PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表

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1、PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表1 关键词： 不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求 不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求 切割率% 酶 寡核苷酸序列 2 hr Acc I GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG Afl III CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG Asc I GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA Ava I CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA BamH I CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGG

2、ATCCGCG Bgl II CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC BssH II GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA BstE II BstX I GGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT Cla I CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG 0 0 0 0 90 90 90 90 90 50 90 90 10 90 90 0 75 25 0 0 50 0 0

3、 25 25 0 0 90 50 20 hr 0 0 0 0 90 90 90 90 90 90 90 90 25 90 90 0 90 90 0 0 90 10 0 50 90 0 0 90 50 EcoR I GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG 90 90 90 90 90 90 0 0 10 0 90 90 0 25 0 50 0 0 0 0 75 75 0 10 10 90 90 90 90 90 90 0 0 75 0 90 90 0 50 0 75 0 0 0 0 90 90 0 25 50 Hae III GGGGCCCC AGCGGCCGCT TT

4、GCGGCCGCAA Hind III CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG Kpn I GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG Mlu I GACGCGTC CGACGCGTCG CCCATGGG CATGCCATGGCATG CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC Nco I Nde I Nhe I GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG 大吕的日子 酶切位点保

5、护碱基表2 关键词： 切割率% 酶 寡核苷酸序列 2 hr Not I TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA Nsi I TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT 0 10 10 25 25 10 90 20 hr 0 10 10 90 90 90 90 Pac I TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG 0 0 0 0 0 0 75 0 10 90 90 0 0 10

6、 0 10 0 50 0 10 10 10 75 0 0 10 90 10 10 0 0 0 0 10 90 90 90 0 25 90 0 25 50 90 0 10 90 90 0 0 25 10 10 0 90 0 50 75 25 75 10 10 50 90 90 90 50 50 0 25 50 90 90 90 Pme I GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG Pst I GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCAT

7、TGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT Pvu I CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA Sac I Sac II CGAGCTCG GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA Sal I Sca I GAGTACTC AAAAGTACTTTT Sma I CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA Spe I GACTA

8、GTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG Sph I GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT AAGGCCTT GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT Stu I Xba I CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG 0 90 75 75 0 10 10 0 25 50 90 0 90 90 90 0 25 75 0 75 90 90 Xho I CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG Xma I CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA