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1、生物信息学生物信息学 -NCBI-NCBI的使用的使用 .1 B Blastlast 是由美国国立生物技术信息是由美国国立生物技术信息中心（中心（NCBINCBI）开发的一个基于序列）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。相似性的数据库搜索程序。 B Blastlast是是“局部相似性基本查询局部相似性基本查询工具工具”(Basic Local Alignment ”(Basic Local Alignment Search Tool)Search Tool)的缩写。的缩写。 B Blastlast简介简介2 Blast 是一个序列相似性搜索的程序是一个序列相似性搜索的程序包，其包，其中中
2、包含了很多个独立的包含了很多个独立的程序程序，这些程序是根据，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。查询的对象和数据库的不同来定义的。 比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。程序。 下表列出了主要的下表列出了主要的blast程序。程序。 BLAST简介简介3BLAST的用途w对于全新序列或已知序列对于全新序列或已知序列: 寻寻找相似或同源序列，推测其结构特征找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保守序（外显子、内含子、保守序列、非保守序列、所处的
3、家族等）及潜在的功能关系。列、所处的家族等）及潜在的功能关系。4 BLAST程序程序5NCBI-BLAST的介绍的介绍67核苷酸核苷酸-核苷酸序列比对核苷酸序列比对蛋白质-蛋白质序列比对核酸序列翻译成蛋白质序列核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白蛋白质数据库中的序列比对质数据库中的序列比对蛋白质序列蛋白质序列-核酸数据库翻译后的核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对蛋白质序列比对核酸翻译成蛋白质序列核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对中的核酸译成的蛋白质序列比对常用的常用的Blast工具工具在此进入蛋白质数据在此进入蛋白质数据库搜索库搜索P03958序列序列8 开始开始9
4、蛋白质蛋白质-蛋白质序列比对蛋白质序列比对也可以选择也可以选择tblastn按照工作要求按照工作要求,直接选择直接选择 Blast方法方法10序列输入方式序列输入方式第第1个是个是”不能忘记！不能忘记！序列信息描述序列信息描述序列主体序列主体选择搜索区域，这里我们选择搜索区域，这里我们要搜索整个序列，不填要搜索整个序列，不填填入序列（填入序列（copypaste）Fasta格式，格式，或者纯序列或者纯序列11选择搜索数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。选择BLAST程序如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索设置搜索的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词12与核酸相关的数据库与核
5、酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库与蛋白质相关的数据库13最多显示最多显示100条序列条序列E值上限10如果联配的统计显著性值(E 值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。Word长度打分矩阵，取默认打分矩阵，取默认对打分矩阵的调整详细参数设置空位罚分过滤简单重复序列1415图形示意结果图形示意结果检索结果检索结果16检索结果检索结果-匹配序列列表匹配序列列表目标序列描述部分带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列17进入相应的genbank序列物种来源1819Graphics结果202122E值为0，不可能随机匹配检索结果检索结果残基完全相同空位为0具体匹配情况23谢谢谢谢 24Thank you!25
