《山东大学生物信息学课件02从结构到结构生物信息学》由会员分享，可在线阅读，更多相关《山东大学生物信息学课件02从结构到结构生物信息学（110页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、SDU微生物技术国家重点实验室FromstructuretostructuralFromstructuretostructuralbioinformaticsandbeyondbioinformaticsandbeyondSDU微生物技术国家重点实验室TheHumanGenomeProjectSDU微生物技术国家重点实验室人类基因组计划是人类基因组计划是人类基因组计划是人类基因组计划是20202020世纪后半叶世纪后半叶世纪后半叶世纪后半叶生命科学中最重大的事件生命科学中最重大的事件生命科学中最重大的事件生命科学中最重大的事件Double every 18 monthsSDU微生物技术国家重点
2、实验室There are now over 1000complete genomes!Where are we at?SDU微生物技术国家重点实验室Attention now turns to theproteome: Protein identification and function Protein - protein interactions Whole pathways Whole systemsSDU微生物技术国家重点实验室SDU微生物技术国家重点实验室SDU微生物技术国家重点实验室摩登(modern)的陷阱n n在科学技术高度发展，分子生物学在科学技术高度发展，分子生物学, ,生
3、物信息学等风靡生物信息学等风靡世界的今天，现代的生命科学到底解决了哪些问题？世界的今天，现代的生命科学到底解决了哪些问题？生命到底是什么？这些最基本的问题，科学家还是茫生命到底是什么？这些最基本的问题，科学家还是茫然无以对答，仍然任凭宗教的说教！然无以对答，仍然任凭宗教的说教！n n人类的科学研究正进入还原论的迷宫，而对于物质世人类的科学研究正进入还原论的迷宫，而对于物质世界的整体性与规律性的研究已经看不到达尔文、牛顿界的整体性与规律性的研究已经看不到达尔文、牛顿及爱因斯坦的思想火花。及爱因斯坦的思想火花。SDU微生物技术国家重点实验室导致的问题：导致的问题：n n学生无能力独立自主，开创未来
4、学生无能力独立自主，开创未来。n n就算紧就算紧跟跟新知識新知識新知識新知識，其，其实已经是实已经是落落后后至少至少5-105-10年。年。n n任何任何新知識新知識新知識新知識都都须要经过须要经过考驗考驗考驗考驗。紧紧跟新知識跟新知識，有可能是，有可能是捕風捉影捕風捉影捕風捉影捕風捉影。n n片片片片断琐碎，缺整体的认识。断琐碎，缺整体的认识。断琐碎，缺整体的认识。断琐碎，缺整体的认识。摩登摩登( (modern)modern)的陷阱的陷阱SDU微生物技术国家重点实验室垃圾大戰垃圾大戰垃圾大戰垃圾大戰 的的 大學教育大學教育大學教育大學教育n n平時上課：教授丟垃圾，學生代表撿垃圾！平時上課
5、：教授丟垃圾，學生代表撿垃圾！平時上課：教授丟垃圾，學生代表撿垃圾！平時上課：教授丟垃圾，學生代表撿垃圾！n n考試前：圾圾考試前：圾圾考試前：圾圾考試前：圾圾copycopycopycopy，各自回家作垃圾分類！各自回家作垃圾分類！各自回家作垃圾分類！各自回家作垃圾分類！n n進入考場：掃瞄垃圾場，傾倒垃圾！進入考場：掃瞄垃圾場，傾倒垃圾！進入考場：掃瞄垃圾場，傾倒垃圾！進入考場：掃瞄垃圾場，傾倒垃圾！n n傾倒完畢，如釋重負！傾倒完畢，如釋重負！傾倒完畢，如釋重負！傾倒完畢，如釋重負！n n清倒夫清倒夫清倒夫清倒夫 vs. vs. vs. vs. 拾荒者拾荒者拾荒者拾荒者 TIP 獨特的清
6、倒夫能力！徹底的垃圾分類！捨得垃圾！SDU微生物技术国家重点实验室你個人的情況？你個人的情況？你個人的情況？你個人的情況？n n讀過多少本書讀過多少本書讀過多少本書讀過多少本書( ( ( (完整的完整的完整的完整的) ) ) )？n n屈服於摩登的誘惑？屈服於摩登的誘惑？屈服於摩登的誘惑？屈服於摩登的誘惑？n n知識間是否有矛盾？空白？有無問題？知識間是否有矛盾？空白？有無問題？知識間是否有矛盾？空白？有無問題？知識間是否有矛盾？空白？有無問題？n n清倒夫？清倒夫？清倒夫？清倒夫？ 拾荒者？拾荒者？拾荒者？拾荒者？n n企圖心？願景？企圖心？願景？企圖心？願景？企圖心？願景？ TIP 作禪打
7、坐，靜思。捕捉剎那！SDU微生物技术国家重点实验室现代的研究生必须要注意现代的研究生必须要注意学习什么和怎样学的问题！学习什么和怎样学的问题！n n研研究究不不只只在在“ “puzzle puzzle solvingsolving” ”，更更重重要要的的是是在在探探求求ultimate ultimate ( (演演化化上上和和历历史史上上) )的的问问题题。在在这这价价值值上上，我我们们建建立立我我们们的的生生命命哲哲学学。这这些些问问题题的的挑挑战战，使使我我们们的的生生活活更更富富有有，也也使使我們更能瞭解人我們更能瞭解人类类生存的意生存的意义义。SDU微生物技术国家重点实验室仅仅信息数据
8、的增加、数据库的增多，不足全面解释复仅仅信息数据的增加、数据库的增多，不足全面解释复仅仅信息数据的增加、数据库的增多，不足全面解释复仅仅信息数据的增加、数据库的增多，不足全面解释复杂生命现象，必须注意新方法，新思路，新算法的学习。杂生命现象，必须注意新方法，新思路，新算法的学习。杂生命现象，必须注意新方法，新思路，新算法的学习。杂生命现象，必须注意新方法，新思路，新算法的学习。SDU微生物技术国家重点实验室NatureNature 415415415415, 141 - , 141 - 147 (2002) 147 (2002) SDU微生物技术国家重点实验室Humangenomestatis
9、ticsHumangenomestatisticsTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAA
10、CCCTAACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTCGCGGTACCCTCAGCCGGCCCGCCCGCCCGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGACAACGCAGCTCCGCCC
11、TCGCGGTGCTCTCCGGGTCTGTGCTGAGGAGAACGCAACTCCGCCGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGACACATGCTAGCGCGTCGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCGCCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGAGGCGCACCGCGCCGGCGCAGGCGCAGAGACACATGCTAGCGCGTCCAGGGGTGGAGGCGTGGCGCAGGCGCAGAGACGCAAGCCTACGGGC
12、GGGGGTTGGGGGGGCGTGTGTTGCAGGAGCAAAGTCGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCACGCGCAGAAACTCACGTCACGGTGGCGCGGCGCAGAGACGGGTAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGGATCGACCGCCCCTTGCTTGCAGCCGGGCACTACAGGACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGCCAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGCAGGGCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGCCAGCGCCCCCTGCTGGCGCCGGGGCACTGCAG
13、GGCCCTCTTGCTTACTGTATAGTGGTGGCACGCCGCCTGCTGGCAGCTAGGGACATTGCAGGGTCCTCTTGCTCAAGGTGTAGTGGCAGCACGCCCACCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCCGGGCCCTCTTGCTCCAACAGTACTGGCGGATTATAGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAGTAGACTCCTAAATATGGGATTCCTGGGTTTAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTAATTTGTGAACTGATTACCATCAGAATTGTACTGTTCTGTATCCCACCAGCAATG
14、TCTAGGAATGCCTGTTTCTCCACAAAGTGTTTACTTTTGGATTTTTGCCAGTCTAACAGGTGAAGCCCTGGAGATTCTTATTAGTGATTTGGGCTGGGGCCTGGCCATGTGTATTTTTTTAAATTTCCACTGATGATTTTGCTGCATGGCCGGTGTTGAGAATGACTGCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCGTCAGCCTHuman genome has 3 billio
15、n basesIf you print 100 characters per line and 50 lines per page, youll fill 600,000 pages, stacked 60 meters high.If you read one base per second, nonstop, it will take you 100 years.Total: 100 gigabases in 165,000 organisms.It will take you 3,300 years to finish reading SDU微生物技术国家重点实验室教与学教与学n n授人
16、以鱼授人以鱼, ,不如授人以渔。不如授人以渔。 中国古训中国古训n n认识一位巨人的研究方法，对科学的认识一位巨人的研究方法，对科学的进步进步并不比发现本身更少用处，并不比发现本身更少用处，科学研究的方法科学研究的方法通常是极富兴趣的部通常是极富兴趣的部分。分。 （法）拉普拉斯（法）拉普拉斯 LaplaceLaplaceSDU微生物技术国家重点实验室数据数据、信息信息、知识知识n n数据数据 (Data) (Data) 从观察事件所作的记录。从观察事件所作的记录。n n信息信息 (Information)(Information) 经过处理后具有意义的数据。经过处理后具有意义的数据。n n知知识识 (Knowledge)(Knowledge) 思考思考信息信息、配以、配以行动行动的能力的能力Data,Information,KnowledgeSDU微生物技术国家重点实验室 FromDatatoFromDatatoInformationInformation.10, M, 0, 10, 10, 0, 0, 0, SUBACUTE, 37, 2, 1, 0,15,-,-, 6000, 2,
