酵母双杂交原理(网摘综合)

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1、酵母双杂交系统原理BIOX.CN 2005-6-5 16:04:32 来源：丁香园酵母双杂交系统(Yeast Two-hybrid System由 Fields和Song等首先在研究真核基因转录 调控中建立。典型的真核生长转录因子，如GAL4、GCN4、等都含有二个不同的结构域:DNA 结合结构域(DNA-binding domain)和转录激活结构域(transcription-activating domain)。前者可 识别DNA上的特异序列，并使转录激活结构域定位于所调节的基因的上游，转录激活结构 域可同转录复合体的其他成分作用，启动它所调节的基因的转录。二个结构域不但可在其连 接区适

2、当部位打开，仍具有各自的功能。而且不同两结构域可重建发挥转录激活作用。酵母 双杂交系统利用杂交基因通过激活报道基因的表达探测蛋白一蛋白的相互作用。主要有二类 载体:a含DNA -binding domain的载体;b含DNA-activating domain的载体。上述二类载体 在构建融合基因时，测试蛋白基因与结构域基因必须在阅读框内融合。融合基因在报告株中 表达，其表达产物只有定位于核内才能驱动报告基因的转录。例如GAL4-bd具有核定位序 歹列(nuclear-localization sequence)，而 GAL4-ad 没有。因此，在 GAL4-ad 氨基端或羧基端应 克隆来自SV

3、40的T-抗原的一段序列作为核定位的序列。双杂交系统的另一个重要的元件是报道株。报道株指 经改造的、含报道基因(reporter gene)的重组质粒的宿主细胞。最常用的是酵母细胞，酵母细胞作为报道株的酵母双杂交系 统具有许多优点：1易于转化、便于回收扩增质粒。2具有可直接进行选择的标记基 因和特征性报道基因。3酵母的内源性蛋白不易同来源于哺乳动物的蛋白结合。一般编码 一个蛋白的基因融合到明确的转录调控因子的DNA 结合结构域(如GAL4-bd，LexA-bd)； 另一个基因融合到转录激活结构域(如GAL4-ad，VP16)。激活结构域融合基因转入表达结合 结构域融合基因的酵母细胞系中，蛋白间

4、的作用使得转录因子重建导致相邻的报道基因表达 (如lacZ)，从而可分析蛋白间的结合作用。酵母双杂交系统能在体内测定蛋白质的结合作用，具有高度敏感性。主要是由于：采 用高拷贝和强启动子的表达载体使杂合蛋白过量表达。信号测定是在自然平衡浓度条件下 进行，而如免疫共沉淀等物理方法为达到此条件需进行多次洗涤，降低了信号强度。杂交 蛋白间稳定度可被激活结构域和结合结构域结合形成转录起始复合物而增强，后者又与启动 子DNA结合，此三元复合体使其中各组分的结合趋于稳定。通过mRNA产生多种稳定 的酶使信号放大。同时，酵母表型，X-Gal及HIS3蛋白表达等检测方法均很敏感。酵母双杂交筛选原理双杂交系统的建

5、立得力于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需 要有反式转录激活因子的参与。80年代的工作表明，转录激活因子在结构上是组件式的 (modular),即这些因子往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成，其中有DNA结合结 构域(DNA binding domain,简称为DB，? BD)和转录激活结构域(activation domain,简称为 AD),它们是转录激活因子发挥功能所必需的。单独的DB虽然能和启动子结合，但是不能 激活转录。而不同转录激活因子的DB和AD形成的杂合蛋白仍然具有正常的激活转录的 功能。如酵母细胞的Gal4蛋白的DB与大肠杆菌的一个酸性激活结构域B42融

6、合得到的杂 合蛋白仍然可结合到Gal4结合位点并激活转录。Fields等人的工作标志双杂交系统的正式建立。他们以与调控SUC2基因有关的两个蛋 白质Snf1和Snf2为模型，将前者与Gal4的DB结构域融合，另外一个与Gal4的AD结构域 的酸性区域融合。由DB和AD形成的融合蛋白现在一般分别称之为“诱饵(bait)和“猎物” 或靶蛋白(prey or target protein)0如果在Snf1和Snf2之间存在相互作用，那么分别位于这 两个融合蛋白上的DB和AD就能重新形成有活性的转录激活因子，从而激活相应基因的转 录与表达。这个被激活的、能显示“诱饵”和“猎物”相互作用的基因称之为报道

7、基因(reporter gene)。通过对报道基因表达产物的检测，反过来可判别作为“诱饵”和“猎物”的两个蛋 白质之间是否存在相互作用。在此Fields等人采用编码8 -半乳糖苷酶的LacZ作为报道基 因，并且在该基因的上游调控区引入受Gal4蛋白调控的GAL1序列。这个改造过的LacZ 基因被整合到酵母染色体URA3位上。而酵母的GAL4基因和GAL80基因(Gal80是Gal4 的负调控因子)被缺失，从而排除了细胞内源调控因子的影响。已经知道在Snf1和Snf2之 间存在相互作用。结果发现只有同时转化了 Snf1和Snf2融合表达载体的酵母细胞才有(8 - 半乳糖苷酶活性，单独转化其中任何

8、一个载体都不能检测出8 -半乳糖苷酶活性。目前发展起来的各种双杂交系统大多是以Fields等人建立的系统为基础的。这些新系 统主要对报道基因、“诱饵”表达载体以及“猎物”表达载体等做了一些改进。其中一个重 要改进是引入额外的报道基因，如广泛采用的HIS3基因。经过改造带有HIS3报道基因的 酵母细胞，只有当HIS3被启动表达才能在缺乏组氨酸的选择性培养基上生长。HIS3报道 基因的转录表达是由“诱饵”和“猎物”的相互作用所启动的。大多数双杂交系统往往同 时使用两个甚至三个报道基因，其中之一是LacZ。这些改造后的基因在启动子区有相同的 转录激活因子结合位点，因此可以被相同的转录激活因子(如上述

9、的Gal4蛋白)激活。通过 这种双重或多重选择既提高了检测灵敏度又减少了假阳性现象。其他还有针对“诱饵”或 “猎物”表达载体等所作的改进，这里不一一详述。在双杂交鉴定过程中要经过两次转化，这个工作量是相当大的，特别是寻找新的作用蛋 白质的时候尤其如此。而且，酵母细胞的转化效率比细菌要低约4个数量级。因此转化步 骤就成为双杂交技术的瓶颈。Bendixen等人通过酵母接合型的引用，避免了两次转化操作， 同时又提高了双杂交的效率。在酵母的有性生殖过程中涉及到两种配合类型：a接合型和 a接合型，这两种单倍体之间接合(mating)能形成二倍体，但a接合型细胞之间或a接合型 细胞之间不能接合形成二倍体。

10、根据酵母有性生殖的这一特点，他们将文库质粒转化a接 合型酵母细胞，“诱饵”表达载体转化a接合型细胞。然后分别铺筛选平板使细胞长成菌 苔(lawn),再将两种菌苔复印到同一个三重筛选平板上，原则上只有诱饵和靶蛋白发生了相 互作用的二倍体细胞才能在此平板上生长。单倍体细胞或虽然是二倍体细胞但DB融合蛋 白和AD融合蛋白不相互作用的都被淘汰。长出来的克隆进一步通过8 -半乳糖苷酶活力进 行鉴定。这项改进不仅简化了实验操作，而且也提高了双杂交的筛选效率。在研究蛋白质的结构功能特点、作用方式过程中，有时还要通过突变、加抑制剂等手段 破坏蛋白质间的相互作用。针对实际工作中的这种需要,Vidal等人发展了所

11、谓的逆双杂交系 统(reverse two-hybrid system)0这项技术的关键是报道基因URA3的引入。URA3基因在这 里起到了反选择的作用，它编码的酶是尿嘧啶合成的关键酶。该酶能把5-氟乳清酸(5-FOA) 转化成对细胞有毒的物质。Vidal等人通过改造在URA3基因的启动子内引入Gal4的结合位 点。这个改造的酵母菌株在缺乏尿嘧啶的选择性培养基上只有当“诱饵”和“猎物”相互作 用激活URA3基因的表达才能生长。在含有5-FOA的完全培养基上“诱饵”和“猎物”的 相互作用则抑制细胞的生长。然而如果目的蛋白，即与DB或AD融合的蛋白质发生了突 变或者由于外加药物的干扰不再相互作用,

12、URA3基因不表达，则细胞能在含有5-FOA的完 全培养基上生长。通过这种方法，Vidal等人筛选到了转录因子E2F1的突变物，这些突变 物仍然能结合视网膜母细胞瘤蛋白RB,但是丧失了同另外一种称为DP1蛋白的结合能力。 结果得到了体外结合实验的验证。通过对这些突变蛋白基因的测序，他们发现了新的E2F1 同DP1结合的位点。酵母双杂交系统（yeast two-hybrid system）酵母双杂交系统（yeast two-hybrid system）是在酵母体内分析蛋白质-蛋白质相互作用 的基因系统，也是一个基于转录因子模块结构的遗传学方法。该法由Fields等人于1989年 首次建立并得到广

13、泛地应用。酵母双杂交衍生系如酵母双杂交的二元诱饵系统、逆向双杂交 系统、非转录读出特点的双杂交系统（如Sos蛋白招募系统、PI3K介导的靶蛋白识别系统 和断裂-泛素为基础的双杂交系统）以及转录激活因子与其相关蛋白之间的相互作用的双杂 交系统（如以pollll为基础的杂交系统和RTA系统）等在很大程度上克服了传统酵母双杂交 系统的局限性，扩大了被研究的蛋白质的范围，提高了系统的灵敏度。酵母双杂交及其衍生 系统是鉴定及分析蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-RNA相互作用的最常用、最有效 的工具之一。一、酵母双杂交系统原理双杂交系统的建立得力于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录

14、需要 有反式转录激活因子的参与。80年代的工作表明，转录激活因子在结构上是组件式的 （modular）,即这些因子往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成其中有DNA结合 结构域（DNA binding domain，简称为DB）和转录激活结构域（activation domain，简称为 AD），它们是转录激活因子发挥功能所必需的。前者可识别DNA上的特异序列，并使转录 激活结构域定位于所调节的基因的上游，转录激活结构域可同转录复合体的其他成分作用， 启动它所调节的基因的转录。二个结构域不但可在其连接区适当部位打开，仍具有各自的功 能，而且不同两结构域可重建发挥转录激活作用。酵母双杂交系统利

15、用杂交基因通过激活报 道基因的表达探测蛋白-蛋白的相互作用。单独的DB虽然能和启动子结合，但是不能激活 转录。而不同转录激活因子的DB和AD形成的杂合蛋白仍然具有正常的激活转录的功能。如 酵母细胞的Gal4蛋白的DB与大肠杆菌的一个酸性激活结构域B42融合得到的杂合蛋白仍 然可结合到Gal4结合位点并激活转录。双杂交系统的另一个重要的元件是报道株。报道株 指经改造的、含报道基因的重组质粒的宿主细胞。最常用的是酵母细胞，酵母细胞作为报道 株的酵母双杂交系统具有许多优点易于转化、便于回收扩增质粒；具有可直接进行选择 的标记基因和特征性报道基因；酵母的内源性蛋白不易同来源于哺乳动物的蛋白结合。一 般

16、编码一个蛋白的基因融合到明确的转录调控因子的DNA-结合结构域（如GAL4-bd， LexA-bd）；另一个基因融合到转录激活结构域（如GAL4-ad，VP16）。激活结构域融合基因 转入表达结合结构域融合基因的酵母细胞系中，蛋白间的作用使得转录因子重建导致相邻的 报道基因表达，从而可分析蛋白间的结合作用。Fields等人以与调控SUC2基因有关的两个蛋白质Snf1和Snf2为模型，将前者与Gal4 的DB结构域融合，另外一个与Gal4的AD结构域的酸性区域融合。由DB和AD形成的 融合蛋白现在一般分别称之为“诱饵（bait）”和“猎物或靶蛋白（prey or target protein）”。 如果在Snf1和Snf2之间存在相互作用，那么分别位于这两个融合蛋白上的DB和AD就能 重新形成有活性的转录激活因子，从而激活相应基因的转录与表达。这个被激活的、能显示 “诱饵”和“猎物”相互作用的基因称之为报道基因（reporter gene）。通过对报道基因表达 产物的检测，反过来可判别作为“诱饵