Windows平台下新版blast（2.2.24+）本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索从这个版本开始，本地化blast的参数有了很大改变，NCBI新近对blast程序做了一些修改推出了blast+,目前最新版本为ncbi-blast-2.2.24+-ia32-win32与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便而网上相关的一些教程大同小异，一部分操作已经不适用了，遂整理如下，仅供参考，不当之处，敬请指正blast+的本地化构建1.1程序下载链接至H：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST下载最新的BLAST+程序包，推荐版本（绿色版windows32位系统），其他版本：ncbi-blast-2.2.24+-win32.exe适用于windows32位系统，ncbi-blast-2.2.24+-win64.exe适用Windows64位系统，请注意选择1.2安装流程建议安装在非系统盘，如将下载的BLAST程序安装到E:\blast，生成bin、doc两个子目录，其中bin是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。
UninstBlIingfrom:詡I□N匚印BLAST2J.24+UninstallEiyalastyhdlsoftInsldl为咳umv2：.36CancelUhinstHINCBI+yewenrrputer.NCBiBLAST22.2*14Mlbeuninstslled-franithefolawingfolder・CickUninatdltsstarttheuninstdlaiion・1.3用户环境变量设置右键点击“我的电脑”一“属性”，然后选择“高级系统设置”标签一“环境变量”（图1）,在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”此时点击“新建”一变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”（即数据库路径，图2）1.4查看程序版本信息点击Windows的“开始”菜单，输入“cmd”（XP系统在运行中输入cmd）（图3）调出MS-DOS命令行，转到Blast安装目录，输入命令“blastn-version”即可查看版本（图4）：cmd贰卜J：Xblast>blastn-uersiontlastn:+*ackage:blast2.2.24^buildAug132&1&13：34：38看到图4显示说明本地blast已经安装成功。
2.blast+本地数据库的构建2.1数据的获取法1：直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta,名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明）法2：从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，为最近一个月的核酸序列数据下载的先用winrar解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化法3：利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可2.2数据的格式化本文以ratwy.fasta作为查询序列，以rat.fasta作为数据库文件为例进行讲解首先将rat.fasta放到E：\blast\db文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到E：\blast\db文件夹下运行以下命令：格式化rat.fasta命令：-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids,-hash_index两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype后接所格式化的序列的类型，核酸用nucl，蛋白质用prot；如图至此，本地数据库已经建立完毕！！！3．序列间的相似性检索BLAST+系列程序均要求查询序列以fasta格式存在，fasta格式已经程序事实上的序列标准被广泛采用，几乎所有的序列处理程序都要求fasta格式。
所谓FASTA格式是指DNA序列第一行开始于一个标识符："〉”，紧接着（没有空格）是对该序列的唯一描述（即ID）,然后一个空格，接着是对该序列的描述（也可以没有）从第二行开始就是一行行的序列，中间的空格，换行没有影响为了方便阅读，每一行序列最好不要超过80个字母详细的说明请看着这里本文以ratwy.fasta作为查询序列，以rat.fasta作为数据库文件为例进行讲解首先将ratwy.fasta放到E：\blast文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到E：\blast文件夹下运行以下命令：相关参数说明：blastp.exe程序执行命令，exe前的程序根据自己的需要而换；-task后面选择你所要用的程序，blastn,blatp,tblastx等；-query后接查询序列的文件名称；-db后接格式化好的数据库名称；-out后接要输出的文件名称及格式；如图：E：\blas七》bias七卩■吕>:巳—taskhlas七p—que_£as七曰—dbrat.fasta-outi'a七七■七x七E:\hlast>比对结束后可在blast文件夹下查看结果，本文存结果的文件名为ratwy_rat.txt。
4．从格式化本地数据库到序列比对如图：1=11回DB,cLii'penttime:03/25/201114：18：28rat-fas：tarat-fas：taProteintmiC:\Windows\system32\cmcdblast\dbE:XblastXdb>makeblastdb.exe—inrat=.fasta-parse_seqids-liash_index-dbtypeprotBuildinganewNeuDBname:NeuDBtitle：Sequencetype:KeepLinkouts:KeepMBit=s:TMaximumfilesize：1073741824BAddingsequencesft'omFASTA；added202sequencesin0-0784839seconds.E：Xblaet\db>cd..IE：Xblast>blastp.exe-t=askblastp-queryratwy■:-dbrat已-outratwy_rat-txt核酸的比对与蛋白质相似，用blastn.exe。
blastn的相关命令参数可用blastn-help命令查询，blastp的相关命令参数可用blastp-help查询，依次类推,如图这里面有很多参数，比上网找参数的意义省事的多，这个就得自己研究吧！E:\h1-as七1-as七卩—lielpJSAGE1j1cl$七¥[—JiJ[—310lpJ[—inpoi'-t_sc-arcJi___si;£±lcn-Linc][—exporx_searcli_sXrare_yfilenane][—xasTtraslt_naiie][—dbdarabase_nane][—dJisizenuii__letters][—gilistfilenane]L—seqicllistfilenane][—negativeQilistfilenane][—entrez_<(uerentrez_querij][—dh__sof±_vm^sJcfiltaaa*in*j_l^fO3*l±lmn][—su.hje!C±suhjeict_Irt卫ut:_file1[—43r.i1jJcc七_loo]L—Inpu七_JF1lc][—ou七打口七卫」七_Jf1lc][—evalueev-cilue][—祁o於白_斗IzeinX_vlue][—
这确实又是BLAST+新版另外一个最大的提高，非常非常方便本人的一些工作就依赖于BLAST结果的解析，有了这个参数，就不需要解析BLAST结果了，确实很好很强大具体如何使用，各位可以摸索一下，非常简单希望各位战友将自己的经验分享以将blast越用越好附：以下来自于网友个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数，总结如下：blastn-dbdatabase_name-queryinput_file-outoutput_file-evalueevalue-max_target_seqsnum_sequences-num_threadsint_value-outfmtformatformat_stringblastn-dbdatabase_name-queryinput_file-outoutput_file-evalueevalue-max_target_seqsnum_sequences-num_threadsint_value-outfmtformat"7qaccsaccevaluelengthpident"例如：0.00001-max_target_seqs5-num_threads4-outfmtformat"7qaccsaccevaluelengthpident"blastn:这个不用说了吧，核酸对核酸的比对-db:指定blast搜索用的数据库，详见上篇文章-query:用来查询的输入序列，fasta格式-out:输出结果文件-evalue:设置e值cutoff-max_target_seqs:设置最。