农产品增值税进项税额核定扣除的核定及备案流程一、农产品增值税进项税额核定扣除政策概述批发、零售农产品或者以购进农产品为原料生产销售产品、提供餐饮服务、建筑服务，并且以农产品收购发票、销售发票、增值税专用发票或者海关进口专用缴款书抵扣进项税额的增值税一般纳税人， 纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，在申报前需核定或备案试点纳税人购进农产品取得的农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，按照注明的金额及增值税额一并计入成本科目；自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本二、农产品增值税进项税额核定方法（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照以下方法核定：1、生产液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油、豆制品、蜂产品、酿造产品、屠宰及肉类加工产品、和批发、零售农产品的增值税一般纳税人并兼有以购进农产品为原料生产销售产品(如超市兼营主食厨房），采取投入产出法，参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称“扣除率”）计算。
公式为：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时，应依据合理的方法归集和分配平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用期末平均买价计算公式：期末平均买价＝（期初库存农产品数量×期初平均买价＋当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量＋当期购进农产品数量）2、除适用投入产出法之外的企业以购进农产品为原料生产货物或者提供餐饮服务、建筑服务的，采取成本法核定成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算公式为：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期主营业务成本以及核定农产品耗用率时，试点纳税人应依据合理的方法进行归集和分配农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定年度终了，主管税务机关应根据试点纳税人本年实际对当年已抵扣的农产品增值税进项税额进行纳税调整，重新核定当年的农产品耗用率，并作为下一年度的农产品耗用率3、参照法：新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率次年，试点纳税人向主管税务机关申请核定当期的农产品单耗数量或者农产品耗用率，并据此计算确定当年允许抵扣的农产品增值税进项税额，同时对上一年增值税进项税额进行调整核定的进项税额超过实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分可以结转下期继续抵扣；核定的进项税额低于实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分应按现行增值税的有关规定将进项税额做转出处理二）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×11%/（1＋11％） 损耗率＝损耗数量/购进数量（三）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），增值税进项税额按照以下方法核定扣除：当期允许抵扣农产品增值税进项税额 =当期耗用农产品数量× 农产品平均购买单价×扣除率/(1+扣除率)试点纳税人销售货物，应合并计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。
进项税额转出】纳税人应自纳入核定扣除之日起，将期初库存农产品及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额作准出处理三、农产品增值税进项税额核定扣除核定及备案流程（一）农产品增值税进项税额扣除标准核定【报送资料】1. 《农产品增值税进项税额扣除标准核定申请表》（附件 4）2. 《企业农产品进项税额基本信息表》一式两份（附件 2）【适用对象】以购进农产品为原料生产货物，或者提供餐饮服务、建筑服务的，并且以农产品收购发票、销售发票、增值税专用发票或者海关进口专用缴款书抵扣进项税额的增值税一般纳税人，应于当年 1 月 15 日前或者投产之日起 30 日内，向主管税务机关提出扣除标准核定申请并提供有关资料基本流程】1. 纳税人持《企业农产品进项税额基本信息表》一式两份至管理所核实企业相关信息，管理所核实无误后，一份留存，另一份交予纳税人2. 纳税人接受管理所核实后，持《企业农产品进项税额基本信息表》和《农产品增值税进项税额扣除标准核定申请表》向办税服务厅提出申请3. 办税服务厅审核纳税人申请资料，对纳税人提交资料不符合条件，办税服务厅告知纳税人不予受理，制作《税务事项通知书》（不予受理通知），告知纳税人不予受理的理由。
纳税人提交资料不齐全， 告知纳税人补齐补正资料，制作《税务事项通知书》（补正内容通知），通知纳税人需补齐补正资料的内容对纳税人提交资料齐全、符合法定形式，核定申请表内容填写符合规定，受理纳税人申请并录入申请信息制作并向纳税人发放《税务事项通知书》（受理通知）二）农产品增值税进项税额扣除标准备案【报送资料】1. 《农产品增值税进项税额扣除标准备案登记表》一式两份（附件 3）2. 《企业农产品进项税额基本信息表》一式两份（附件 2）【适用对象】该业务适用于购进农产品直接销售、购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的增值税一般纳税人基本流程】1. 纳税人持《企业农产品进项税额基本信息表》一式两份至管理所核实企业相关信息，管理所核实无误后，一份留存，另一份交予纳税人2. 纳税人接受管理所核实后，持《企业农产品进项税额基本信息表》和《农产品增值税进项税额扣除标准备案登记表》一式两份向办税服务厅提出申请3. 办税服务厅收到纳税人报送的《企业农产品进项税额基本信息表》和《农产品增值税进项税额扣除标准备案登记表》后，审核纳税人提交的资料是否齐全，填写是否符合规定纳税人提交资料不符合条件，办税服务厅告知纳税人不予受理，制作《税务事项通知书》（不予受理通知），告知纳税人不予受理的理由。
纳税人提交资料不齐全， 办税服务厅告知纳税人补齐补正资料，制作《税务事项通知书》（补正内容通知），通知纳税人需补齐补正资料的内容对纳税人提交资料齐全、符合法定形式，《农产品增值税进项税额扣除标准备案表》内容填写符合规定，受理纳税人申请并录入申请信息。