椭圆球图形的画法:I. 将后缀为res的文件(比如为50710c.res)复制到硬盘根目录下(比如E:盘)2.启动单晶分析软件XP3. XP>>reade:\50710c€4. XP>>fmol€5. XP>>kill$q€6. XP>>proj€出现画图框,你可以按右上的按钮旋转或显示所有的原子将分子结构旋转到适当位置,也就是旋转的尽可能使每个原子都不被挡住当旋转到适当位置后按右上角的exit退出7. XP>>labl1450€8. XP>>telp0-30€回车至现plorfile:的提示符9. plotfile:mol€mol是为你所要画的分子结构图起的名字,你也可以起别的名字注意:当你按了回车后会进入画图界面,这时候鼠标已经变成了一个矩形框将矩形框移动到显示的原子边上合适位置后点击鼠标左键,就对该原子标注了它的顺序鼠标在你标注了第一个原子后会自动移到下一个要标注的原子上或旁边,你仍将矩形框移动到合适位置后按鼠标左键进行标注重复以上的操作,直至将全部原子标注完毕然后按键盘上的b键保存后自动退出到XP程序的dos操作界面10. XP>>drawmol€mol还是刚才的文件名II. 当你上步操作按完回车后会出现一句话,可能的意思是:将该图形保存成什么格式的文件,有几个选项。
请选择按键盘上的a键(可能是保存成可用acrobat打开的文件),然后回车12.为你的图形取一个名字,你可以仍用mol13.上步回车后又会出现一句话,意思是要保存为黑白图形还是彩色图形按回车即保存成黑白图形,请按回车以上就画好了分子结构图你可以在这时候推出XP,即在XP>>提示符后输入quit或exit你也可以继续画堆积图14.XP>>cell€回车后会出现5个数字,前3个数字依次表示的是a、b、c轴15. XP>>matr1€这里matr命令后的数字代表上一步显示的前3个数字中的第一个这个数字的选择要依照这样的规则:选取3个数字中最小的那个,而matr后的数字就是上步操作的最小数字所在的顺序号比如上步操作最小的数字是第三个,则应该是matr3如果你选择的是1,那么在提交给晶体学报网站的cif文件中的Figure2的表述里就应该说是“Figure2.Partofthepackingofthetitlecompound,vieweddowntheadirection.Dashedlinesindicatehydrogenbonds.”如果你选择的是2,则应该是vieweddownthebdirection。
16. XP>>pack€当回车后会进入画图界面这是要让你确定哪些分子是要保留的,而哪些分子是要删除掉的一般来将在坐标框以外,同坐标框根本不沾边的要删除掉删除和保留的方法是:先按回车,会看到坐标框在闪动,然后按键盘上的空格键保留所闪动的坐标框或分子,而按回车键则删除闪动的分子等全部分子都处理完后,用窗口右上角的SG标示保存退出17. XP»telpcell€这是要画堆积图(Fig2)的意思18. profile:cell€这里的cell是为堆积图文件起的名字,你也可以用另外的名字19. XP>>drawcell€20. 当你上步操作按完回车后会出现一句话,意思是:将该图形保存成什么格式的文件,有几个选项请选择按键盘上的a键(是保存成可用acrobat打开的文件),然后回车21. 为你的图形取一个名字,你可以仍用cell22. 上步回车后又会出现一句话,意思是要保存为黑白图形还是彩色图形按回车即保存成黑白图形,请按回车等一会儿堆积图就画完了双击画好的cell图,用pdf软件打开,既得到所要的图,以PDF形式保存即可(最好用这种形式保存)也可用photoshop打开cell文件,修改到适当的旋转角度后保存为photoshop(*.PSD;*PDD)这样的文件小很多。
计算二面角readE:\\50710C(回车)(即需要将所有的源文件先拷贝到E盘的根目录下(read和reap效果一样)fmol(回车)kill$q(回车)proj(回车给出分子结构图及原子排序的序列号)mplnn1clc6c5c4c3c2c8c9c10c11c12c7(回车计算二面角)mplnc1toc6(回车计算c1到c6组成的平面与上个平面间的二面角)mplnc7toc12(回车计算c7至到c12组成的平面与上个平面c1到c6组成的平面之间的二面角)如果计算一条直线c13c14和c1到c6组成的平面之间的二面角,则为mplnc7toc12(回车)linec13c14(回车)即可得到二者之间的二面角计算两条直线的角度及长度:如计算氢键的C15A-H15A---O1B的角度核长度:linkc15ah15a,linkh15ao1b,bangh15a(回车),得到H15AC15A0.93H15AO1B2.541165.7C15A则表示为H15AC15A长度为0.93H15AO1B长度为2.541,以第一个原子H15为顶点H15AO1B和H15AC15A这两条直线的角度是165.7度将两个原子o1b和c2g以虚线连接:linko1bc2g(回车)修改命令的简便方法:在需要修改的字母上直接输入所要修改的字母即可cell,找到最小的那个值是第几个数值,如果是2则matr2pack堆积图的计算,回车为删除,空格为跳过计算有没有P-P键先计算c7a到c12a平面和c7b到c12b平面间的夹角,只有夹角为0时才有可能计算p-p作用cent/xc7atoc12a(计算c7a到c12a平面的中心x)cent/xc7atoc12b(计算c7b到c12b平面的中心x)envix1a3(计算两个平面之间的距离,从而可以确定是不是有p-p键(一般小于3.7则表示有p-p作用),当然,还有中心距离xla和xlb不是垂直的情况,因此还要用遗以下确认)bang(可以看到两个平面各原子的距离及角度)画堆积图:read,fmol,kill$q,projcell,(选择最小的数值,如果是第二个,则)matr2,回车或空格键选择所要部分,SGtelpcell,然后取名字为cell(你也可以取别的名字),回车后会出现画图的界面,鼠标成框状后,你只要用鼠标点四下(点时千万不要移动鼠标),就可以将a、b、c、和0轴标好,然后按b保存,然后drawcell,出现一句话,按a,回车,再建立一个名字,可以写成cell,回车,再回车(选择黑白图),等几分钟就可以画原子序数图readkill$qprojkill(不想要的原子,(要用proj中的alllables看)包括不要的氢原子),旋转到适当位置后,选择xp中的exit就推出到xp的dos操作窗口,对吧然后输入labl1450,回车再输入telp0—30,回车回车到出现plotfile:提示符在提示符后输入你要取的文件名,比如bb回车后就会又进入画图的窗口,这时候鼠标已经变成了方框了,找到这个鼠标方框,看看它在什么地方,把它移到原子的旁边合适的位置,然后点击一下鼠标左键,就标了当前原子的序号.这时候鼠标方框又会自动变位置到下一个要标注的原子上或着旁边,再将方框调整到合适位置点击鼠标左键,依此类推,将所有原子标注完后,按键盘上的b键保存后又回到xp的dos界面,然后输入命令drawbb出现一句比较长话,你按键盘上的a键(表示可以用adobe查看),回车输入名字bb,回车然后又有一句话,直接回车(表示选择黑白图形),多等一会儿,直至出现xp的提示符就完成画图了画好的图在你的xp程序所在的目录或文件里,也就上和xp程序在同一个文件夹里,然后你再用photoshop打开画的图,将画布旋转至图形正位,然后另存为tif格式的文件就可以了。