DNAStar中文说明书

欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE System MAY 2001 欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -2-目录 在苹果机（Macintosh）上的安装与升级 05 通过因特网升级 06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12 在PC机（Windows）上安装与升级 17 通过因特网升级 18 软件安装 19 从 EditSeq 开始 21 从 GeneQuest 开始 31 从 MapDraw 开始 44 从 MegAlign 开始 54 从 PrimerSelect开始 65 从 Protean 开始 78 从 SeqMan II 开始 89 欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -3-WINDOWS上的安装与升级 通过因特网升级 必备条件 18 下载升级程序 18 软件安装 必备条件 19 从CD安装Lasergene 19 欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -4-通过英特网升级 如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。必备条件 您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。程序升级 备份您已有的Lasergene，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页()，从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下载您想要的模块了。模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。看到“Application name”has been updated.说明升级完毕。欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -5-软件安装 本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。必备条件 一张个人的Lasergene安装盘；一张Lasergene软件光碟；足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。从光盘安装Lasergene 插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -6-欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -7-从EditSeq开始 EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改 DNA或蛋白质序列工具。每个 EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。EditSeq能读取大部分的序列格式包括 FASTA，GenBank，ABI、GCG和 ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经 Entrez或 BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以 GenBank，FASTA和 GCG格式输出序列。如果在使用这软件中需要帮助，可以和 DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：，或者经.欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -8-内容 打开已有序列 23 寻找开放读框 24 DNA序列翻译 24 遗传密码选择使用 25 遗传密码修改 25 序列的反向互补及反向转换 26 BLAST检索 27 序列信息查看 28 序列校读 29 序列的保存与输出 29 欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -9-打开已有序列 我 们 从 用 苹 果 计 算 机 打 开“TETHIS21MA”和 用 Windows打 开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用 EditSeq打开序列的同时，用 Set Ends命令去除 5 和 3 污染序列。从文件菜单（FILE MENU），选择 Open。打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。单击位于对话框右下角的 Set Ends按钮。Set Ends被打开（如右）。在 5 框和 3 框中键入 50 和 850，点击 OK。单击 Open打开序列。当 EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的 801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -10-寻找开放读框 在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的 ORF，并翻译它。从 SEARCH MENU找到 ORF，点击打开会出现右边的对话框。单击 Find Next寻找第一个ORF的位臵。继续点击 Find Next直到你把 ORF的位臵选定在位臵 183-455。ORF的坐标会出现在 EditSeq窗口的顶端附近。DNA序列翻译 这一节中我们介绍如何翻译我们的 ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。选定 ORF，从 GOODIES MENU菜单中选择翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -11-使用其它遗传密码 根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成 Ciliate Macronuclear密码。从 GOODIES MENU菜单选择 Genetic Codes打开，子菜单显示如左。单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是 Ciliate Macronuclear的遗传密码。同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑 这一节中我们修改 Ciliate Macronuclear的遗传密码。从 GOODIES MENU菜单选择 Edit Selected Code。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和 RNA序列的。如以 DNA形式展示密码，点击 DNA按钮。编辑时，单击任何要编辑的密码，从其目前的位臵拖到新氨基酸对应的位臵则可。如使用不同的启始密码子，单击 Set Starts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -12-单击任何氨基酸（或者 codon位臵），该密码子就会变成绿色，而且旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。序列的反向互补及反向转换 下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。选定序列。从 GOODIES MENU菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），或者把序列颠倒过来（Reverse Sequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。BLAST检索 下面我们将在 NCBI的 BLAST服务器上对 TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行 BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。选定序，或者从 EDIT菜单中选择 Select All。从网络检索菜单（NET SEARCH MENU），选择 BLAST查找。BLAST对话框就会出现。程序默认为 blastn，数据库默认是 nr，参数转换请参照帮助。单击 OK 开始查找。寻找结果显示为两部欢迎您阅读并下载本文档，本文档来源于互联网，如有侵权请联系删除！我们将竭诚为您提供优质的文档！L A S E R G E N E f o r W i n d o w s&M a c i n t o s h -13-分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在 NCBIs网点可以找到。一般来说，更主要的 score和更低的 expectation提示较好的相似性。BLAST结果窗最上边的 3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的 5 序列开始：单击 Create Document。一个小的对话框出现。在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。并在右面的文本框中写入 5。单击 OK，EditSeq自动查对多余序列。如果 EditSeq提示至少 2 序列是同一个，请点击 OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个单独的 EditSeq窗口。下面我们用“Batch Save”钮将 3-10序列保存为 EditSeq文件：选定从顶端起第