施工企业合同操作对合同范本的修订及合同的履行应注意的问题包括以 下几个方面：一、企业基本信息的约定（一）纳税人种类信息 风险提示：未明确纳税人身份带来的税收损失风险 根据纳税人经营规模及会计核算健全程度，增值税纳税 人分为一般纳税人和小规模纳税人计算增值税时，一般纳 税人按照适用税率适用一般计税方法，小规模纳税人按照征 收率适用简易计税方法按照财税〔2016〕36 号文的规定， 符合条件的一般纳税人可以选择适用简易计税方法（例如， 房地产一般纳税人企业销售或者出租房地产老项目；一般纳 税人为建筑工程老项目提供建筑服务等）由于两者在增值 税计税方法、税率（征收率）上存在差别，其增值税税负也 有所不同，纳税人应根据自身实际情况选择恰当的身份对 于符合条件的一般纳税人而言，若选择适用简易计税方法， 则应按照规定到当地主管税务机关备案纳税人种类不同，适用的计税方法、税率、开票方式等 均会有所区别，具体来说，一般纳税人应当适用一般计税方 法，特定行为可选择适用简易计税方法，可自开增值税专用 发票；小规模纳税人应当适用简易计税方法，可申请税务机 关代开增值税专用发票（见《营业税改征增值税试点实施办 法》（以下简称“《办法》”）16-19 条）。
因此首先应识别 纳税人的身份为一般纳税人还是小规模纳税人操作指引：增加纳税人身份条款如对方是一般纳税人， 可要求其提供营业执照、一般纳税人资格认定的复印件作为 合同附件建议结合项目成本、利润等因素综合考虑，选择 一般纳税人企业还是小规模纳税人企业二）开具增值税专用发票所需信息 风险提示：因信息不全或信息错误造成的发票风险 操作指引：可在合同中增加双方详细信息栏，要求填写 企业名称、税号、账号、开户行、地址、等详细信息， 避免开具增值税发票时出现错误二、应税行为的约定 风险提示：应税行为未明确或不完全列举造成的适用风 险操作指引：增加应税行为类别条款例如： 施工总承包合同：建筑服务工程总承包合同（EPC）:建筑服务及现代服务（勘察 设计）施工分包合同：建筑服务 设计合同：现代服务（勘察设计） 采购合同：货物销售租赁合同：现代服务三、税率或征收率的约定《办法》15、16 条1. 一般计税方法：建筑服务10%、现代服务6%、货物销 售 16%2. 简易计税方法：征收率 3%风险提示：混合销售、兼营项目中的从高适用税率风险操作指引：1.增加适用税率条款2.如同一个合同中包含多种项目，则涉及到混合销售、 兼营行为，应进行分别核算，否则可能从高适用增值税税率： 可在合同中将不同项目的报价分开，以适用不同的增值税税 率。
以工程总承包合同为例，在合同中应注意以下事项：第一，工程总承包包括勘察、设计、施工等行为，按照 应税行为分类，勘察、设计属于销售服务中的现代服务，施 工属于销售服务中的建筑服务，两者税率不同第二，区分勘察、设计、施工费用：一般工程总承包合 同，通常对勘察、设计、施工费用不加以区分，而概括为工 程价款之约定，或者约定勘察、设计费用视为包含在工程量 清单或者工程价款中该情形将导致无法区分属于现代服务 之勘察、设计的销售额，以及属于建筑服务之施工的销售额， 进而影响建设单位进项税额的计算倘若不加以区分，建设 单位以及税务机关将要求从高适用税率开具增值税专用发 票，而该要求符合《试点办法》第 39条兼营行为未分别核算 从高适用税率之规定，显然将增加施工企业的税负第三，分别约定勘察、设计、施工之应税行为的税率或 征收率及税额四、价款、税额的分开约定根据《办法》第 53 条，增值税专用发票要求列明销售额 和销项税额如收取与应税行为有联系的价外费用，有必要 在合同中明确列举价外费用及相应的开票义务风险提示：价外费用的缴税风险根据财税〔2016〕36 号文，增值税纳税人的销售额，是 指纳税人发生应税行为取得的全部价款和价外费用，价外费 用，是指价外收取的各种性质的收费，但不包括以下项目： （一）代为收取并符合本办法第十条规定的政府性基金或者 行政事业性收费。
二）以委托方名义开具发票代委托方收 取的款项《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，价 外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集 资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息 赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备 费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费（部 分项目不包括在内）在交易合同的内容上，收取的与应税 行为有联系的定金、订金、诚意金及VIP会员费等，存在计 入价外费用，缴纳增值税的风险合同条款举例：在采购清单报价总额（含增值税）以外收取的任何费用， 包括但不限于手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖 励费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的 费用，依据税法规定，视为价外费用（含增值税）乙方收取价外费用的，需依法开具增值税专用发票五、关于发票的相关约定 风险提示：发票不合规、不真实造成的税收损失及法律 风险选择一般计税方法的企业，可以通过进项抵扣降低税 负合法有效的增值税抵扣凭证分为增值税专用发票、海关 进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票、 完税凭证等其中企业应重点关注增值税专用发票的管理问 题，要严格管控增值税专用发票资质信息。
增值税专用发票 涉及到抵扣环节，取得不了增值税专用发票或者增值税发票 不合规，都将对受票方造成法律和经济损失营改增后可考 虑将取得增值税发票作为一项合同义务列入合同的相关条 款，同时考虑将增值税发票的取得和开具与收付款义务相关 联例如，明确仅在收到合规发票条件下，才有付款义务 由于增值税是以票控税的典型，在明确价款支付条款的同 时，应明确开票及开票信息条款，防范由于开票错误等涉税 风险发生1. 明确约定发票种类、开票主体、开票时间、发票的合 规性发票种类：增值税专用发票、增值税普通发票 开票主体：小规模纳税人可以向主管税务机关申请代开 开票时间：发票开具时间不同，纳税义务发生时间不同纳税义务发生时间原则上以发生应税行为并收讫销售款项 或书面合同确定的付款日期，或应税行为完成的当天或不动 产权属变更的当天，但先开具发票的，纳税义务发生时间为 开具发票的当天先收讫销售款项的，后开具发票的，以收 讫销售款项的当天为纳税义务发生时间保证开票的及时 性，取得发票用于抵扣的时点非常重要，如果当期，销项税 额过多，需要及时取得的进项税发票予以抵扣，因发票开具 较晚而没有用于抵扣，则会造成当期税负增加，后期抵扣时， 造成留抵进项税额过多。
发票合法合规性：不符合法律、行政法规或者国家税务 总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣2. 发票及付款的先后履行义务 将增值税发票的取得和开具与收付款义务相关联，即先 开票后付款，如不开发票有权拒绝付款3. 明确约定提供发票义务的违约责任因虚开增值税专用发票的法律后果非常严重，最高面临 无期徒刑的惩罚，因此在合同条款中特别加入了虚开条款 如果对方开具的发票不规范、不合法或涉嫌虚开，不仅要约 定由对方承担赔偿责任，而且必须明确不能免除其开具合法 发票的义务，因此应在条款中约定违反发票合法合规性、真 实性等违约责任合同条款举例：1、在甲方向乙方支付合同价款前（开票时间），乙方 应向甲方开具增值税专用发票（发票种类），并提供税务机 关核发的增值税专用发票领购簿供甲方查验，以证明发票的 真伪否则，甲方有权拒绝付款并顺延付款时间（先后履行） 因乙方开具的发票不规范、不合法或涉嫌虚开发票引起税务 问题的，乙方需依法向甲方重新开具发票，并向甲方承担赔 偿责任，包括但不限于税款、滞纳金、罚款及相关损失等 （违反发票合法合规性的违约责任）乙方应按照甲方要求，及时向甲方开具可以抵扣税款的 增值税专用发票。
因乙方开具发票不及时给甲方造成无法及 时认证、抵扣发票等情形的，乙方需向甲方承担赔偿责任， 包括但不限于税款、滞纳金、罚款及相关损失等违反开 票及时性的违约责任）乙方向甲方开具的增值税专用发票，乙方必须确保发票 票面信息全部真实，相关材料品目、价款等内容与本合同相 一致因发票票面信息有误导致发票不能抵扣税款或者被认 定为虚开的，乙方需向甲方承担赔偿责任，包括但不限于税 款、滞纳金、罚款及相关损失等违反发票真实性的违约 责任）六、关于“三流合一”及法律凭证的要求 风险提示：虚开发票或收到虚开发票的税收损失、行政 处罚及刑事责任风险所谓的“三流合一”是指资金流（银行的收付款凭证）、 票流（发票的开票人和收票人）和物流（劳务流）相互统一， 具体而言是指不仅收款方、开票方和货物销售方或劳务提供 方必须是同一个经济主体，而且付款方、货物采购方或劳务 接受方必须是同一个经济主体如果在经济交易过程中，不 能保证资金流、票流和物流（劳务流）相互统一，则会出现 票款不一致，涉嫌虚开发票，被税务部门稽查判定为虚列支 出，虚开发票，承担一定的行政处罚甚至遭到刑事处罚的法 律风险如果缺乏法律凭证支持和保障必然存在法律和税收风 险的。
法律凭证是用来明确和规范有关当事人权利和义务法 律关系的重要书面凭证或证据主要体现为各种证书、合同、 法院判决等法律文书如出库凭证、土地使用权证书、采购 合同、施工合同等等都是法律凭证国家税务总局在税务稽查中一直非常重视发票的“三 查”工作，即“查税必查票”、“查账必查票”、“查案必 查票”对检查发现的虚假发票，一律不得用以税前扣除、 抵扣税款、办理出口退税（包括免、抵、退税）和财务报销 财务核算当合同签订主体与实际收款主体不一致，造成增 值税发票“三流不一致”，合同主体总包企业可能存在虚开 增值税发票风险；不仅不可以在企业所得税前扣除和抵扣进 项税额，而且将受到刑事处罚的法律风险因此，在“以票 控税”的中国，发票进成本必须保证有真实交易行为的票款 一致票据开具必须与合同保持匹配，必须保证资金流、票 流和物流（劳务流）相互统一企业应重点注意存在居间人、 混淆交易人、存在垫付款项、善意取得等情形下的发票法律 风险；需要约定由第三方付款的或第三方供货的，需要提供 委托协议作为证据，以防止被认定为虚开增值税专用发票行 为的发生1．第三方付款问题实践中，还存在委托第三方支付和收款等三流不一致的 情形，例如工程款保理中，应收工程款的转移带来的付款主 体变化，应当关注这种交易安排下可能带来的风险。
因此需 要提供委托协议作为证据，以防止被认定为虚开增值税专用 发票行为的发生合同条款举例：“甲方委托第三方向乙方支付合同价款的，需要提供委 托协议作为本合同的附件2．第三方交付问题卖方应当提供其发出货物的出库凭证及相应的物流运 输信息，这些材料能够佐证“三流一致”，以防止出现虚开 专票行为特别提示，如果物权及物流与资金、票不符的， 进项税将不予抵扣合同条款举例：“乙方应向甲方提供其货物发出的出库凭证、物流信息 及票据，连同增值税专用发票一起交付甲方如果本合同项 下货物系由第三方发出，则乙方需要提供与第三方签订的采 购合同等证明以及委托第三方发货的手续、第三方出库凭 证、物流信息及票据3. 指定分包付款问题为了避免三流不统一导致不能抵扣增值税进项税，必须 在总承包合同的基础上，业主、总包和分包签订《业主指定 分包方的三方分包协议》指定分包协议中必须明确“业主 支付”模式（业主是指定分包方工程款的直接支付义务人）合同条款举例：（1）指定分包商应按经总承包商和业主确认的工程量 金额，向总承包商开具工程款增值税专业用发票，总承包商 则应向业主单独开具标明指定分包的工程款及总包管理费 的增值税专业用发票；（2）业主按总承包商向其开具的发票金额，在扣除管 理费（如约定由指定分包商支付）。