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1、生物信息数据库东北农业大学学士学位论文 学号： 生物信息数据库网站的设计与实现学生姓名： 指导教师：所在院系：工程学院所学专业：计算机科学与技术研究方向：Web开发摘 要随着社会经济的迅速发展和科学技术的全面进步，计算机事业的飞速发展，以计算机与通信技术为基础的信息系统正处于蓬勃发展的时期。随着人类基因组计划顺利实施，产生了大量的生物分子数据。只有充分利用这些数据，揭示数据内涵，才能得到对人类有用的信息。生物信息学正是在这种背景下发展起来的一门由分子生物学和计算机信息处理技术相结合的，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的交叉学科。它以计算机、网络为工具，采用教学和信息科学的理论、方法
2、和技术去研究生物大分子，其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括他们的序列、结构和功能。同样，随着计算机科学的发展，数据库技术在Internet中的应用越来越广泛，为生物信息的共享和存储提供了很好的服务。个性化已逐渐成为当今Web应用的潮流。本文研究了一种基于Web应用的生物数据库网站，此方案与现今网上已采用的一些方案相比，具有用户使用更简单、界面更直观等优点。随着生物信息的不断更新和增加，建立这样的生物信息数据库网站会加快生物信息的共享和生物科学的发展。本程序的设计是基于HTML语言，利用PHP语言为源代码的编程技术，以Apache为服务平台，实现网上生物信息数据库的构建。本篇论文介绍
3、了网站开发环境和运行平台、PHP、HTML脚本及PERL。而后台的数据库则使用MYSQL数据库管理整个生物信息数据库的后台数据。本系统界面友好，操作简单，比较实用。关键词：生物信息数据库；PHP；MYSQL数据库The System of Bioinformatics DatabaseAbstractWith the rapid development of social economy, science and technology progress, the rapid development of computer career in the computer and communica
4、tion technology, on the basis of information systems are being vigorous development period. With the Human Genome Projects successful implementation, resulting in a large number of bio-molecular data. Only make full use of the data, reveal the content of data to humans, can be get the useful informa
5、tion to human.Bioinformatics is in this context developed by molecular biology and computer information processing technology, combining with the computer as a tool to store, retrieve and analysis biological information of interdisciplinary. It make computer, network for tools, using information sci
6、ence and teachings theories, methods and technology to research on biological macromolecules, which main research targets are in nucleic acid and protein two aspects, including their sequence, structure and function.Meanwhile, with the development of computer science, database technology in Internet
7、 is widely used for the biological information sharing, and store offers good service. Personalized has gradually become the tidal current Web application. This paper researches a Web application based on database website, the case compare with some present solutions of Internet users, which more si
8、mple and intuitive interface, etc. With constantly updated biological information and to increase the establishment of such a biological information database site will speed up the sharing of biological information and biological science and development.This program is designed based on the HTML cod
9、e, using PHP language for the programming technology; use Apache for service platform of Internet information database construction of biological. This paper introduces the web development environment and operation platform, PHP, HTML scripts and PERL. And the database is using MYSQL database manage
10、s the whole background of data biological information database. The interface of system is friendly, the operation is simple, is more practical.Keywords: Bioinformatics database; PHP; PERL ; MYSQL database目 录摘 要IAbstractII1 前言11.1 系统设计的背景11.2 生物学数据库背景11.3 系统设计的目的和意义21.4 PHP的技术介绍22 开发工具及技术选择32.1 B/S结
11、构概述32.2 Cavy架构42.3 APACHE简介52.4 MYSQL数据库62.5 客户与服务器62.6 开发工具的使用83系统实现目标103.1 系统总体目标设计103.2 系统的可行性研究103.3 需求分析113.4 系统功能结构图124 系统设计134.1 系统设计134.2 开发运行环境134.3 数据库设计135 系统的详细设计165.1 网站前台页面165.2 生物信息数据库网站主要功能175.3 网站论坛功能185.4 网站后台管理系统205.4.1 后台管理系统的数据管理模块215.4.2 后台管理系统的用户管理模块266 前台页面技术276.1静态网页设计技巧276.
12、2 CSS样式277 结论28参考文献29致 谢30-1-1 前言1.1 系统设计的背景Internet是世界上最大，信息资源最丰富的网络，他已经悄然地融入了我们的生活。它不仅摆脱了传统的空间概念，使得地理上的相隔遥远的双方可以轻而易举地相互传递数据和信息。也使得不计其数的各种各样的网站如雨后春笋般地不断涌现，E-mail地址，Web页地址，网上购物，网上挂号，网上拍卖，网上教学，网上股市实时行情与行情分析，评论，网上图书馆在电视里，在报纸上，在广告中已经越来越多地听到或看到他们的名字，越来越多的人开始了解和使用Internet了。在上网的时候我们接触最多的是Web页面，一个Web站点通常与另
13、一个相应的URL相联系，通常，这些较大的站点多位于服务器里的目录或文件夹内，在其主站点下，还会有几个子文件夹保存了这个Web站点其他组成部分的内容。Web服务器处理Web浏览器对该服务器站点的HTML页面的请求。当浏览器请求站点中一个网页时，浏览器建立Web连接，服务器接受连接后，发送给浏览器所要求的页面内容。但是，一个网站仅仅拥有简单的静态主页是远远不够的。互联网上任何一个成功的站点都必然拥有一个或多个强大的后台数据库资源。网络上浩如烟海的数据库资源无疑是网络令人趋之若鹜的重要原因之一。因此，建立一个网络数据库对于一个成功的网站而言是极其重要的。1.2 生物学数据库背景Nucleic Aci
14、ds Research杂志连续七年在其每年的第一期中详细介绍最新版本的各种数据库。在2000年1月1日出版的28卷第一期中详细地介绍了115种通用和专用数据库，包括其详尽描述和访问网址。迄今为止，生物学数据库总数已达500个以上。在DNA序列方面有GenBank、EMBL和DDBJ等。在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等。在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等。在蛋白质结构分类方面有SCOP和CATH等。应该指出，几乎所有这些数据库对学术研究部门或人员来说都是免费的，可以免费下载或提供免费服务。但是鉴于相当多的数据库的经营者们面临着财务紧缺的境地，这种免费的局面
15、还能维持多久就不得而知了。有的数据库，如SWISS-PROT，已开始向商业用户每年收取数千至数万美元不等的使用费。其它数据库暂时还是免费的，但不知是否永远免费。如果一些重要的数据库对学术研究部门开始收费，这对于我国生物信息学的发展是非常不利的。中国是一个基因信息资源大国，我们应当抓紧建设我国自有的数据库，在世界上做出我们自己的贡献，在平等的基础上与国外共享生物信息资源。1.3 系统设计的目的和意义随着计算机科学的发展，数据库技术在Internet中的应用越来越广泛，为生物信息的共享和存储提供了很好的服务。个性化已逐渐成为当今Web应用的潮流。本网站是一种基于Web应用的生物数据库网站，此方案与现今网上已采用的一些方案相比，具有用户使用更简单、界面更直观等优点。随着生物信息的不断更新和增加，建立这样的生物信息数据库网站会加快生物信息的共享和生物科学的发展。1.4 PHP的技术介绍PHP，一个嵌套的缩写名称，是英文超级文本预处理语言（PHP:Hypertext Preprocessor）的缩写。PHP 是一种 HTML 内嵌式的语言，PHP与微软的ASP颇有几分相似，都是一种在服务器端执行的嵌入HTML文档的脚本语言，
