临床细菌学,细菌的分类与命名第一节 细菌分类学细菌分类学是对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科任务是在全面了解细菌生物学特征的基础上,研究它们的种类,探索其起源、演化以及与其他类群之间的亲缘关系,进而提出能反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类它包括分类、命名和鉴定三个方面一、基本概念,1．细菌分类 根据细菌各自的特征,并按照亲缘关系分类,以不同等级编排系统分类有两种:,①细菌的生理生化分类法,包括有传统分类法和数值分类法; ②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法,称种系分类或自然分类2．细菌命名 在分类基础上,给每种细菌一个科学名称,便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称3．细菌鉴定 将未知细菌按分类原则,确定细菌的分类地位二、分类等级,1.细菌的分类等级依次为界、门、纲、目、科、属、种细菌属于原核生物界,包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺旋体分类等级表示方法如下:目、亚目、科、亚科等2.种是细菌分类的基本单位,将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种;性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属;相近的属归为一科;依次类推在两个等级之间,可添加次要的分类单位,如亚门、亚纲、亚属和亚种等。
群和组不是正式分类等级,具有某种共同特性的某个集体,任何等级都可借用3.同一菌种在某些方面仍有差异,可再分成亚种,亚种以下的分类等级为型,以区别某些特殊的特征例如抗原结构不同而分的血清型;对噬菌体敏感性不同的噬菌体型;对细菌素敏感性不同的细菌素型,生化反应和某些生物学性状不同的生物型4.由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌,称为株株是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物,例如从10个肺结核患者的痰液中分离出的10株结核分枝杆菌具有某种细菌典型特征的菌株称为模式菌或标准菌株,它是该种菌株的参比菌株在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据,也可作为质量控制的标准三、细菌命名法,细菌的学名的生物双名式,具备拉丁化文字形式和明确分类等级的两个特点,即有一个属名和一个种名构成属名在前,是名词,首字母大写;种名在后,是形容词,均用小写;两者均用斜体表示细菌学名的中文译名则种名在前,属名在后例如Salmonellatyphi(沙寒沙门菌) 属名也可用第一个字母代表,如S typhi 等有时泛指某一属细菌而不特指其中 的某个细菌则可在属名之后加上sp, 如Salmonella sp,即表示沙门菌属细 菌(sp代表菌种species,复数用spp);,如果使用1个亚种的名称,则在种名 后再加亚种名如Klesbsiella penumomae subspecies pneumomae。
第二节 细菌的分类方法,一、生理学与生化学分类法细菌的形态、染色以及特殊结构是最早的分类依据,方法有传统分类和数值分类法两种1．传统分类法 19世纪以来,以形态生理特征为依据选择稳定的生物学性状,如形态结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性作为分类依据,然后按主次顺序逐级区分使用方便,分类亦明确,但有主观性2．数值分类法 20世纪60年代,随计算机的应用而发展的分类方法它对各种生物学性状按“等重要原则”进行分类,选用50项以上的生理生化指标进行比较,分析相似度,划分属和种,并确定亲缘关系二、遗传学分类法,遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等组成的同源程度分类该分类法的优点是:,①对细菌的“种”有较为一致的概念; ②使分类不会出现根本性的变化; ③可制定可靠的细菌鉴定方案; ④有利于了解进化和亲缘关系基因型分类法有如下几种:,1．DNAG+C mol％测定 DNA分子两条链上4种碱基的总分子量为100,测定其中G+C或A／T摩尔百分比,能反映出细菌间DNA分子同源程度,习惯上以G+C作为细菌分类标记不同菌属间的G+C mol％范围很大,在25％─75％之间,但同一种细菌G+C mol％相当稳定,不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响,亲缘关系越近的细菌,它们G+C mol％越相近。
2．核酸同源值测定,利用DNA分子杂交技术测定DNA分子的相 似度其步骤是先提取DNA,加热变性解 链,然后将两种变性的DNA(其中一种为标 记DNA或rRNA)混合液在一定的温度下保 温复性,重新得到杂交的双螺旋DNA分子, 鉴定其双螺旋结合率结合率大小反映DNA碱基序列相似程 度和菌种间的亲缘关系同一菌的结 合率为100％,80％─90％的同源为 同种内、同亚种的细菌,60％-70％ 的同源性为同种内不同亚种的细菌, 20％-60％则认为是同属中的不同菌种3．核蛋白体RNA碱基序列测定,细菌核蛋白体RNA序列比较保守,其变化十分缓慢分离提取细菌16SrRNA,用T1核酸酶消化,分析寡核苷酸的碱基序列可测出rRNA的相关性绘制各类群关系和树状谱,从而确定种系的发生关系第三节 细菌的分类糸统,医学有关的细菌分类表,Ⅰ类 ,G─有细胞壁的真细菌,Ⅱ类,G+有细胞壁的细菌,西医学是最近三四百年来建立在解剖学、生物学及现代科学技术基础上、发展起来的一门以“解剖人、肉体人”为概念的、新兴的现代医学科学理论体系主要采用科学实验方法，从宏观到微观，直至目前的分子基因层次水平，发展极为迅速，超过其它任何一门医学科学，成为世界医学史上的主流。
可见中西医学，一个是以“功能人”为概念的独特的哲学医学理论体系，一个是以“解剖人、肉体人”为概念的新兴的现代医学科学理论体系，二者都不是以完整人为研究对象的科学，从理论讲二者都不是科学的，势必影响各自发展事实也证明这一切，中医长期停滞不前、疗效也不确实西医尽管发展到目前的基因分子层次，但疾病发病率居高不下，对绝大部分疾病发病原因认识不清、发病机理弄不明白，治疗受到制约，在小小SARS、禽流感面前竟束手无策，在糖尿病、癌症、心脑血管疾病、尿毒症等相当多疾病面前更是不得不求助或借助中医治疗一个是疗效不确实，一个是有些甚至相当多疾病无法治疗，这就是中西医学结合的缘由然而，由于二者是两套理论、两股道上跑的车，风马牛不相及，从理论上讲就没有结合的可能，只是形式上的融合罢了故出现西医对治疗不了的疾病只好求助中医，而中医则往往采用西医诊断中医治疗，以及中西治疗法一块用的局面 至于循证医学、比较医学、后现代医学、行为医学等所谓“医学”，都称不上一门独立的医学科学，关于这一点在灵魂医学有关章节中将有相关点评 现今医学分为传统医学、基于“生物-医学模式”近代发展起来的西医，20世纪西医又发展到“社会-心理-生物医学” （df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）或综合医学模式，后基因组时代系统生物学的兴起，（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）形成了系统医学在全球的迅速发展，成为继传统医学、西医学之后中、西医学汇通的未来医学。
当代中国医学类专业比较优秀的学校有北京大学、（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff） 华中科技大学、郑州大学等学校 （df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）中医即中国传统医药学，是形成于数千年前的中国，是建立在人们与疾病长期斗争的经验总结及阴阳五行、八纲脏腑辨证基础上，运用朴素辩证法及思辨推理方法，认识机体、自然、疾病三者关系，发展起来的（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）一门以“功能人”包括功能脏器为概念的独特的医学哲学理论体系df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6） 在治疗上，除了药物外，还有针灸、推拿气功、（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）耳针等特殊疗法，它是世界传统医学中最完善的一种医学理论体系它为人类尤其为中国人民（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff） 健康和民族繁衍做出了巨大贡献 （df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2） 西医学是最近三四百年来建立在解剖学、生物学及现代科学技术基础上、发展起来的一门以“解剖人、肉体人”为概念的、新兴的现代医学科学理论体系。
主要采用科学实验方法，从宏观到微观，直至目前的分子基因层次水平，发展极为迅速，超过其它任何一门医学科学，成为世界医学史上的主流 可见中西医学，一个是以“功能人”为概念的独特的哲学医学理论体系，一个是以“解剖人、肉体人”为概念的新兴的现代医学科学理论体系，二者都不是以完整人为研究对象的科学，从理论讲二者都不是科学的，势必影响各自发展事实也证明这一切，（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）中医长期停滞不前、（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）疗效也不确实西医尽管发展到目前的基因分子层次，但疾病发病率居高不下，对绝大部分疾病发病原因认识不清、发病机理弄不明白，治疗受到制约，在小小SARS、禽流感面前竟束手无策，在糖尿病、癌症、心脑血管疾病、尿毒症等相当多疾病面前更是不得不求助或借助中医治疗一个是疗效不确实，一个是有些甚至相当多疾病无法治疗，这就是中西医学结合的缘由然而，由于二者是两套理论、两股道上跑的车（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2），风马牛不相及，从理论上讲就没有结合的可能，只是形式上的融合罢了df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6） 故出现西医对治疗不了的疾病只好求助中医，而中医则往往采用西医诊断中医治疗，以及中西治疗法一块用的局面。
（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）至于（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）循证医学、比较医学、后现代医学、行为医学等所谓“医学”，都称不上一门独立的医学科学，关于这一点在灵魂医学有关章节中将有相关点评 总之，目前以中西医学为主的世界各种医学科学都存在不完整性的瑕疵，即都是以不完整的人为研究对象的医学科学，故不能解决目前存在于中西医学甚至人文社会科学史上一切疑难模糊问题，成为阻碍医学科学前进的羁绊的确，要解决目前存在于中西医学甚至人文社会科学上一切疑难模糊问题，显然已完全超出了中（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）西医学所涉及的范畴，我们必须跳出中西医学的理论框架，建立起一个新的医学理论体系 - 东方医学和西方医学（即西医）的融合形成现代系统医学该体系所涉及的一切问题不管从广度上，还是从深度上，（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）都应该远远超过现有的中西医学理论，并将现有中西医学理论纳入自己的理论框架范围之内为了肩负起这一历史使命，原创人生、医学理论体系——（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff） 灵魂医学 soul medicine应运而生，她不但从宏观上或战略上圆满解释并解决了存在于人类医学及人文社会科学史上的一切疑难模糊问题，而且还能够使人们得以启迪人生（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh），不得不重新认识人类自身、不得不重新认识人类赖以生存的这个多维世界。
df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6）医学化验 医学定义（medicine），是处理人健康定义中人的生理处于良好状态相关问题的一种科学，以治疗预防生理疾病和提高人体生理机体健康为目的（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）狭义的医学只（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）是疾病的治疗和机体有效功能的极限恢复，广义的医学还包括中国养生学和由此衍生的西方的营养学现在世界上医学主要有西方微观西医学和东方宏观中医学两大系统体系45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）医学的科学性在与应用基础医学的理论不断完善和实践的验证，（df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6） 例如生化、生理、微生物学、解剖、病理学、药理学、统计学、流行病学，中医学及中医技能等，来治疗疾病与促进健康虽然东西方由于思维方式的不同导致研究人体健康与外界联系及病理机制的宏观微观顺序不同，但在不远的将来中西医实践的丰富经验的积累和理论的（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）形成必将诞生新的医学---------人类医学 不同于现代医学，（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）不同于传统中医， 金水医学诞生了，金水医学是以驱除病理，恢复生理为主张的全新医学，走出了人类医学的误区，（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff） 治疗疾病的特色鲜明，不论是任何疾病都能做到从危为安，由重到轻的恢复办法。
金水医学认识到人体是生命体，（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）生命体有自己的强大的生理自我愈合功能，帮助生命体恢复自主作用才是治疗疾病的根本针对当今现代文明病，现代疑难病，现代慢性病，亚健康，一体多病，取得了巨大的成功，治疗法则为“胃肠洁，气血流，玄府开，营卫昌”人生命体运动符合自然节律，最终达到人体生理增强，消灭疾病的目的 编辑本段医学的分类医学研究 医学可分为现代医学（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）（即通常说的西医学）和传统医学（包括中医学、藏医学、蒙医学等）多种医学体系45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）不同地区和民族都有相应的一些医学体系，宗旨和目的不相同印度传统医学系统也被认为很发达df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr） 研究领域大方向包括基础医学、临床医学、检验医学、预防医学、保健医学、康复医学等 （df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6）基础医学包括：医学生物数学, 医学生物化学, 医学生物物理学 ,人体解剖学, 医学细胞生物学 ,人体生理学, 人体组织学 ,人体胚胎学, 医学遗传学, 人体免疫学, 医学寄生虫学, 医学微生物学 ,医学病毒学, 人体病理学 ,病理生理学, 药理学, 医学实验动物学, 医学心理学, 生物医学工程学 ,医学信息学, 急救学, 护病学, 新中心法则。
临床医学包括： 临床诊断学 实验诊断学.影像诊断学+ 放射诊断学+ 超声诊断学（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh） + 核医诊断学* 临床治疗学 职能治疗学 化学治疗学 生物治疗学 血液治疗学 组织器官治疗学 饮食治疗学 物理治疗学（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff）语言治疗学 心理治疗学 内科学 外科学 泌尿科学 妇产科学 （df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）儿科学 老年医学 眼科学 耳鼻喉科学 口腔医学 传染病学 皮肤医学 神经医学 精神病学 肿瘤医学 急诊医学 麻醉学 护理学 家庭医学 性医学 临终关怀学（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2） 康复医学 保健医学 听力学 编辑本段医学的起源手术治疗 中、西医学的起源大致相同主要包括：①救护、求食的本能行为如动物受伤会舐其伤口、遇热会避入水中，人与动物一样有着本能救护df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6） 人类的求食本能在寻找食物时，逐渐发现了葱、姜、蒜、粳米、薏米等虽为食物（45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）或调味品，却具有治病作用；②生活经验创造了医学。
先古人类通过劳动制造出利器，从而产生了砭石、骨针等医疗器具，逐渐掌握了运用工具治疗疾病的经验与此同时，人们发现活动肢体（df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）可以舒筋活络，强身健体，“导引术”、“五禽戏”的形成，也是古代人们积累生活经验后产生的保健养生观；③医、巫的合与分由于原始人受制于智力尚未开化，对自然界的变化以及宇宙间的一切反常现象，心存恐惧，难以做科学、合理的解释，（df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2）因而误以为有超自然的力量主宰其中故巫、医合流曾是中、西医学共有的一段历史在中医学的历史进程中，“祝由”术沿袭数千年，属于元明临床“十三”科之一，但以医学为目的的解剖可追溯到公元11年（4f肿瘤fbb癌症yuw3胃癌d65io肠癌.f2tr肺癌65ff）(西汉王莽新朝三年)，是中国古老的实证医学萌芽由于儒、释、道三教合流所形成的中国文化格局，“重道轻器” （45传染病q566丙肝964jo乙肝28jgsx甲肝gh）衍生出的务虚倾向，重体悟而疏实证，必然缺少逻辑推理，致使中国的实证医学成就在日后难以与西方医学同日而语古埃及医师运用念咒、画符和草药治病，前二者就是巫医。
df高血压958心脏病983u6糖尿病87fr）西医在古希腊时期就开始医巫分家，亚里士多德曾详细描述了动物的内脏和器官，古希腊医学最高成就的代表人物希波克拉底将唯物主义哲学运用于医学之中，在《论圣病》中说：“被人们称为‘神圣的’疾病(指癫痫和一些精神患者)，在我看来一点也不比其他病症更神、更圣，与其他任何疾病一样起源于自然的原因只因这些病症状奇异，而人们对它们又一无所知，充满疑惑，故而将其原因和性质归之于神灵亚里士多德所创立的唯物主义医学体系，加快了医学科学化的进程；（df4肺炎88gdg青霉素d25f肝炎df6） （df肺25s血液f369血小板t5172红血球gdf55m白血球fd2） ④轴心时代中、西医学的峰巅之作雅斯贝而斯曾说：“如果历史有一个轴心，那么我们就必须将这轴心作为一系列对全部人类都有意义的事件，……发生于公元前800至200年间的这种精神历程似乎构成了这样一个轴心。