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1、-第一章简介凝胶电泳是每个做分子生物学的研究者天天都要打交道的根本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。目前有大量软件可以用于分析电泳结果，要向大家介绍的是Bio-Rad公司的1D凝胶分析软件Quantity OneBio-Rad还有一个做2D凝胶分析的软件PDQuest。Quantity One软件是常用1D凝胶分析软件中功能最强大，自动化程度最高的软件。这个软件的最新版本可以在Bio-Rad的网.bio-rad.免费下载，以供试用或用户升级之用。Quantity One软件的主要功能包括定量分析(Volumes Quick Guide)，电泳条带分析(Band Analysis)，差
2、显分析(Differential Display Analysis)，克隆计数(Colony Counting Analysis)等，此外，还可以直接控制Bio-Rad公司的各类图像仪和E*Quest自动切胶仪，使您的凝胶分析工作变得极为轻松。Quantity One软件拥有与windows操作系统下绝大多数应用软件一样的友好界面。插入密码狗，翻开Quantity One软件，可以看到最上缘蓝色横条幅是标题栏，往下依次是菜单栏和工具栏。File图像翻开、保存、引入、打印等操作Match分子量估算、条带匹配分析Edit图像普通编辑操作Volumn定量分析View图像缩放、三维视图、看光密度值等操
3、作Analysis浓度估算、克隆计数等分析Image图像旋转、翻转、裁切等操作Reports分析结果输出Lane泳道分析Window窗口分析Band条带分析Help帮助、快捷菜单、软件注册等每个菜单的主要功能如下：往下一行是工具栏，上面每个按钮的功能见下表：Quantity One软件HelpQuick Guide快捷指南提示如何实现一个功能，如定量分析(Volumes Quick Guide)，电泳条带分析(Band Analysis)，差显分析(Differential Display Analysis)，克隆计数(Colony Counting Analysis)等。快捷指南下有1，2，
4、3步骤，根据提示完成。使用Quantity One软件进展电泳结果分析，通常包括图像获取、图像预处理、分析、结果输出四局部。图像获取就是通过软件控制扫描仪GS-800、PharosF*等或凝胶成像系统GelDoc、ChemiDoc、VersaDoc等，图像预处理就是将扫描或拍照获得的原始图像进展初步处理，以便更好地进展后续分析。接下来是分析过程，根据分析的方法和目的不同，又可以分为定量分析、条带分析、克隆计数、差异聚类分析等等。不管如何分析，最终我们都必须通过软件的输出功能，得到我们想要的结果。Quantity One软件提供了多种结果输出方式。在接下来的几章里，我们将按照这个思路，一步步引导
5、您使用这一软件。第二章图像获取Quantity One 4.44.6版本可以控制Bio-Rad目前几乎所有的图像仪，如GelDoc *R、ChemiDoc *RS等。这些图像仪采集到的图像，可以直接保存成软件可直接分析的图像，即扩展名1sc的原始图像文件。下面将具体介绍如何通过Quantity One软件从GelDoc *R获取图像。GelDoc *R是Bio-Rad凝胶成像系统中最常用，操作最简便的仪器，它可以用来拍摄EB、SYBR Green等染料染的核酸电泳凝胶；Sypro Ruby、银染、考马斯亮蓝等方法染的蛋白电泳凝胶；以及化学显色的印记膜等。使用GelDoc *R之前，先接通电源，
6、翻开位于仪器反面右下角的电源开关；然后根据具体的应用选择适宜的照明和滤光片位置。原则如下：表格形式模式1. 如果样品是通过EB、SYBR Green、Sypro Ruby等染料通过紫外激发来显色，就先将样品置于紫外透射平台(UV Transilluminator)的中间，关上暗箱门，然后按下面板上的Trans UV按钮，并将滤光片选择杆置于位置I处。模式2. 如果样品是通过金属银、考马斯亮蓝等染料染色，就先将白光转换屏 (White Light Conversion Screen)取下，翻开下部的开关，放在紫外透射平台上，样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的Trans Whit
7、e按钮，并将滤光片选择杆置于位置I处。模式3. 如果是化学显色等非透明可见样品，则用模式2中所示方法，将样品置于白光转换屏中间。关上暗箱门，然后按下面板上的Epi White按钮，并将滤光片选择杆置于位置O处。接下来翻开Quantity One软件，选择FileGelDoc *R，按以下顺序操作：按下Live/Focus，成像仪进入实时成像；选择照明模式，一般核酸胶用UV,蛋白胶用White模式；注意，选择完成后，要按下成像仪面板上相应的光源按钮此功能有三个上下键按钮：IRIS光圈，ZOOM缩放，FOCUS聚焦，您可在软件上直接调节或在仪器面板上手工调节调节步骤：a 调大IRIS，以看到图像
8、b 点ZOOM,将胶适当放大 c 调节IRIS至适宜大小一般情况下尽量选择小光圈，因为小光圈景深大，图像更清晰) d 调节FOCUS，至图像最清晰按按Auto E*pose；如是，单击Auto E*pose,系统将自动选择曝光时间成像，如不满意，单击Manual E*pose，并输入曝光时间秒，图像满意后保存,在自动曝光期间，图象会持续的输入到CCD中，直到到达一定比例的饱和象素值，此比例在Options dialog bo* 中设定 (默认值 = 0.15)。一旦图象质量到达要求，点击Freeze button 来终止曝光。如是蛋白凝胶，接第6步直接将清晰的图像保存即可按下Analyze；这
9、将会翻开一个新的窗口来显示捕获的图象，该图象具有默认名称，具有日期、时间及用户名如果的话等信息。按下Save键，保存图像。第三章图像分析Quantity One的图像分析功能相当强大，根据不同的需要，可以分为定量分析、条带分析、相似性分析以及克隆计数(用于蓝白斑筛选)等等，而且每种分析法都有独特的优点和输出方式。本章重点介绍常用的定量分析和条带分析方法，其余更细更深的功能请参考软件自带的用户手册。一定量分析Volumn Analysis定量分析是计算选定区域信号强度的总和，是Quantity One最方便的定量工具。这种分析方式考虑选定区域的真实形状，可用于电泳条带、斑点、大型芯片等图像的定量
10、。这种定量的方法可以扣除背景，可以按照用户的标准曲线计算出条带或斑点的浓度，但它不能计算分子量，也不能进展条带匹配和相似性分析。Quantity One软件称这类定量的结果为Volume。 Volume选定区域所有像素信号强度的总和像素面积 Volume的单位：intmm2快捷指南Volumes Quick Guide，能够指导您对任意所选区域进展定量分析,此分析可以报告多种结果，常用的结果是相对浓度和绝对浓度须提供标准品。具体的操作方法如下：1选择成像系统或翻开已保存的文件(软件可以控制Bio-Rad所有的成像系统如GelDoc,ChemiDoc,VersaDoc,GS-800,F*,如不是
11、Bio-Rad成像系统所摄取的图象，将图象保存为Tiff 1文件格式，软件也可进展分析处理)2Zoom Bo*，缩放，对图象进展放大观察3Transform转化，调节图象的比照度黑白4选择待分析区域：Volumn Contour Tool等高线勾勒区域，自动连接浓度一样的点，如U1 Volume Free hand Tool自由画笔选择区域，可以勾勒出无规则形状,如U2Volume Rect Tool 矩形区域选择，如U3Volumn Circle Tool圆形选择区域，如U4按上面4种方法选择需要定量的区域。5双击所选区域，出现如下窗口，定义样品类型，如未知样品Unkonwn(U1,U2即待
12、计算样品)，背景Background(B1,B2，软件在算浓度时会将此区域的浓度自动扣除) 或标准样品StandardStd1,Std2, 如果该样品是浓度标准样品，即定量标准，需在浓度concentration一栏输入该样品的浓度。6Select Tool选择不同区域7Print Image打印图像8Volume Analysis Report 定量报告结果，翻开出现如下窗口，选择要报告的参数，主要有2个参数Volume、adj. Vol. (即adjusted volume) 和Concentration。Volume为定量值，adj. Vol. 为扣除背景后的定量值，如有浓度标准样品St
13、d，软件可报告Concentration绝对浓度。参数选好后，按下按钮done。9软件报告如以下图所示：按右侧输出按钮，可将表格保存成t*t文件，按左侧打印按钮，可将报告打印出来。二条带分析Band Analysis条带分析是Quantity One最根本的分析工具，它可以自动识别电泳泳道和识别条带，依据泳道的平均光密度和条带宽度对每个条带进展模式化定量。这种分析方式虽然不如定量分析来得方便，但这样可以实现非常复杂的电泳分析，满足各种不同的结果需要。这种方式的最大优点在于它可以完全抛弃人为主观因素而进展全自动定量。用条带分析的方法进展定量的结果叫Trace QuantityTrace Qty，
14、计算方法是：首先软件自动计算条带上每一横排像素的平均光密度和平均光密度分布曲线，然后每个具体条带的定量值是平均光密度曲线的线下面积的积分，即：Trace Quantity平均光密度条带上下边界的距离Trace Quantity的单位：OD*mm下面介绍用此功能对泳道的所有条带进展分子量确定，相对浓度分析1翻开已保存的文件(如不是Bio-Rad成像系统所摄取的图象，将图象保存为Tiff 1文件格式，软件也可进展分析处理)2Zoom Bo*，缩放，对图象进展放大观察3Transform转化，调节图象的比照度黑白4确定泳道(lane),并对泳道进展各种调整实际实验中泳道往往不是垂直的而出现各种变形。
15、按以下图所示在软件的工具栏中有一Lane Tool图标，包含有更多泳道编辑工具。5选择Frame Lanes，输入图像实际泳道(lane)数并确认。此时图像上泳道的位置上会出现一条条红线，每条红线就代表一根泳道。6选择Add/Adjust Anchors，此时泳道红线上会出现一些小圆圈。这些小圆圈称为锚定点(anchor)，锚定点规定了泳道走向。当泳道不直时，点击出现弯曲的泳道部位，就可以增加锚定点。鼠标按住锚定点，可以拖动锚定点，让每根红线始终位于泳道的中间线上。7Lane Background去除泳道背景。点击该按钮，选择一条适当的泳道点击之，然后在弹出的对话框中选All Lane On，在Rolling Disk Size中填入适当的数值1。8Detect Band，检测泳道的条带，翻开出现如下窗口。通过调节sensitivity灵敏度可调节检测出的条带数，调节Lane Width使代表表带的红色横线与条带宽度差不多宽。中间一行人工编辑按钮可以用来增加/减少条带、调节条带的上、下边界等。翻开工具栏中Band Tool条带编辑工具包可看到更多编辑工具如上图9.Standard输入分子量标准，软件自带有许多Bio-Rad的分子量标准，如你用的
