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1、康成生物全基因组表达谱芯片技术服务 康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作， 并提供完整的实验报告。根据您的需要您可选择不同厂家提供的全基因组表达谱芯片，包括Phalanx, Agilent和NimbleGen。Phalanx 全基因组表达谱芯片华联生物科技开发的标准规格的高密度基因组芯片(Phalanx Whole Genome Microarray)在开发过程中透过台湾工业技术研究院与英国Sanger Institute 等国外权威研究机构合作，从设计到生产再到实验的各个步骤中均执行严格标准，采用创新
2、技术，广泛吸收现有芯片的优点，使得其生产的 高密度基因组芯片获得了优异的国际品质。康成生物为您提供华联生物高密度基因组芯片及全程技术服务。 Phalanx SlideTM专利片基处理技术华联生物的高密度基因组芯片，探针设计采用台湾工业技术研究院特有探针设计软件平台(Integrated Massive Probes Optimal Recognition Tool， IMPORT)。在芯片的制作过程中，华联生物应用表面化学专利技术(PhalanxSlideTM Technology)对片基表面进行处理，使得片基与寡核苷酸探针的亲和 活力更高，背景噪音更低，点阵的均一性更强。 高速的Phalan
3、xArray探针布放技术华联生物在点样过程中，采用非接触式基因探针布放技术，并以方阵基因探针高速布放技术(PhalanxArray Technology)之优势，大量生产。PhalanxArray 同时使用196个排列整齐的PhalanxJets，在一张芯片上布放39, 200个均一的探针。PhalanxArray能够布放多达1, 000，000张高密度芯片，布放效 率和产量是目前市场上一般芯片布放系统的100倍。 先进的 PhalanxJetTM 专利点样技术华联生物开发出独特的PhalanxJetTM系统，结合其先进的非接触式基因探针布放技术和专利的片基处理技术，保证了探针布放的高重复性。
4、尤其重要的 是，PhalanxJetTM系统可以最大限度的避免探针布放中可能的探针交叉污染。每个单独的PhalanxJetTM包含200个独立的点样针，分别对应不同的探针， 在布放时彼此独立，人类基因组表达谱芯片小鼠基因组表达谱芯片探针总数32,05031,802基因探针30,96829,922实验控制探针10821,880探针长度60-mer70-mer 严谨的检测探针和控制探针设计 华联生物的的高密度基因组芯片，寡核苷酸探针均经过严格筛选，能特异性检测数据库中的基因，灵敏度高，特异性强。人类基因组表达谱芯片，探针 信息主要基于数据库UniGene V.175版，同时整合了各大重要数据库信息
5、。小鼠基因组表达谱芯片，探针信息基于数据库MEEBO (Mouse Exonic Evidence Based Oligonucleotide)。华联生物的高密度基因组芯片，实验控制探针设计严谨，包括GAM，OGAM，CGAMs, IHCs, ITQC, ETQC等等，并且还采用了多家公司已经设计好的芯片检 测探针，如 SpotReport Oligo Array 验证系统， Stratagene 的 Alien Oligo Array 验证系统，以及 Ambion 公司的 ArrayControl Sense Oligo Spots 系统等等，从而全面检测样品质量，杂交反应效果，标记反应效果
6、等。使得芯片质量与实验效果得到双重保障。 生物芯片质量评估标准MAQC规范依据美国食品药物管理局(FDA)与国际上主要生物芯片企业协商制定的生物芯片质量评估标准MAQC计划规范，华联全基因组表达谱芯片各项指标，包 括检出率，再现率，重复性和准确性，均达到或者超过国际先进水平。 实验全过程反复优化，采用多种独特技术 华联生物的高密度基因组芯片在杂交步骤中采用了独特的热收缩杂交袋，将芯片固定在杂交袋内，在杂交液一定的情况下，有效的提高杂交反应的均一 性，从而提升杂交效率，增进杂交效果，使实验结果的准确性和可靠性大大提高。在实验中，康成生物基于华联生物提供的实验条件进一步优化改进。 康成生物对RNA
7、样品的质量要求更加严格，在采用Trizol的方法进行RNA抽提后，进一步用DNase消化DNA，并采用Qiagen纯化柱对RNA进行纯化， 探针标记和杂交则严格按照华联生物的要求。芯片检测采用先进的GenePix 4000B荧光检测系统以保证优质的实验结果。精彩文档Agilent 全基因组表达谱芯片Agilent公司的原位喷墨专利技术（SurePrint）可以实现在1x3 的玻璃片基上灵活地、大规模地原位合成60mer的寡核苷酸探针，该技术可 以很快很灵活地响应并实现最新的芯片探针设计方案，使研究者及时得到高质量的、最新的芯片，作为研究基因表达变化的利器。每个芯片探针的设计除了经过软件考虑其T
8、m、二级结构、序列特异性等之外，还都要经反复实验筛选优化以得到灵敏度和精确度更高、重复性更 好的结果。2006年美国FDA发表的现主流芯片平台评估报告MAQC中，Agilent array的结果与Taqman array结果的重复性最高。在国际论文期刊上， 也有很多利用Agilent array平台发表的高质量文章，具体请参阅Agilent网站。目前提供的芯片有人、小鼠、大鼠的全基因组表达芯片，每个物种覆盖的基因超过41000个，探针设计综合参考了各种公共数据库，是经过实验验证的经典设计方案。whole mouse genome148684 x 44K41,000Aging, Genbank,
9、Unigene,Refseq,Ensembl,RIKENwhole rat genomeEnsembl,UCSCGoldenpath,Unigene,Refseq,148794 x 44K41,000GenbankAgilent 芯片技术示意图A. 客户提供实验组（Exp）、对照组（Control ）样本或Total RNA；B. 使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度;C. cDNA放大及荧光标记，实验组（Cy5）,对照组（Cy3）；D. 进行芯片杂交及洗脱等步骤；E. 进行图像扫描及数据分析。AgilentDesign I
10、DArray formatGenes coverageDatabase sourceWhole human genome148504 x 44K41,000Goldenpath,Ensembl,Unigene,HumanGenome(Build 33), Refseq, GebBankUSC mRNA known genes, Natl. Institute onNimbleGen 全基因组表达谱芯片NimbleGen公司运用光介导合成专利技术生产高密度DNA芯片，其探针为50-80mer的长寡核苷酸，在单张玻璃基片上包含385,000个探针，这些长 寡核苷酸探针在高严谨杂交条件下可得到高灵敏
11、度及高特异性的无以伦比的理想实验结果。目前可以提供人、小鼠、大鼠全基因组表达芯片，探针全部根据最新基因组版本设计，每个物种有两种设计方案供您选择，覆盖所有已知或预测基 因转录本，详细参数请看下表。OrganismCatalog NumberGenesSourceFeaturesProbes/ TargetHomo sapiensA4542-00-0147,633NCBI HG18, Build 36385,0008Homo sapiensA4487001-00-0124,000NCBI HG18, Build 364 x 72,0003Mus musculusA4543-00-0142,586
12、NCBI MM8385,0009Mus musculusA4486001-00-0118,869NCBI MM84 x 72,0003Rattus norvegicusA6184-00-0126,739Ensembl RGSC 3.4385,00014Rattus norvegicusA6185-00-0126,208Ensembl RGSC 3.44 x 72,0003全基因组表达谱芯片技术服务康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。主要实验流程如下：1. 样品RNA抽提a. 实验
13、对象为组织样品，取适量（50T00mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizem冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂Trizol（Invitrogen），使用Mini-Bead-BeaterT6匀浆后抽提RNA。b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1X1061X107细胞，加1ml的RNA抽提试剂Trizol （样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿Trizol使用量为1ml），裂解 后抽提RNA。2. RNA 质量检测a. 使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电
14、泳，检测RNA纯度及完整性。c. 提供RNA QC报告。注意：用于芯片检测的RNA样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。3. aRNA样品合成和标记a. 样品RNA进行逆转录反应合成cDNAob. cDNA 第二链合成c. aRNA 合成及纯化d. 荧光标记aRNA并纯化4. 标记效率质量检测使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。5. 片段化aRNA使用Ambion的RNA Fragmentation Reagents对标记好的aRNA进行片段化处理。精彩文档6. 芯片杂交 在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。7. 图像采集和数据分析使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。8. 提供实验报告 包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表。精彩文档
