《Perl语言在生物》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Perl语言在生物（51页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式精选ppt1PERLPERL在生物信息学中的应用在生物信息学中的应用o主讲：吴茂英o生物信息学与生物统计学系o上海交通大学主要内容nPERL简介nPERL脚本的编写nPERL变量nPerl语法nPERL与正则表达式nPERL示例2精选pptPERL释义Practical Extraction and Report Language 实用摘录和报告语言，但它其实不是缩写Larry Wall，1987.12.18Perl的历史3精选pptPerl的环境准备l Unix：大多数内置l 一些软件也内置perl，比如apache/oraclel Wind
2、ows：ActivePerl5.10.04精选pptPerl的工具编辑工具：notepad，viIDE：Komodo，Perl Dev KitCGI：Top perl studio，Perl builder,perl edit，perlwiz，Mod_perl5精选pptPerl的功能l脚本语言，解释执行，无需编译l具有编译语言如c、Java的功能，又有shell脚本的方便l无数据类型区分，适于不太复杂的程序l适于不要求速度，不在乎内存CPU等系统资源的任务l强大的字符串处理功能l灵活或复杂的正则表达式l大多数平台支持，除了专用模块，可在不同平台运行6精选pptPerl的应用nWeb编程：CG
3、I，XML处理n系统管理n网络编程（安全脚本）.n数据库管理n图像处理n其他众多的领域。7精选ppt一个示例#!/usr/bin/perlPrint “This is my first perl programn”;$a=;Print $a;l第一行： #!/usr/bin/perl 由什么程序执行以下的内容l注释：l输入：l输出：printl$a：变量，无需指定数据类型8精选pptperl的四种变量oScalar：标量，以$开始，后面以字母或_开头，再后面可以是字母或数字oarray：数组，列表，以开头oHash： 哈希，散列，以%开头o文件：大写字母o区分大小写，$Var, $VAR, $
4、varo内置变量$/，$等9精选ppt字符串变量o由双引号或单引号标识的一组字符组成。o最少0个字符（“”为空串），最多可以占满内存，末尾不含null(0)o“$string” = $str + “ing” != $stringo记住一些常用的转义字符oprint “the $var is $var.”o注意单引号的用法：不替换、不转义$var=“str”;print “this is $var”; # ”this is str”print this is $var; # this is $var10精选ppt变量初值l未创建时状态为undef，到达文件尾也为undefl说明变量为未定义：un
5、def $a;l用在条件判断中：if(undef $a)l代替不关心的变量：$s=“a:b:c:d; ($a1,undef,undef,$d1)=split(/:/, $s);l如果有undef变量又不知在哪，可加-w参数进行提示#!/usr/bin/perl -wl创建后状态为defined 一般用在条件判断中if(defined $a)l整数初值为0，字符串初值为空串”。一般未赋值就使用时$result = $undefined + 2; 11精选ppt相关函数olength()：字符串长度ouc, lc, ucfirst, lcfirst：改变大小写函数osubstr, index, p
6、os：字符串函数osin等三角函数orand(), srand()：随机发生函数$lastchar = chop($str) # 截去最后一个字符$result = chomp($str) # 截去末尾的行分隔符（通常为”n”），行分隔符由$/定义12精选ppt控制结构oif(condition1) elsif(condition2)elseounless()ountil()odo until()owhile()odo while ()ofor(;)oforeach循环语句13精选pptforeacho语法：foreach $w(list|array)statemento()内可以是数组a，也
7、可以是列表(1,2,3)o数组元素值可以修改，列表则是常量o$w不影响本来已定义的变量$w，循环结束后恢复o可以用$a(a)用相同的变量名称o示例：nforeach $a(a)用于数组nforeach $a(1,2,3,4)用于列表nforeach $k(keys %h)用于哈希/散列nforeach $a(a1,2,4)仅对数组部分元素nforeach (a)缺省循环变量为$_14精选ppt循环控制olast：退出循环onext：进入下一循环oredo：重新执行本次循环ogoto：跳转ocontinuestatement15精选ppt单行条件语句与循环语句oprint $a if $a=0;
8、oprint $a unless($a=0);oprint $a while ($a-=0);oprint $a until ($a-=0)用|，&的条件语句：$a=0&print $a; open(F,file)|die “cant open”;die函数：在控制台标准错误输出信息后退出程序。warn： 输出信息后不退出程序，只起警报作用。$!：内部变量，包含错误代码。$：内部变量，包含错误信息。16精选ppt列表数组的形式o形式：(1,”a”,2.3, $a, $x+1)，其元素可以是数字、字符串、变量、表达式o空列表()，单元素列表(2)不同于标量2oqw(1 $a str)n()可以用
9、其他符号表示，如n元素可以是数值、变量、不带引号的字符串，中间用空格分开17精选ppt范围表示的列表.：范围运算符，每次增加1，如1.3o(1.6)=(1,2,3,4,5,6)o(1,2.5,6)=(1,2,3,4,5,6)o(3.3)=(3)o(2.4.5.3)=(2.4,3.4,4.4)o(4.5.1.6)=()o(“aa”.”ad”)=(“aa”,”ab”,”ac”,”ad”)o$month=(01.31)o($a,$a+3)=(3,4,5,6) if $a=318精选ppt数组列表的存储oa=(1,2,3)，不同于$a，初始值为()o元素形式：$a0表示第一个元素，索引从0开始，$a-
10、1表示倒数第一个元素o数组的赋值：na=(1,2,3,4); b=a;nb=(2,3); a=(1,a,4);na=; #从屏幕输入进行赋值，按下CTRL-d结束n改变元素的值：$a1=3;n超出数组大小的元素赋值：$a5=6; #自动增长，其他元素为NULLn读取不存在的元素为空：$b = $a6;19精选ppt数组的读出a=(1,2,3);n$a=$a1;n($x, $y, $z)=a; $x=1, $y=2, $z=3;n($x, $y)=a; $x=1, $y=2;n($a,$b,$c,$d)=a; $a=1, $b=2, $c=3, $d=“”;n$a=a=$#a+1; # $a为数
11、组长度，$#a为数组的最后一个元素的索引n($a)=a; # 数组的第一个元素$a0n打印数组：print a; # 元素直接相连 print “a”; # 元素之间用空格分开20精选ppt数组片段a=(1.5)nsub=a0,1,3;na1,3=(“a”,”b”);nb=(1,2,3); sub=ab;na1,2=a2,1;na1,2,3=a3,2,4;21精选ppt数组操作函数osort：缺省按字母排序$a, $b表示数组元素，_代表数组本身nreverse a; # 取数组的逆序nchop a; # 每个元素截去最后一个字符nshift(a); # 删除数组第一个元素并返回该值，缺省对A
12、RGV数组nunshift(a); # 在数组头部添加元素，返回新数组长度npush(a,$a); # 在数组末尾添加元素npop(a); # 删除数组末尾元素22精选ppt数组操作函数（二）ojoin(连接符号, a)把数组连接为一个字串a=(a,b); join(:, a)=“a:b”;osplit(/分隔符/, 分割串, 长度)分隔符：缺省为空格，可省略分割串：缺省为$_，可省略长度：可省略，缺省为全部分割$s=“a,b,c”; a=split(/,/,$s); a=(a,b,c); a=split(/,/,$s, 2); a=(a,b,c);23精选ppt数组函数（三）osplice函
13、数：ret = splice(a, skip, length, newlist);l对数组a进行操作，跳过skip个元素，然后用newlist替换length个元素lnewlist长度可以不为length，但其替换长度总为lengthl如果length=0表示为插入；如果newlist=()则表示为删除l当length和newlist都省略时表示全部删除ofound=grep(/pattern/, search)对数组search的每个元素进行搜索匹配pattern，匹配元素返回到foundomap(expr, list)对数组list的每个元素进行expr运算，返回运算后的数组。元素用$_替
14、代，如map($_+1, (1,2)(2,3)24精选ppt二维数组aoa=1,2,3,a,b,c;n该数组的元素为两个数组n子数组访问： $aoa-0(1,2,3)n子数组元素列表：$aoa-00,1,2n子数组元素访问：$aoa-00a=(1,2,3);b=(a,b,c);$aoa=a,b; $aoa-00;25精选ppt关联数组：哈希/散列o关联数组的表示：%h=(1,a,2,b);o关联数组的下标为关键字key，由key得到的值为valueo上式的意义是%h=(1=a,2=b);o元素形式$h1=a26精选ppt关联数组的赋值%a=(“key1”,1,”key2”,2);%h=a;a=
15、%h;%h1=%h2;($a,%h)=array;%h=(%first, %second);%h1=(%h2, k, v)函数的返回：%h=split();keys=(a,b,c); hashkeys=hashreverse keys;27精选ppt关联数组操作函数okeys(%hash), values(%hash)分别返回键和值的列表，返回元素无顺序o($key, $value)=each(%hash)效率高于先用foreach $k (keys %h), 再用$hash$koexists $hashkey判断关键字是否存在oundef(%h)相当于删除散列%h=();odelete28精
16、选ppt关联数组的顺序foreach $w(sort keys(%hash) # 按照字符串排序或者foreach $w(sort $a$b keys(%hash) #数值排序29精选ppt文件o存放于磁盘，用于读写访问，访问前必须先打开文件，结束时关闭文件open(HANDLE, “filename”) | die $!;o成功返回非零，失败返回零oHANDLE：文件句柄，用来代表操作的文件。以字母开头，字母、数字、下划线组成，一般用大写字母o缺省打开的句柄STDIN, STDOUT, STDERR, 文件描述符为0，1，2。不必调用open就可以直接访问nSTDIN：键盘输入，控制台。nSTDOUT：屏幕，显示屏。nSTDERR：错误输出，显示屏。30精选ppt文件访问模式o只读：open(F, “filename”); 文件不存在则创建新文件，存在则清空重写o追加：open(F, “filename”);在存在的文件后面追加内容o读写：open(F, “+，文件不存在则创建，存在则清空再写o读写：+，文件不存在则创建，存在则追加o管道：|，open(F,“| cathello”)
