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1、病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程实习实习5：蛋白质组学数据分析：蛋白质组学数据分析系统生物学平台系统生物学平台浙江加州国际纳米技术研究院（浙江加州国际纳米技术研究院（ZCNI）邱庆崇 刘 杰李 超 刘 振病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程1.蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍2.蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem)3.蛋白质组学数据统计分析软件蛋白质组学数据统计分析软件TPP课程内容课程
2、内容:病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Tandem MS蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程m/z:质量电荷比质量电荷比病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白
3、质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍http:/www.expasy.ch/tools/peptidecutter/粘贴蛋白序列：PGYRNNVVNTMRLWSAKAPNDFNLKDFNVG 选择“Only the following selection of enzymes and chemicals”，并选择胰酶Trypsin酶切点击Perform病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍APNDFNLK病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳
4、定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程肽段离子碎片示意图肽段离子碎片示意图病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程v1-lettercodeAveragemassAlanineA71.08ArginineR156.19AsparagineN114.10Aspartic acidD115.09Asn or AspBCysteineC103.14Glutamic acidE129.12GlutamineQ128.13Glu or GlnZGlycineG57.05HistidineH137.14Isoleucin
5、eI113.16LeucineL113.16LysineK128.17MethionineM131.19PhenylalanineF147.18ProlineP97.12SerineS87.08ThreonineT101.10SelenocysteineU150.03TryptophanW186.21TyrosineY163.18ValineV99.13蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍具体数值，对应后页中离子质量病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍病
6、原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍蛋白质组学质谱分析背景介绍?面对如此多的质谱谱图和理论图面对如此多的质谱谱图和理论图谱我们将如何进行比对谱我们将如何进行比对u目前人类已知蛋白大约有目前人类已知蛋白大约有6万万8千种千种u平均每种蛋白长度为平均每种蛋白长度为500个氨基酸个氨基酸u平均每种蛋白可以胰切成平均每种蛋白可以胰切成50个肽段个
7、肽段u平均每个肽段有平均每个肽段有10种可能打碎情况种可能打碎情况u每一种可能情况产生每一种可能情况产生1张理论图谱张理论图谱u平均一次质谱实验有平均一次质谱实验有3000次扫描次扫描u每一次扫描产生每一次扫描产生1张质谱谱图张质谱谱图病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tand
8、em)SEQUESTMascot类型免费开源软件 商业软件 商业软件数据输入DTA,PKL,MGF ，mzXML,mzDATARAW,DTA MGF,DTA速度 快较慢较慢病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程X!Tandem优点：优点：运算速度快运算速度快免费，并行集群计算成本低免费，并行集群计算成本低开源可自行修改代码开源可自行修改代码缺点：缺点：应用范围尚不广泛应用范围尚不广泛后期统计软件接口尚未成熟后期统计软件接口尚未成熟蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件硬件要求：硬件要求：当前主流电脑配置即可胜任小
9、规模数据检索当前主流电脑配置即可胜任小规模数据检索SlavenodesMasternodeNetworkswitching病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Download GPM Cyclone XE:ftp:/ftp.thegpm.org/projects/gpm/gpm-xe-installer/蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件数据库、结果程
10、序等核心内容运行程序质谱原始数据解压缩：病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 蛋白质组学数据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件输出结果目录数据库参数病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程工作流程工作流程:1.将将*.raw文件转变为文件转变为*.mzXML文件文件(练习文件为肝癌蛋白质组学数据练习文件为肝癌蛋白质组学数据)2.编辑参数编辑参数3.运行运行GPM中的中的X!Tandem4.查看结果查看结果5.使用自己的数据库使用自己的数据库蛋白质组学数
11、据库检索软件蛋白质组学数据库检索软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程1.将将*.raw文件转变为文件转变为*.mzXML文件文件开始开始运行运行输入输入“cmd”开启命令行窗口开启命令行窗口Download:http:/ spectrum:搜索一个质谱数据One directory:搜索多个质谱数据，放于一个文件夹中，然后压缩成一个rar文件谱Simple:仅简单的设置一级肽指纹图谱相关参数Advanced:设置搜索二级图谱所有参数Upload:查看以前的搜索!点击点击advanced选选择搜索二级质谱择搜索二级质谱
12、病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择程序X!Tandem选择需要搜索的质谱数据DTA, PKL, MGF, mzData, mzXML or Tandem BIOML 选择数据库数据检索输出阈值病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程二级谱中片段离子理论与实际差异最大允许值一级谱中片段离子理论与实际差异最大允许值搜索的离子为b离子与y离子(|0|/M0)X10(ppm)为离子质量的实测值；为离子质量的理论值；病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机
13、体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程氨基酸残基的修饰完全修饰潜在的修饰氧化,磷酸化等等病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程快速搜索可能的修饰病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程酶切位点；酶切非特异性病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程3.运行程序点击运行病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不
14、同程度的病理生理过程运行界面病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程4.查看结果查看结果结果可靠性的统计指标以及强度蛋白的覆盖率蛋白检索号对应肽断总数蛋白分子质量唯一对应肽断数病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程将结果保存为excel查看检索参数，可保存为excel病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁
15、殖，引起不同程度的病理生理过程5.替换数据库下载蛋白数据库存放到fasta文件夹(所使用所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp:/ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/proteomes/下载得到下载得到)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程用记事本打开，编辑文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过
16、程在GPM界面，数据库的下拉菜单中添加一个名为mydatabase的选项病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程将新数据库的mydatabase.fasta.pro添加到GPM中，保存文件，重新选择数据库运行程序。病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程参考文献：http:/thegpm.org/http:/thegpm.org/GPM/gpm_install_faq.html病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据统计分析软件蛋白质组学数据统计分析软件Trans-ProteomicsPipeline(TPP)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的
