(也可见图片)XmalCC匚CGGGG800CCC匚匚GGG需G102S75CCCCCCGGGGGG125090TCC匚匚匚匚GGGGGGA149090双酶切 buffer 的选择（MBI、罗氏、NEB、Promega 、Takara ）再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法，优点包括: 设计引物不必考虑选择什么酶切位点； 不必考虑保护碱基的问题； 不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体； 而且不需要DNA连接酶； 假阳性几率低（因为没有连接反应这一步，载体自连的问题没有了）。另外，还有一个经济问题：如果一次性制备一批载体（小提一次质粒约80此）,并将之线性化（可双酶切亦可单酶切），然后每次做分子克隆实验时用 一点，大约可以做约40次转化，用一年没问题！
