《大型机使用手册》

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1、大型机使用手册整理ppt快速使用指南用户软件环境加载可加载的软件环境列表可以在命令行使用下面的命令获取或查看本手册后续部分 module avail由用户根据自己使用的shell在下列文件中通过 module load / unload命令来加载/卸载自己所需要的运行环境 .bash_profile/.bashrc （bash shell ) .cshrc/.tcshrc (csh / tcsh) .kshrc (ksh)可以在命令行使用下面的命令，获取自己使用的的shell 信息echo $0示例shell为bash，希望登录后自动加载mvapich2, ncl, netcdf, grads

2、等的软件环境信息，则把下列命令添加到/.bashrc中module load mvapich2 netcdf ncl GrADS整理ppt快速使用指南加载注意事项编译器模块必须第一个加载如需要的环境与系统缺省设置不一致，先用下面命令清除，再加载需要的环境module purge加载编译器后，再加载其他的应用模块有依赖关系的模块，在加载时需要注意先后顺序，例如ncl/6.1.2依赖hdf5/1.8.11, netcdf/4.3.0netcdf/4.3.0依赖hdf5/1.8.11其加载顺序为module load hdf5/1.8.11 netcdf/4.3.0 ncl/6.1.2加载缺省版本模

3、块时，可以不用指明版本号可通过env命令来查看模块加载后进行的相关设置，例如，模块的安装位置，有关的环境变量设置等整理ppt快速使用指南 PBS脚本设置 以下PBS指令为必需指令#PBS P project_no (项目号)#PBS -q queue_name (队列名)#PBS -l walltime=hh:nn:mm(墙钟限制） PBS脚本中MPI程序运行方式mpirun -np nproc my_mpi_app.exe注意： 1. 不需要指定-hostfile 参数 2. 现在启用了墙钟限制，脚本有可能需要根据相应的墙钟限制进行调整，避免由超时造成强制中断而的问题示例脚本在/nuist/

4、p/public/app/scripts/pbs_example整理ppt快速使用指南目录设置/nuist/u/home/$LOGNAME ( 用户主目录， 个人配额10G)/nuist/p/work/$LOGNAME (用户工作目录, 个人配额500G）/nuist/scratch/$LOGNAME (用户临时目录, 个人配额5T）/nuist/p/public/app (常用软件包安装目录，例如：NetCDF, NCL等）/nuist/p/public/data (共用数据存放目录，例如：WRF地形数据等）系统预定义的目录环境变量$TEMPDIR /nuist/scratch$WORKDI

5、R /nuist/p/work$APPDIR /nuist/p/public/app整理ppt一 系统简介集群计算节点308台两路六核IBM HS22刀片服务器,共3696个核存储一个38TB高速SAS硬盘做成1./nuist/u/home ( 8.4 T )2./nuist/p/public ( 30 T )一个706TB近线SAS硬盘做成3./nuist/p/work ( 214 T )4./nuist/scratch ( 492 T )整理ppt二 存储空间设置 卷功能配额删除策略备份/nuist/u/home10G/用户不做删除备份/nuist/p/work500G/用户当文件系统的可

6、用空间低于10%的时候将删除一定时间以上的文件（如90天）不备份/nuist/scratch5T/用户当文件系统可用空间90天的当文件系统可用空间30天的当文件系统可用空间7天的不备份/nuist/p/public不做删除， 用于保存共用的基础数据，例如地形数据等备份磁盘空间配额使用查询mmlsquotau username 整理ppt三 运行环境设置 编译器 Intel 11.1.046 / 12.1.0.233 PGI 11.7 / 13.3 GNU 4.4.6 / 4.7.2 / 4.8.2 并行环境 OpenMPI 1.4.3 / 1.6.5 MVAPICH2 2.0b 软件环境管理

7、Environment Modules 3.2.10整理ppt三 运行环境设置 软件包/库安装位置 /nuist/p/public/app /nuist/p/public/data /usr/lib64 /usr/include /usr/bin整理ppt三 运行环境设置 已安装的软件包 /nuist/p/app名称版本编译器实现CDO1.6.2NCL6.1.2Intel, GNU, PGINCO4.3.7NCVIEW 2.1.2VIS5D+1.2.1GrADS1.8, 1,9, 2.0.2OpenGrADS1.10, 2.01整理ppt三 运行环境设置 已安装的软件包 /usr/bin名称版

8、本编译器实现ImageMagic6.5.4.7整理ppt三 运行环境设置 已安装的库 /nuist/p/public/app名称版本编译器实现BLAS20110419Intel, GNU, PGIBUFR10.2.3Intel, GNU, PGIEMOSLIB000392Intel, GNU, PGIG2CLIB/G2LIB 1.4.0Intel, GNU, PGIGDAL1.10.1GRIB_API1.11.0Intel, GNU, PGIHDF44.2.9Intel, GNU, PGIHGF51.8.11Intel, GNU, PGIHDF-EOS22.18V1.00HDF-EOS51.1

9、4整理ppt三 运行环境设置 已安装的库 /nuist/p/public/app名称版本编译器实现LAPACK3.3.1Intel, GNU, PGINETCDF3.6.3, 4.3.0Intel, GNU, PGIPROJ4.8.0UDUNITS2.1.24W3LIB2.0.2Intel, GNU, PGI整理ppt三 运行环境设置 已安装的库 /usr/lib64名称版本编译器实现JAPSER1.900.1JPGE6bPNG1.2.46ZLIB1.2.3CAIRO1.8.8FREETYPE2.3.1PIXMAN0.18.4EXPAT2.0.1CURL7.19.7FONTCONFIG2.8.

10、0整理ppt三 运行环境设置 已安装的库 /nuist/p/public/app/intel/Compiler/11.1/046/mkl/lib/em64t名称版本编译器实现Intel 数学核心库11.1.046整理ppt三 运行环境设置 用户环境变量设置 列出加载的模块 module list 加载可用的模块 module avail 加载指定的模块 module load 卸载指定的模块 module unload 切换不同的模块 module swap 整理ppt三 运行环境设置 目录环境变量 $TEMPDIR = /nuist/scratch $WORKDIR=/nuist/p/wor

11、k $APPDIR=/nuist/p/public 加载自己所需要的模块 在下列文件中通过 module load / unload命令来加载/卸载自己所需要的运行环境 .bash_profile/.bashrc .cshrc .kshrc例如： module load netcdf ncl ncview GrADS整理ppt三 运行环境设置 使用module命令时的注意事项 如果只使用模块名而没有指定版本，则所有操作都是针对缺省版本 当使用module swap反复切换编译器模块时，会引起segmentation fault问题。当需要对编译器进行反复切换时，建议使用module unloa

12、d / module load来进行操作 module 命令加载的是系统缺省设置的运行环境变量，用户自己的设置，仍然需要通过设置用户主目录下的.bashrc / .bash_profile / .cshrc等来实现整理ppt三 运行环境设置 Module 使用示例 jliulog02 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 2) mvapich2/2.0b jliulog02 $ module swap mvapich2 openmpi jliulog02 $ module list Currently Loa

13、ded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 2) openmpi/1.6.5 jliulog02 $ module load ncl netcdf jliulog02 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/4.3.0整理ppt三 运行环境设置 jliulog02 $ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.

14、2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/4.3.0 jliulog02 $ module swap netcdf/4.3.0 netcdf/3.6.3 jliulog02 $ module listCurrently Loaded Modulefiles: 1) intel/11.1.046 3) ncl/6.1.2 2) openmpi/1.6.5 4) netcdf/3.6.3整理ppt三 运行环境设置Fortran 编译命令Intel : ifortGNU: gfortranPGI : pgf90/pgf77/pgfortranC 编译命令Intel : iccGNU:

15、 gccPGI : pgccC+编译命令Intel : icpcGNU : g+PGI : pgCCMPI编译命令Fortran : mpif90, mpif77C: mpiccC+ : mpic+, mpicxx整理ppt四 作业管理1）队列设置 队列类型说明Regular最多使用512个核，每个用户最多可同时运行2个任务，同时提交5个任务Economy最多使用512个核，每个用户最多可同时运行2个任务，同时提交5个任务Longtime最多使用336个核，每个用户最多可同时运行1个任务，同时提交2个任务整理ppt四 作业管理2）墙钟限制 队列类型墙钟限制Regular12小时Economy2

16、4小时Longtime无墙钟限制整理ppt五账户管理规则 1）账号申请 项目负责人填写“计算资源申请表”申请资源 项目成员填写“高性能计算机账号申请表”开通其个人账号。 项目负责人指定各成员可以使用的记账账号，开通/停止项目成员账号由项目负责人(或相关授权人员)提出 每个人拥有独立的大型机用户账号 只有有效的项目号和在该项目号下有效的成员才能提交作业整理ppt五账户管理规则超级计算机计算资源申请表姓名院系电话电子邮件计算项目类别个人项目 业务项目 部门项目计算项目号计算项目描述起止时间年度配额（万核小时）配额估算依据申请人： 填表人： 日期：填表说明：1.个人的计算项目号格式为 P+工号+三位数字（第一个为001， 第二个为002，. ）。2.业务/部门项目的姓名为实际运行的业务或部门名称，计算项目号由超算中心统一安排，起止时间不用填写。3.项目描述要注明实际的科研项目及所用到的的模式或软件。4.年度配额仅为预申请配额，最终核准的配额要根据计算机的实际年度计算能力协调分配。整理ppt五账户管理规则超级计算机账号申请表姓名学号/工号预设账号电话电子邮件院系用户类别教师 学生 合作、访问学