苎麻茎皮cDNA文库的构建及EST序列分析

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1、芝麻茎皮cDN成库的中建及EST序列分析苎麻在我国有着悠久的历史， 是一种重要的韧皮纤维作物， 它主要用作精纺原料， 长江流域苎麻一年收三季( 头麻、 二麻和三麻 ) 。 为了解苎麻纤维发育时期的基因表达情况，本研究首次构建了中芒1号二麻和三麻的茎皮cDNAt库，并对二麻文库进行EST测序和生物信息学分析。本研究获得的主要结果如下： 1 以生长中期的苎麻茎皮为材料， 提取总RNA，经纯化mRNA,合成双链cDNA双链cDNAfi口上EcoRI -Smal接头后，用限制 酶Not I酶切并除去小于400bp的短链cDNA长于400bp的cDNAfr段连接至U EcoR I - Not I 酶切载

2、体 pAP3neo,获得滴度为 2.2 x 105cfu/ml 和 1.7 x 105cfu /ml的芒麻cDNAC库，插入片段大部分分布在 500bp1500bp之间。2.从二麻cDNAt库中随机挑选部分克隆进行测序，得到384条序列，根据EST标准获得长度大于150bp的序列，通过cross-match软件分析后，得到有效 序列 275 条，占总获得序列的 71.61 。3所有有效序列与NCBI 的非冗余核酸序列数据库进行同源性比对，有36.0 的序列(99 条)显示与已知序列高度的同源性；与蛋白质数据库比对时有72.73(200 条)显示与已知序列有高度的同源性。4根据拟南芥基因分类标准

3、， 将通过 BlastX 比对获得有功能描述的基因 (包括功能确定和推测功能的 ) 大致分为 12 类，其中与蛋白质合成(Proteinsynthesis) 有关的基因所占比例最大，占总基因数的 17.5 ，能量 (Energy) 相关基因次之，占 13.5 、细胞分化 (Cell division) 相关基因占 0.5 、细胞信号传导 (signal transduction) 相关基因占 10.5 、代谢 (Metabolism) 相关基因8、 次生代谢 (Secondary metabolism) 相关基因占 1、 蛋白质降解(Proteindestination and divisio

4、n)相关基因占4、转运(Transporter) 相关基因占10、 抗病及防御 (Disease defence) 相关基因占 7.5 、 转录 (Transcription)相关基因占13、细胞结构(Cell structure) 相关基因占 6.5 ，功能不明确及未分类 (Unclear classification and unclassified)相关基因占8。5在这12类基因中，6个丰度较高的基因(表达频率4)有42条ESTs,约占总数的15.3%, 9个中等丰度的基因(20表达频率 4)有20条ESTs占总数的7.3%, 剩下的为低丰度表达基因；与纤维发育的基因有8个，共14条EST占总EST数的 5.1 。