《DS2.5使用教程》由会员分享，可在线阅读，更多相关《DS2.5使用教程（7页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、DS2。使用教程小分子1. 画图：小分子结构用cemdaw画好。另存为mol格式,文件名不支持中文.Cec快捷键为V2. 启动DS2。打开小分子 注意：3. Minimiation搜Miniiaion单击Tols中的imizti，屏幕左侧，Tools栏展开ulate scres:Forcefeld：选CHARm单击Ap oceield单击展开区最下方 Miiization4. 准备搜pere单击rotocol下的prepaeLgands 屏幕左侧展开双击屏幕左侧展开区 pepare Ligands屏幕右下角出现prepare Ligad 的相关表5. Rn (5） Job提示运行结果 双击查报
2、告蛋白质6. 蛋白质从下载,或在中用open UL功能输入protenID号7. 打开(同小分子)8. 去水：选中左任务栏中的wer,eete9. 加H:点hemstry到Hyogens到H Ad10. 准备搜reare命令,单击rotcols中的prepaeprtein命令区展开，双击prepr rtei,单击R(5）,右下角Job区显示进程,sucss后可双击看结果11. 定义活性位点（1） 选中配体小分子（如果有)（2） 搜dine命令（3） Tools中单击defie an dibindg sit下面的defie here fom eletion7. 删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接8. 对接搜cdokr命令点Prots中Receptor-Ligad Intcions下面的D igand（DOKER）展开左侧栏双击Procol中的Dock Ligns（CDCKR）右下侧表中Inpt Receor：选rotein Inptiad：选小分子 Inpsite sphee 一定要选上9. Rn /
