靖难之役与永乐年间的政治惠帝削藩，燕王起兵洪武三十一年（1398）五月，朱元璋去世，太子朱标早于洪武二十五年病殁，皇位由十六岁的皇太孙朱允炆继承，年号“建文” 朱允炆即位后，以兵部侍郎齐泰辅政，任之为尚书；以东宫伴读、翰林撰修黄子澄为太常卿，同参军国事朱允炆“仁柔少断” ，登上皇位后，更感到诸王以叔父之尊， “各拥重兵” ，虎视眈眈，对自己形成很大威胁在与尚书齐泰、太常卿黄子澄密议后，决定削藩以根除祸患此时，诸藩王中数燕王朱棣最年长、权势最大、军功最高，就连精明过人的朱元璋在临死前也虑及燕王权势过大，一再告诫：“燕王不可不虑 ”为了对付燕王，黄子澄建议先剪断燕王的手足于是，洪武三十一年八月，惠帝朱允炆先从燕王的同母弟封藩开封的周王橚开刀，将其废为庶人，革去王封，迁徙到云南翌年四月，封藩大同的代王桂以罪被废为庶人，幽禁大同；封藩青州的齐王榑因罪被废为庶人，囚于京师；封藩荆州的湘王柏闻变，在王府自焚而死六月，岷王楩亦被废为庶人，徙置漳州诸王被削藩后，燕王开始称病家居，暗中则加紧练兵，收罗异人术士，赶制军器六月，惠帝得到密报，燕王府旗校于谅等图谋不轨，暗结死士，便下诏切责燕王，并将于谅、周铎逮捕处死。
燕王即佯装疯癫，走呼市中，抢夺酒食，甚而卧在土中竟日不起然而，暗中，他却与谋士僧道衍加紧策划，令护卫指挥张玉、朱能率勇士八百潜入府中守卫此时，北平都指挥使谢贵、布政使张昺已接到朝廷之命，率兵包围了燕王府七月，燕王在端礼门埋伏了甲士，设计诱杀了谢贵、张昺， “遂夺九门” ，迅速控制了北平燕王朱棣正式起兵，上书天子，指斥齐泰、黄子澄为奸臣，打着“清君侧”的旗帜，号称“靖难”之师，开始了长达四年的夺位之战，史称“靖难之役” 大战四年，朱棣即位朱棣起兵后，“拔居庸关，破怀来，执宋忠，取密云，克遵化，降永平二旬众至数万”① ① 《明史》卷五《成祖纪》 朱允炆急忙调兵遣将，以长兴侯耿炳文为大将军，率军十三万，驻兵真定，前锋九千人抵雄县朱棣率师夜渡河，袭雄县，城破， “九千人皆死” 此时，耿炳文部将张保降燕，备告耿军虚实，燕王纵张保复归，诱使耿军移师渡河耿军刚移动，燕兵骤至，燕王与部将张玉前后夹击， “炳文军不得成列，败入城”②燕王大胜，俘副将李坚等，斩首三万耿炳文退回真定，众尚十万，坚守不出，朱棣围城二日不下，引兵往援永平惠帝闻耿炳文败，遂遣曹国公李景隆代领其军李景隆合兵五十万，进驻河间李景隆是个膏粱子弟，未尝习兵见阵，燕王深知其底里，根本就不把他放在眼里。
燕王以世子留守北平，诚其坚守勿战，以牵制李景隆大军自己则率军打败永平守军后北趋大宁，挟制宁王权，吞并了其属下八万骁勇善战的蒙古兵，因而实力大增李景隆久攻北平不克，后又遭燕王回军杀来，大败逃归德州建文二年（1400）夏，双方再战于白沟河（在今保定与涿县之间） ，李景隆合兵六十万，双方激战两日，最后又以官军大败告终李景隆逃回德州，燕军追至，李景隆再逃至济南，燕军又围济南都督盛庸和参政铁铉坚守济南城，燕王攻城三月不克，退师北归惠帝遂命盛庸代李景隆为大将军，统帅诸军北伐铁铉进为兵部尚书，参赞军务建文二年十二月，盛庸、铁铉屯兵东昌（路府名，治所在聊城） ， “背城而阵”①燕王率军攻破沧州后，在东昌与盛庸大军相遇燕王率军直冲盛军左翼，冲不动，转而攻击其中坚，盛军故意放开防线，将燕军放入阵中， “围之数重”②，燕军为火器所伤甚众，大将张玉也死于阵中幸亏燕将朱能及时率骑救援，燕王才得以突围，返回北平这一仗，王师大胜，史称：“自燕兵犯顺，南北日寻干戈，而王师克捷，未有如东昌者自是燕兵南下由徐、沛，不敢复道山东 ”③建文三年（1401）中，燕军与盛庸军多次激战，各有胜负燕军所据，不过北平、保定、永平三府，双方处于僵持状态。
建文四年，燕王得到南京空虚的情报，决心南下， “临江一决” 燕王麾师南下，绕过铁铉驻守的济南，攻破东阿、汶上、邹县、徐州，渡过淮河，攻克盱眙、扬州，驻军江北盛庸率军沿江御战，几次皆失利溃败燕军最终渡江攻进南京城守卫金川门的李景隆和谷王朱穗开门迎降，宫中火起，皇后死于火中，惠帝朱允炆下落不明建文四年（1402）六月，朱棣在南京奉天殿即位，改翌年为永乐元年朱棣上台伊始，便大开杀戒，对不肯投顺的建文遗臣进行了残酷的屠杀朱棣首先公布了以齐泰、黄子澄为首的五十余名的“奸臣”榜，将他们逮尽杀绝并加族诛名士方孝孺因为惠帝穿孝痛哭、拒绝为朱棣起草即位诏书，被朱棣处以割舌和寸割的磔刑，并被诛灭九族及其门生，号为十族，共八百七十三人兵部尚书铁铉、礼部尚书陈迪、大理寺少卿胡闰、刑部尚书暴昭、右副都御史练子宁、左佥都御史景清等均因不肯屈从，而被处以残酷至极的剥皮、凌迟处死的极刑② 《明史》卷一三○《耿炳文传》 ① 《明史》卷一四四《盛庸传》 ② 《明史》卷一四四《盛庸传》 ③ 《明史》卷一四二《铁铉传》 同时被株连而死的不计其数，后人称之为“瓜蔓抄” ，即连疏族远亲也不放过，都在诛除之列这个“雄武之略，同符高祖”①的明成祖，诛除异己的手段之酷烈，较之乃父朱元璋杀功臣有过之而无不及，只是朱棣奉行的是“顺我者昌，逆我者亡”的原则，他在诛除异己的同时，大大封赏“靖难之役”中的有功之臣。
疆域迈汉唐，国名播西洋朱棣“少长习兵” ， “智勇有大略” ， “至其季年，威德遐被，四方宾服，受朝命而入贡者殆三十国幅员之广，远迈汉唐成功骏烈，卓乎盛矣”②确实，在朱棣统治的二十二年中，这两方面的成就是不可抹煞的：一是明朝的疆域得到了极大的开拓和巩固；二是他多次派遣郑和出使西洋，使得中外经济文化交流出现前所未有的盛况明皇朝建立后，北部的蒙古地区和东北境始终是多事之地洪武年间，明太祖为歼灭北元势力，屡次征讨漠北，直至洪武二十一年，蓝玉追击到捕鱼儿海，才消灭了北元的残余势力永乐初年，蒙古分为三大部：兀良哈部、鞑靼部、瓦剌部三部之间不断发生战争永乐七年（1409）二月，朱棣遣郭骥出使鞑靼，要求“相与和好” ，不料鞑靼杀死了使节同年七月，朱棣命淇国公丘福为大将军，率师十万征讨鞑靼，明军在胪朐河遭鞑靼骑兵包围，全军覆没永乐八年，朱棣亲率五十万大军深入漠北，远征鞑靼，在斡难河大破鞑靼军，鞑靼可汗本雅失里仅以七骑逃脱本雅失里于永乐十年为瓦剌部所杀，明朝廷遂封鞑靼阿鲁台为和宁王永乐十九年（1421） ，鞑靼部又起兵骚扰兴和等地，朱棣又多次率军亲征，沉重打击了鞑靼部，巩固了边防永乐十年（1412） ，瓦剌势力逐渐强大，在杀死鞑靼可汗本雅失里后，向明皇朝多所要挟，并不断骚扰边庭，阻遏明朝的西北通道。
永乐十二年，朱棣亲率三十万大军，出塞征讨瓦剌，在忽兰忽失温大败瓦剌军，瓦剌顺宁王马哈木逃遁翌年，马哈木遣使向明朝谢罪，恢复了对明的朝贡在东北，永乐二年（1404） ，朱棣设置了奴儿干卫，七年，又建立了奴儿干都指挥使司，这是明朝廷管辖黑龙江、乌苏里江流域的最高一级的地方行政机构同时还开通了东西两条驿道，保证文书传递、贡赋粮饷的运送在西北，永乐年间建立了众多的羁縻卫所，如建于西北要冲的哈密卫，朱棣先后封其首领为忠顺王、忠义王，并颁给金印、建筑王城，待遇一如朱姓亲王这些优抚政策无疑是有效的，哈密卫的政务一直由明朝廷直接控制① 《明史》卷七《成祖纪》 ② 《明史》卷七《成祖纪》 永乐年间，明皇朝与乌斯藏交往密切，相处很好永乐四年（1406） ，噶举派黑帽寺主哈立麻应邀到南京朝贡，朱棣亲自接见，设宴款待，封其为“如来大宝法王西天大善自在佛” ， “领天下释教” ，赐印诰及金、银物等永乐十一年，萨迦寺喇嘛昆泽思巴亦应邀到南京朝贡，明成祖封其为“正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛，领天下释教” ，赏赐无算十二年，格鲁派（黄教）创始人宗喀巴的弟子释迦也失入朝，明成祖封授其为“辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之印诰” 。
永乐年间还开通了雅川（今四川雅安）至乌斯藏的驿路，沿途设立了驿站终明之世，乌斯藏“奉贡不绝” ①在西南，朱棣平息了田琛与田宗鼎之间为争夺职位而引发的战乱，增设了贵州布政使司，加强了对西南地区的统治和开发《明史》称：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强”②，故遣郑和等通使西洋其实不论其初衷如何，朱棣的这一举动，客观上促成了郑和下西洋这一世界航海史上的壮举，促进了明朝与西南各国经济文化的交流，加强了各国之间的友好往来郑和七下西洋，六次在永乐年间他先后到达三十余国，航程最远达非洲东海岸、红海海口由于对外关系拓展的需要，朱棣还在翰林院下开设了“四夷馆” ，以学习少数民族文字和外语然而，朱棣的好大喜功、耀武扬威的性格，也不免在处理外交事务上造成失误永乐四年，朱棣派兵入安南，平定黎氏之乱后，下诏改安南为交阯，设立交阯布政司，使之成为明皇朝的一个辖区这一做法，显然是违背了安南人民的愿望，安南人民不断起来反抗为了平定安南人民的反抗，明皇朝屡屡遣军南征，战争持续了二十多年，消耗了大量的人力物力，直至宣德五年（1430） ，才不得不宣布撤销交阯郡，恢复安南迁都北京永乐十八年（1420）十一月，明成祖诏告天下，正式迁都北京。
朱棣因封藩北平，又从北平起兵夺得帝位，永乐元年正月即诏改北平为北京，接着又改为顺天府，并在北京设立行部此后，又多次迁徙直隶苏州等十郡和浙江等九省商民、山西居民来北京，以促进北京经济的发展永乐四年，下诏扩建九门、六部、诸司公廨七年，朱棣便借北巡之名，居住北京，在北京设行在六部，而以太子监国南京 “命皇太子所决庶务，六科月一类奏”①永乐十四年， “作北京西宫” 永乐十八年，北京宫殿正式落成，明成祖即下令以北京为京师，将国都迁往北京① 《明史》卷三三一《西域传》 ② 《明史》卷三○四《郑和传》 ① 《明史》卷七《成祖纪》 明成祖迁都北京，并不仅仅因为北京是其“龙兴之地” ，更重要的是出于政治上的考虑，认为北京“山川形胜，足以控四夷，制天下” 早在洪武年间，朱元璋即有将国都北迁之意而元朝建都北京近百年，使漠北与中原地区加强了政治和经济上的联系作为一个大一统的多民族国家，朱棣的迁都与元朝从上都迁往大都同样都有出于长远的政治上的考虑永乐十九年（1421） ，鞑靼阿鲁台复叛，不断骚扰兴和等地，明成祖于永乐二十年、二十一年、二十二年三次率军亲征，在最后一次亲征途中，病死榆木川，终年六十有五。