第一节 PubMed PubMed概述1PubMed的检索方法 2PubMed检索结果的处理 3PubMed的其他工具与链接 4小结54.1.1 PubMed概述PubMed概述v什么是PubMed？ vPubMed的发展过程 vPubMed的收录范围 vPubMed的记录来源 vPubMed的常用字段什么是PubMed?v生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库 ，由美国国立卫生研究院（NIH）下属的美国国 立医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心 （NCBI）开发、维护 v面向全世界免费提供最新的生物医学信息 v每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便 v整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台 其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索 § http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed6PubMed发展过程1997-1983-1971-1879-PubMed网络数据库Medline光盘数据库Medline联机检索系统Index Medicus （IM）检索期刊PubMed的收录范围v收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的 文摘及题录数据 v绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年 v累积了1900多万条文献记录 v部分文献可直接获取全文，包括： § PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发 的免费生物医学数字化期刊全文数据库 § 开放获取（Open Access，OA）期刊 § 部分出版商提供的免费文献 v与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为[Epub ahead of print]（先于印刷版期刊发表的电子文献 ）或EpubPubMed的记录来源v Medline：PubMed主体部分 §[PubMed-indexed for MEDLINE] v In-process citations： 尚未进行MeSH主题词 标引的最新文献 §[PubMed-in Process] v Publisher supplied citations：出版商提供， 但不被Medline收录的文献 §[PubMed - as supplied by publisher] v OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被 MEDLINE收录的文献 §[PubMed-OLDMEDLINE] PubMed记录的主要字段字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number 字段标识：字段名称IS：ISSNLA：LanguageMH：MeSH TermsMAJR：MeSH Major TopicSH：MeSH SubheadingsPT：Publication Type SO：SourceTA：Journal TitleTI：TitleTW：Text WordsUID：Unique IdentifiersNM：Substance NumberTIAB：Title/Abstract4.1.2 PubMed的检索方法4.1.2 PubMed的检索方法v 基本检索 § 自动词语匹配检索 § 著者检索 § 期刊检索 § 短语精确检索 § 截词检索 § 字段限定检索 § 布尔逻辑检索v 高级检索 § 检索史 § 组合检索 § 检索限定 § 索引检索 § 主题词检索 § 期刊数据库检索 § 单篇引文匹配器 § 临床查询 § 专类查询 PubMed主页面基本检索高级检索登录 My NCBI自动词语匹配检索(Automatic Terms Mapping) v输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统 按照自动词语匹配的原理进行检索 vPubMed最具特色的检索功能之一§ 智能化的检索过程 § 基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进 行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著 者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检 索，并执行“OR”逻辑运算。
如有多个检索词或短语词 组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields（所有 字段）中检索，单词之间的逻辑关系为“AND” vSearch Details框详细显示自动词语匹配的实际 检索式 v有较好的查全率，同时保证一定的查准率v例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单 的方法是在检索框中直接输入heart attack aspirin 三个词，系统即进行自动词语匹配检索，Detail栏 目显示PubMed实际执行的检索式为(“myocardial infarction“[MeSH Terms] OR (“myocardial“[All Fields] AND “infarction“[All Fields]) OR “myocardial infarction“[All Fields] OR (“heart“[All Fields] AND “attack“[All Fields]) OR “heart attack“[All Fields]) AND (“aspirin“[MeSH Terms] OR “aspirin“[All Fields])著者检索v 在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著 者检索 v 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母 §例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字 母为SR的所有著者的文献 v 为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信 息结合起来检索 v 2002年以后的文献，PubMed可实现对姓名全称 的检索，而且姓名排列顺序不限 §例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith， 可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。
v 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著 者检索 §例如，输入Smith SR [1AU]可检索出第一著者为 Smith SR的所有文献 期刊检索v 在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该 期刊的文献： §刊名全称：如the American Journal of Pathology §标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol §期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号 v 当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为 MeSH词检索为避免误检，可采用刊名字段限定 检索 §例如，Cell [TA]可检索出在期刊Cell被PubMed收录的 所有文献 v 利用PubMed的Journals Database可查找期刊的 详细信息 短语精确检索v 短语精确检索是将检索词加上双引号进行强制 检索 v 短语精确检索时，PubMed关闭自动词语匹配 功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索 ，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成 的误检，可提高查准率 §例如，输入“metabolic syndrome”, PubMed在所有可检索字段中查找含有短语 词组metabolic syndrome的文献 截词检索v 在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率 v 截词检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能 §例如，输入immun*可检索出immun开头的所 有词语，如immunity, immunology, immune, immunological等字段限定检索v字段限定检索的形式：检索词 [字段标识] § 例如，leukemia [TI]可检索出篇名中含有 leukemia的文献 § myocarditis [MAJR]可检索出MeSH Major Topic为myocarditis的文献 v字段限定检索可提高查准率布尔逻辑检索v 支持AND，OR，NOT布尔逻辑运算 v 逻辑运算符要大写 v 直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND 的逻辑组配关系 v 可以输入检索式的序号进行布尔逻辑运算，如#1 AND #3 PubMed高级检索页面检索史组合检索检索限定索引检索临床咨询、专题咨询、主题词检 索、期刊检索、单篇引文匹配器检索史（Search History）v点击Search History，显示检索史，包括检索式 序号、检索提问式、检索时间及检索结果数 v单击检索式序号，显示Options选项，可执行 AND, OR, NOT、Delete（删除检索式）、Go（ 直接检索）、Details（显示检索式详情）、Save in My NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同 操作 v检索史最多保留8小时 PubMed高级检索的检索史点击检索式序号， 显示Options选项组合检索（Search by Author，Journal， Publication Date，and more）v组合检索可以实现多个字段的逻辑组配检索 v默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检 索，以提高查准率 v检索时，先选择检索字段，输入检索词（点击 Index显示该检索词的索引，帮助选词），再确定 检索词的逻辑关系，默认为All of these（AND） ，也可以选Any of these （OR），点击Search ，完成检索 举例：通过组合检索查找2000年以来美国路易斯安州Pennington Biomedical Research Center的Smith SR在Diabetes上发表的文献 多个字段的组合检 索，提高查准率点击Index 可帮助选词检索限定（Limit by Topics，Languages, and Journal Groups）v检索限定可以对检索结果进行精确的限定，包括： § Full Text, Free Full Text, and Abstracts（限定检索结 果含全文链接、免费全文或摘要） § Human or Animals（研究对象） § Gender（性别） § Language（语种） § Type of Article（文献类型） § Ages（年龄） § Subsets（子集，可以按Journal Groups、Topics等划 分） v注意：检索限定一经选定，会保持激活状态而在此 后的检索中持续起作用 举例：检索“罗格列酮治疗老年人糖尿病的随机对照临床试验的英文文献 ”，可输入 diabetes mellitus rosiglitazone，再进行检索限定文献类型选“随机对 照试验（RCT）”语种选 “英语”年龄选“ 老年人”索引检索（Index of Fields and Field Values ）v索引检索主要用于正确选择检索词 v先选择检索字段，输入检索词后点击Index，可显 示该词的相关。