fMRI实验设计实验设计及数据及数据处处理理组块设计（blockdesign)时间相关设计（event-relateddesign)混合设计（hybriddesign）一实验设计Concepts:1Trial2Block实验设计组块设计+画线画线画线画线Blockdesign的特点及注意事项1具有较好的detectionpower2比较简单，容易统计3从某任务当前block开始到下一次该任务block开始的时间间隔最好不要超过128秒（high-passedfilter）4刺激间间隔小的话block效应越高5在一定范围内Block内的trial数越多越好，但研究表明block时间不宜超过60秒实验设计组块设计慢速事件相关实验设计：快速时间相关实验设计：实验设计事件相关实验设计spacedER16s事件相关设计特点及注意事项：1能分离事件，处理更灵活2刺激间间隔越随机化（加jitter或nulltrial)越好3快速事件相关实验设计中，单个条件最好有40个trial左右实验设计事件相关实验设计特点及注意事项：1能分离持续性神经活动（block）和短暂性神经活动（event)2处理和设计起来比较复杂，需要权衡的东西较多3要保证block和event的相关性不高实验设计混合实验设计打开spm点击右下角dicomimport，转换成spm格式的图。
Overview1预处理（preprocess）SlicetimingMotioncorrectionNormalizationSmooth2数据分析IndividualanalysisGroupanalysis二数据处理Slicetiming：block设计可以不做这步event设计中如采用间隔扫描，先做slicetiming再做头动矫正；如采用序列扫描，则先做头动矫正再做slicetiming输入参数：【DATA】：输入数据（所有fr开头的数据）【numberofslice】:每个scan的层数【TA】：TR-(TR/层数)【SLICEORDER】:扫描顺序例如：13245768间隔扫，输入：“1:2:层数2:2:层数”【reference】：参考层（可以是第一层，也可以是中间层）二数据处理预处理Normalization：空间标准化三种配准方法：1直接把bold图像与EPI模板配2个体bold像与结构像模板配（coregister）、结构像与模板配、再把两个结果配准3先把个体结构像与bold像配（coregister）、对结构像做segmentation、再把bold像与segmentation结果配（SMP8MANUAL）二数据处理预处理方法1直接把bold图像与EPI模板配1选择“Normalise:Estimate&Write”2选中“data”“newsbject”，在data下新出现的“subject”选项中作如下设置，“sourceimage”选择空间校准步骤中生成的mean文件，“imagetowrite”选择所有刚进行完校准的文件“ra*.img”，“templateimage”我们选择“EPI.nii”，其余采用默认设置，点绿三角运行。
生成w开头文件方法2：1coregister:estimate【reference】:结构像【source】:mean文件【otherimages】：选其他r开头头动后的结果2normalize:estimate&write【DATA】:newsubject【sourceimage】:结构像【IMAGETOWRITE】：结构像【TEMPLATEIMGE】：选SMP8文件夹内TEMPLATE文件夹中的T13normalize:write【DATA】:newsubject【ParameterFile】:*_sn.mat【ImagestoWrite】:所有rf文件二数据处理预处理方法3：1coregister:estimate【reference】:mean文件【source】:结构像2Segmentation：【DATA】：选一步的结果（sn.mat文件）3normalize:write【DATA】:newsubject【sourceimage】:选上一步的结果（sn.mat文件）【imagetowirte】：所有头动矫正和slicetiming后的文件二数据处理预处理Smooth：对数据进行平滑处理spm中默认平滑盒为888，如出不了结果，可以适当改小点，改为666生成s打头的文件。
check各个不同头的文件）二数据处理预处理个体统计：individualanalysis(1-stlevel)输入参数：【directory】：要保存结果的文件夹【Unitsfordesign】：下面输入的onsettime是以秒为单位还是以scan为单位【Interscaninterval】：TR是多少秒【DATA&DESIGN】：分run输入【SCAN】：该run预处理后的文件sw开头的文件【CONDITION】:有几个条件就定义几个，然后输入条件的名字和相应的Onsettime,block设计输入duration，ER设计duration为0；【multipleregressors】:输入头动参数，预处理获得的rp开头的文件【HIGHPASSFILTER】:基本默认【MODELDERIVATIVES】:ER设计选第二项输入参数以后运行：得到spm.mat的文件然后进行估计（ESTIMATE）：选择spm.mat然后运行然后按RESULT查看结果注意：microtimeresolution，如果参考层不是第一层，要输入层数二数据处理数据分析群体统计：2-ndlevel【Directory】：结果要保存的地方【DESIGN】：实验设计【SCAN】：1-stlevel生成的con文件输入参数后ESTIMATE按RESULT查看结果二数据处理数据分析选择“results”选中“tcontrasts”，点击“definenewcontrast”,第一个任务“contrast”定义为“1”，第二个任务定义为“01”，第三个任务定义为“001”，第一个任务减第三个任务定义为“10-1”，第二个任务减第三个任务定义为“01-1”，第二个任务减第一个任务定义为“-11”1，删除前面不稳定的5个左右TR。
包括预处理和数据分析2，同一个被试不同的run，预处理要分开处理，统计分析时要放在不同的section处理注意事项1，运行brainvoyager，创建项目File-CreateProjectWizard-选择FMRproject-选择扫描仪获得的图像文件的格式（DICOM）-输入项目的名称-选择图像文件（数量多的功能像）-选择层数（后面的基本自动读取）-省略若干TR（25）-finish2，检查项目的特性，对话框“FMRProperties”自动出现也可以通过“File”-“FMRProperties.”随时查看3，点击verified，确认“Voxelresolutiondefinition”和“Temporalresolutionandslicetimingdefinition”注：有些扫描仪给的图像使用File-newProject来建立选择首张图像、省略数目和设置存储目录就可以Brainvoyager处理步骤第一步，建立一个项目1，左边的3D工具栏，图标的含义分别为：显示和隐藏工具栏、显示和隐藏边框、显示减少列、显示增加列、显示减少排、显示增加排、减少过滤、增加过滤、调整窗户大小、缩小、放大。
2，通过按pgup和pgdn键来翻页看图3，通过“FMRProperties.”的“layout”图标，或者Options-LayoutAndDisplayOptions，设置显示图像的排列，包括首张显示图、几排和几列4，通过同时按下“ctrl”键和鼠标右键来看选定图的放大图第二步看3D图，排列和放大1，打开前面创建的frm项目文件2，点击菜单栏“Analysis”-“StimulationProtocol.”启动刺激序列对话框3，输入文件名（生成的文件存储为*.prt的刺激序列文件，可以用文本编辑器进行编辑，模板见后页）4，输入条件名和编辑颜色5，分别定义每个条件的时间序列1）逐个定义法：点击条件和“Intervals”定义每个条件每个刺激的发生和结束时间2）图形定义法，block设计可以通过图形设置法简单完成创建3）生成器生成法如果不同条件交替次数多，逐个输入工作量很大，可以采用自行编辑prt文件的方法，也可以通过生成器，自动把presentation和eprime的文件自动生成prt文件4）prt文件编辑法，按照后面提供的刺激序列模板，把时间序列改为自己的实验序列，存为*.prt文件。
第三步，创建刺激序列FileVersion:2ResolutionOfTime:msec（时间序列单位）Experiment:Annemiek1（实验名称）BackgroundColor:000TextColor:255255255TimeCourseColor:255255255TimeCourseThick:3ReferenceFuncColor:0080ReferenceFuncThick:3NrOfConditions:3（条件数目）AAA(条件1名称）7（刺激次数）016000（左=onsettime,右=offsettime，miliseconds）.5776573765114177130177170615186615227299243299283732299732340180356180color100100100FMRProperties-referencedprotocolfile进行连接2，点击菜单Analysis-ComputeLinearCorrelationMaps3，比较两个条件的激活，鼠标右键点击一条件，左键点击另外一条件，然后点击“HRF”和“go”4，排列和放大的方法看图（第二步），注意使用过滤（theshold）按钮。
5，兴趣区脑活动时间进程鼠标点击或者选定一片区域，就出现兴趣区脑活动时间进程图按下ctrl键，可以同时看两个兴趣区6，可以把比较的结果存下来以后打开直接看第四步，统计和分析类似spm的预处理，处理后可以再进行第四步的统计分析，增加推论力度1，点击菜单“Analysis”-“FMRDataPreprocessing.”2，对原始数据处理越多，增加的error越多一般后四项比较常用3，生成一个新的frm文件AAA_SCCAI_3DMCT_SD3DSS4.00mm_THPGLMF2c.fmr项目名_Slice校正_头懂校正_空间平滑（高斯过滤4毫米）_TemporalHighPass(GLMFourier)with2cycles/points_.Fmr4,头动参数图，红-X方向平移,绿-Y,蓝-Z,黄-X方向转头,紫红-Y转,青-Z转鼠标右键点击头动图，显示具体参数，储存头动参数第五步标准化处理1，打开预处理后的新项目文件，（AAA_SCCAI_3DMCT_SD3DSS4.00mm_THPGLMF2c.fmr）2，点击菜单“Analysis”-“GeneralLinearModel:SingleStudy.”，打开“SingleStudyGeneralLinearModel”对话框。
3，定义各种预测鼠标右键点击右侧条件（不需要点击左键比较了，此时各条件已经归零）后，按“HRF”，形成第一种预测点击“addpred”定义第二种预测，同理第三、四4,按“Save”保存为*.sdm文件，按“go”（没存会自动生成AAA_SCCAI_3DMCT_SD3DSS4.00mm_THPGLMF2c_FMR_autosave.sdm文件第六步一般线性模型统计分析（单个被试GLM)5，最底下的状态栏显示鼠标指示的坐标和统计值6，点击“Analysis”-“Over。