远古时代 (公元前2200年)原始的部落在这时期，中国版图上已形成不同的部落，起初始祖居民穴居 野外，为生存必须与自然界斗争在寻觅食物过程中，他们发现某些食物能缓和身体不适，但某些食物有毒性，能引致死亡火的应用对 当时穴居部落起了重要的改变，熟食不但缩短消化食物的过程，而且火能御寒、照明、驱散山洞中的潮湿，改善居住的条件，自然也减少了疾病当时人们利用热石取暖时，发现以石头烘烤火的应用巫医不同的体表部位可以舒缓某些不适，另外亦发现利用骨针捶击特殊位置可舒缓某部位的痛楚这些经验奠定了草药、针灸治疗的基础当时虽没有医生这种专职，但一些专长这方面技能的部族成员被尊称为"巫"，因为他们治疗时往往结合巫术黄帝与炎帝相传这个时代有两位传奇人物，黄帝与炎帝(又名神农)历史学家虽不能确定他们是否真正存在，但可以确定他们的年代大概是公元前2500-2700年两人都被认为是中医药始祖之一，对中医药贡献良多神农像这两位人物被认为是两本中医巨着的作者；《黄帝内经》及《神农本草经》，此着作现今仍为人们广泛应用据历史学家估计此乃托古之作，在古时人们喜欢将受尊重的老师或重要人物指定为某着作的来源，其实他们并非真正的作者。
商代 (公元前1700-1100年)有关商族商人民居住在中国境内的黄河盆地，被认为是中国最早的祖先之一他们行医的方式非常原始，往往将迷信、传说及治疗经验结合应用据当时出土的水牛及甲骨文乌龟甲骨文记载，已有数种疾病的描述和治疗方法，人们更以酒及热水作药物，利用针及青铜刀作手术用具相传以汤液治病始自此期商人认为自己的存在与天地万物关系密切，大家所处的位置 是，天堂在头上，地球在脚下， 而人在两 者之间 他们的盖天说法信念是 "地球是扁平的，并由三块同心方块组合而成"， 并以这个盖天说法来解释一切自然定律，而人与宇宙之间也因此而建立了很多联系举例说，人类身体的皮肤被认定与地球的扁平特质相关；而五脏与五行的木、火、水、土和金相关；眼睛及耳朵与天上的太阳及月亮相关等奠定了中医药理论体系基础周朝 (约公元前1100-221年)共分为四个时期：*西周公元前1100 - 771年*东周公元前770 - 256年*春秋时代公元前770 - 476年*战国时代公元前475 - 221年儒学及道家思想周人于公元前1100年灭商而建立西周王朝，虽然沿用商代遗留的礼仪及制度，但人们开始反抗旧有的礼节及思想在这段时 期，人们开始道德崩溃，封建诸侯之间时有战争，政治及社会极不安定。
两位历史人物应时冒起，其一是始创儒学的孔夫子(公元前557 - 479年)，他是社会改革者和导师，希望将动荡的时局回覆平静与其同时代的还有老子(生于公元前590年)，是道家思想始创人道家思想偏向于哲学方面，而儒学则讲求实际这些思想至今仍影响中华文化，对中医的实践非常重要宫廷医师周朝医药当比商代为进步，但皆集中在王宫，并已有制度根据《周礼》的记载，东周时期已存在有系统的孔子和老子医疗组织，宫廷医师需接受不同的专科训练，例如疾医负责疾病治疗工作，属现代医学的内科，疡医负责治疗疮伤、皮肤病、骨折或其他创伤，食医负责王宫内饮食调配，相当于今日的营养师另外还有负责动物治疗的医师，是中国首个法定的兽医其时医术已开始分门别类扁鹊扁鹊的行医手法是以四种中医检查步骤为基础，即观察病人舌、耳、鼻、眼、面、口及喉；听诊病人语气、咳嗽或其他身体异动；详细询问病人的发病过程；最后会替病人搭脉他更相信疾病是由于体内阴阳失衡所造成以此，扁鹊被喻为是妇科、儿科、眼科、精神科及耳鼻喉科的治疾圣手《黄帝内经》在战国时代，中国处于七国诸侯分割的情况约于此时，阴阳学说和五行学说开始应用于疾病成因方面，更被发扬到作为学校教材并记载在文献中。
阴阳学说一直未能确定是源自那里及什么时期《皇帝内经》《内经》虽称是皇帝所写，其实是由数位作者经过长时间汇集而成的作品，它反映了秦汉以前的医学成就是由《素问》及《灵枢》两书合成，《素问》于春秋战国未期完成，而《灵枢》成书于公元2年，又在汉代(公元前206年至 公元25年)修改《内经》是中国医学理论的基础，内容非常广泛，除了医学，亦阐述道德、哲学及宗教其主题渗透、贯穿道家思想、阴阳学说及五行学说各方面道家思想、阴阳学说及五行学说是《内经》的主题思想在1973-1974年，长沙马王堆墓穴出土了一批医学文献，属于公元前168年以前的文物，其中有一本叫《五十二病方》，详细记录了52种疾病及52种方剂，是中国最早的中药学参考文献虽然如此，《内经》仍是最广泛参考的文献之一，现今许多学者仍以《内经》的丰富内容为启迪秦朝(公元前221~207年)秦始王关于秦朝秦叔(秦始王)是首位统一中国的皇帝，他不但利用武力征服六国达到统一目标，还统合各地的制度如货币、文字、度量衡单位等，以提高统治及管理效率秦始王以严苛手段治国，引起贵族和学者们不满，并于公元前213年，发生了"焚书坑儒"的历史事件，秦始王把460位学者坑死又烧毁很多重要的历史文献，以警戒对抗他的人。
幸运地一些有关占卜、医学及农业书籍得以保全最后秦朝因农民起义而灭亡，成立汉朝焚书坑儒与此同时，中医药体系，随同大量医疗实践的开展，内容开始充实及提高汉朝 (公元前206~公元220年)* 西汉 公元前206 ~ 公元24年* 东汉 公元25 ~ 220年关于汉朝刘邦于公元前206年成功推翻秦朝建立汉朝当时边境外的游牧民族不断侵犯，于是西汉将这些部族征服，使中国的版图因而扩大，地域包括现今的蒙古、东北九省、朝鲜、中国南部、越南以及亚洲中部同时因为营商方便，中国西北方出现了"丝绸之路"，形成一条兴旺的东西方文化交流及经商的通道公元9至23年，王莽，篡改西汉，成立新朝，新朝很快灭亡，之后进入东汉时期西汉疆域图汉朝是一个在艺术、哲学及科技都有创新的时代例如在公元2年张衡发明候风地动仪，是一种测量地震的仪器而各方面的医学理论、体系亦初步形成了哲学及宗教的角色孔子与门徒哲学、社会价值观及宗教对中医药的发展影响深远不同派系的哲学及宗教思潮包括佛教，由此时崛起，并开始广泛流传此外因为纸张的发明，许多不同的书籍开始出现例如司马迁(公元前145 ~ 82年)的名着《史记》有更多医书出现了而且质量不断提升当时儒家理性思想相当普及；很多学者或学校开始习究和记录医药文献，以实践自己的理念。
中医药的实践开始注入哲学思想，例如道家的养生思想、儒家的行医规范等等道教及长生不老由于封建统治者都梦想长生，享受人间的荣华富贵，搜求药材及炼丹的风气因而盛行起来而当时的其他玄学如佛教也渗入了道教教义例如汉桓帝(公元147~168年)邀请一批与道教支派有关系的印度佛教高僧入宫，希望为他提供长生不老仙丹此为中医药方剂学的起源医学教育的发展师徒相授制度是东汉常见的培训医师方法通常以家传形式进行，以确保稳定及可靠的收益要成为名医则仍重经验，文献《曲礼》说：「医师的医术若非前三世所传下来的，最好不要服用他所处方的药」选拔学徒的过程非常严谨，就算《黄帝内经》内亦强调选拔的重要，因为徒弟的成功会为师傅带来荣誉那时的人亦利用着名医籍来自我学习医术以考试形式来选拔合资格医师最早出现在汉朝汉元帝在公元前43年要求所有侍候他的医务官员必须通过考核但这个考试不一定建基于医学知识，而是以他们的行为是否达到"廉、信、礼、义"的规范为目标这与当时奉行儒家思想，有为而治的实施有关除了在朝廷有侍候皇室百官的医师之外，在军队及诸侯管辖地方也有医官当时疫病非常流行，朝廷会遣派官员巡视，赐医药救灾《神农本草经》最早期药学文献《神农本草经》是汉代的重要着作，中国处于农业社会，是以产生治病的本草记录，并以植物 为主。
此书是后人托名"神农"之作，成书时间不详，估计约在公元前1或2世纪，是中国最早期的完整中药学文献此书记录了365种中药，内容包括252种植物类，67种动物类和46种矿物类其次根据药物的效能和使用目的，分为上、中、下三品上品药120种多属滋补养生类，没有毒性或毒性小，可长期服用，例如人参中品药120种多属补养兼有预防作用，某些含毒性，例如当归及麻黄有时会产生毒性反应，须由医师处方用药下品药125种，一般具有毒性，是专用于治疗的药物例如植物类巴豆，用于通便、消水肿及去痰人参当归草麻黄巴豆上中下汉代名医汉代冒出很多名医，仓公淳于意(公元前215 ~ 167年)是首位保存病人记录的医师；汉和帝时的太医丞郭玉及汉哀帝时的伍宏都是公元一世纪时期的名医，针灸医术高明《伤寒杂病论》张仲景 又名张机 (公元150 ~ 219年)，汉末时期人，博览群书，潜修道术，一时称为良医(后世称为"医圣")写成医学名着《伤寒杂病论》，确立了辨証论治的原则，即奠定了中医治疗的基础他首创以太阳、少阳、阳明、太阴、少阴及厥阴等六经辨証论治的原则及方法是中国最早的理论结合临床诊疗专书之后在宋朝(公元960 ~ 1279年)，此书再次被编写，并分为《伤寒论》及《金匮要略》两册。
华陀华佗(公元141~208)与张仲景同期，他四出游历为百姓治病，并学习当地医师们的医术华佗精于外科手术，善用麻醉药物华佗将「麻沸散」溶入发酵饮品中，在手术前给病人服用，这是一种麻醉剂，后来相信是大麻之类的草药，当时没有记录除此之外，华佗更提倡体育疗法(中医称为导引病)，创作"五禽之戏"，模仿虎、鹿、熊、猿及鸟的动作姿态，从而达到保健强身的目标华佗有弟子吴普、樊阿二人，都是三国时期的名医吴普依据华佗导引之术活到90岁，并且耳聪目明，牙齿完整樊阿精于针刺术，将针刺方法引伸至背部及胸部应用华佗的着作早已失去，之后由于宗教信仰及制度问题，外科手术不能进一步发展华佗"五禽之戏"的五种姿态董奉在汉末献帝时，是一位名医，医术精湛公元184年，黄巾起义并成功将汉室灭亡各地势力强大的军人掌权，最后大约于公元三世纪形成了三国鼎立的局面三国的政治家曹操，常召华佗医治他的偏头痛，及后因故曹操将华佗处死三国时期 (公元220～280年)*魏国公元220～265年*蜀汉国公元221～263年*吴国公元222～280年两晋时期 (公元265～420年)*西晋公元265～316年*东晋公元317～420年南朝时期 (公元420～589年)*宋公元420～479年*齐公元479～502年*梁公元502～557年*陈公元557～589年北朝时期 (公元386～581年)*北魏公元386～534年*东魏公元534～550年*西魏公元535～556年*北齐公元550～557年*北周公元557～581年关于三国、魏晋及南北朝法国汉学家Jacques Gernet称公元200至581年间为中国的中世纪，认为当时的中国如西方中世纪般，在文化及科学等方面都有重要发展。
东汉灭亡，军队强权在各地割据一方在这段期间，南方比北方相对稳定及文明同时佛教在全国迅速传播，北魏时期更大力提倡佛教以稳定政局佛教的流传使到印度文化传入中国结果有关数学、天文及医学知识发展兴盛医药学得到全面的发展，在汉代的基础上，广。