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1、# / 6Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据 冗长的工作，不仅适用于研究和教学， 同时也可以应用与出版和作报告。1.配合物分子结构的绘制双击diamond快捷方式，进入主程序。打开数据.cif文件，程序将出现一系 列对话框，可一直点击“下一步”,知道有“完成”出现，点击“完成”,如再有 对话框出现仍点击“完成”,程序进入结构图编辑页面。StartfctMirU其金在用Err LHr. mr -CIHa E. XrtriOr. Mb 01褥0We,E1ROE331000一a
2、1。中J1&J0OT.2iROM一213 口OS-11母电3.I1幅 口 E21z- aaa一2i3 o ourr, j i“ 。 um.上? aat_9ii场 耐幅ii邦用健.2 iM IM旭.21U NNE-一.J132 N hftg 11.WMUXLE7,* 7rh n EU V Al.wfftne pjwsrmMK!1中EHgCOXfc3.D0口WMbOfi的DU nnviiQfiwn0BtnjHndiDTkIlDFEuDDZvtratiLID isage可1-tEnf rfa口(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原 子组去掉(如Cd-C Cd-H),
3、并根据已知键长范围设定原子组，如下图 Cd-O键 最大值约在2.7,所以将计算机默认值由2.880改为2.700。Cnrm ect i vit jX1,包。利140 Z.7OTCd0At.grps#3At.crd.tfAAJ 海m 出K 工修 iffinhw g D U M Utt 幅 r 时占求诲 w It ;UnrhM rvhvp rvriprriUmr rjrMVriJYilYlWYM；! itfMl-4LO-i 匚01E EMrwd3UMWlMm2lCnuhsi IrnliQjJCOr0CirtWaJUxnkMBand hb*ateea叫a由aRc*Ete lK50DvScai3L/r
4、 dheu nvi-Ti,Hfewd-rtaB 在Build菜单中找到Filter,单击出现对话框，在该对话框中，原子刖若挑钩 则表示其在屏幕中会正常显示出来。如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显 示出来。在配合物的结构图中一般 H原子不需要显示出来，所以我们将 H原子 的钩去掉。FilterAtom stes From parameter ht:也串M all Moms 在原子前方框中，未| UnMkH&om 挑钩的原子将不显不 出来OKSymmetry operations: 回 1 ： % % e 02: -Xj O.&l-yj 0.5-z 031 % -yt -Z4: x, 0.5-
5、y, 0.5+z（5）配位环境图的绘制。选择屏幕左下方的连接原子按钮，将（3）中孤立的原子连接起来。由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三晚长出来。对于配位环境图中的非碳原子需标 出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按 钮。如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。注意对后长出来的与金属离子直接相连 的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相 应的对称操作记号。如 N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2在.txt
6、文件中对应的操 作码符号为#1,则该原子在标注时为N2A。j 的的后，5uCMH*第3国16旧【:；瓯f Tttta&I Mi W A G 理七通圈T油匕3 皿r 阳r冥1皿 EX KEMwsnE3HdaJNL用！i F Rlltw Aoer 4oo0QaNNHNNHHMMHc- 7 nulLw。白茶zaZQldHl 石2454AUHK 1MMs1ft 535Sfflfiwrp iiKISitqpinnf in in: odUHEdLl 14 m. XahrExXMh&BwEMEW 微1乱心里闻画E+6+*中 kih4i.(6)原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Desig
7、n和Bond Design选 项。Hl(7)在画配合物的高维结构图的时候，需要使用补全原子配位模式按钮使配合物骨架不断生长，为避免程序反应过慢，请将屏幕下方的Representation settings的Rendering前的对钩去掉。的卸隼,工15山型揖luv屈VM Ipcta *W时Ha GQ SB e品就Xf情也 UXTflFiiJTrt M laiWal ；j44DK Cauw hrrraiEordMt Tush:MWCn 曲OH 二MrccUXrtdirtWmMCMCKcudliEFH曲ncNLEH-EHZ由 5 g3_E. ；WTtiJN rmlwTSL(8)将(7)中无序的平面
8、图按照一定的排列规则裁剪出来。(使用鼠标左键选择与键盘Delete键配合)其中坐标系与文字说明部分可分别通过双击打开相应对话 框进行编辑。J F*出Wa稣 CtradJ. Hr.T T岫 Wnfcw口向0马口出 电 6母心yM W专蛤7/需 ,. O口 或 T S - M _9 .L J口律& mO*guHF! driMfSWurt W*i2c LefI Jit Ce-ium fde LEcndfinpR r F”ieLtfZH BOG Lib，PlcLrc 1 Uutnd - I：衲dllB二HlRt g O5 Flr- 0- H -I- M 一反EEn 匚(10)使用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观察的方向近至X乩业多 七依.旧5门Mdte ajralm 如 e tr” u 也 JUiWY. riLitflCdl Eiiauk dfi“l . Mndnons- Cnwradbcrefa Crf awwu占 Erid UteI ria*.TmIbKUKjK M（检 Tnssii jogfe Wx*li rriQi中工多(11)选择File菜单下的save as保存图片。注意：需要同时通过save structure as 和save graphics asX存diamond和gif两种格式的文件。
