一些计算化学相关的免费的数据库、分子结构库及工具这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的的库和工具，这类网站是很有意义的 下列网址于2009 年 7 月 8 日验证皆可用， 若无法访问可尝试代理前面有的代表比较重要很多工具需要java 运行环境如果有其它好的免费的化学相关的的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充1 信息数据库部分 SDBS 光谱数据库： http:/riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱： EI-MS 、FT-IR、H-NMR 、C13-NMR 、ESR、Raman含 3 万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3 是 6 碳至 16 碳的化合物数据大部分是其自行测定的，并不断添加可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS 注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索生物核磁共振数据库：http:/bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL 程序基组数据库：http:/www.tcm.phy.cam.ac.uk/mdt26/crystal.html 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB) ：http:/cccbdb.nist.gov 简介： 此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。
可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加 量化频率计算校正因子：http:/cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介：实际上就是CCCBDB 的一个子页面，比较重要故单独列出IUPAC 金属络合物稳定常数数据库：http:/www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版 NIST 化学数据库：http:/webbook.nist.gov/chemistry 简介：是美国国家标准与技术研究院NIST 的基于 Web 的物性数据库输入分子查找条件，可获得分子量、CAS 登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D 结构RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http:/q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介：分子的RESP 电荷的数据库Uppsala Electron Density Server ：http:/eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图点击EDS Summary 下面的 Go 按钮可以自动启动基于java 的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。
上海有机所化学专业数据库：http:/202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等还包括中英互译、药品名称检索等功能 EMSL 基组数据库：https:/bse.pnl.gov/bse/portal Clarkson 大学相对论有效势数据库：http:/people.clarkson.edu/pac/reps.html 含重原子全电子STO 基组数据库：http:/ 原子间势参数数据库：http:/www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart 赝势参数数据库：http:/www.theochem.uni-stuttgar . ls/clickpse.en.html ChemBioFinder ：http:/chembiofinder.cambridgeso . r/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、 名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、 Smiles、InCHI 字符串、分子量等简单信息。
Sigma-Aldrich 公司产品数据库：http:/ . /United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR 谱图右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR 字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面基本物理常数数据库：http:/physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree-eV 百奥知识数据库：http:/ 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍 2 结构数据库部分GLYCAM 寡糖数据库：http:/glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp ICSD 无机晶体数据库：http:/icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介：免费提供部分晶体结构信息及cif 文件 NDB 核酸数据库：http:/ndbserver.rutgers.edu 简介：根据NDB ID ，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB 蛋白质数据库。
PDBbind-CN ：http:/ 简介： 收集了 pdb 数据库中的生物分子复合物给出受体、 配体名称、 亲和性、 序列等信息，可观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物PDB Wiki ：http:/pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介：基于PDB 数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释sc-PDB：http:/bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB 简介：收集了PDB 数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索 RCSB PDB 数据库： http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do HPDB 蛋白质数据库：http:/ 简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB 蛋白质数据库的文件有中文 PDB 文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章 ZINC 化合物虚拟筛选数据库：http:/zinc.docking.org/index.shtml 简介： 根据自定义的化合物的性质，在 800 万种以上可买到的产品中进行筛选。
可以下载到结构文件 PubChem：http:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介： NCBI 下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP 、氢键信息方式查询可以得到分子的简介、化学结构、XLogP （自动计算） 、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、 SMILE 和 InChI/key 字符串、相似化合物、2D 的 SDF 文件一些结构还有3D SDF 结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF 按钮保存，可被一些软件直接读取，如 ChemBio3D 是一个很有用的获得小分子三维结构的方法SuperNature 天然产物数据库：http:/bioinformatics.charite.de/supernatural 简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息蛋白质 pKa 数据库 (PPD)：http:/www.jenner.ac.uk/PPD 蛋白质分类数据库(CATH) ：http:/www.cathdb.info 简介：其中结构来自PDB 数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。
蛋白质结构分类数据库(SCOP)： http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比 CATH 的分类更为合理结构分类基于四个层次：class、 fold、superfamily 、family 结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)： http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- . i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对pdb 数据库中的结构使用Dali 算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质 3 工具部分 Dali server ：http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server 简介：输入PDB ID 或者上传 PDB ，服务器会对此结构与PDB 数据库中的结构用dali 算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB 列出通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及观看它们重叠后的3D 结构Dali Database(http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次， 如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database 里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server 里面重新计算。
生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗） ：http:/turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html 生成石墨结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html 生成碳纳米管结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html ADIT 蛋白质检查工具：http:/deposit.rcsb.org/adit 简介：可以自行上传pdb 文件，通过Validate 操作，自动通过PROCHECK 程序绘制出各种图表用以检查蛋白质包括ramachandran 图， chi1-chi2 图，主链 /侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等） 、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键长键角扭曲情况webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http:/pipsa.eml.org/pipsa 简介：上传pdb/pqr 或输入 pdb ID ，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。
可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性可以下载到运行期间的中间文件，包括转化后的pqr 和计算得到的grid 格点文件，可被vmd 等软件读取CASTp ：http:/sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php 简介： 找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体结合位点SFoldRate 预测蛋白质折叠速率：http:/gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html ALOGPS ：http:/www.vcclab.org/lab/alogps 简介：上传分子结构，计算LogP、水溶性、 PKa、SMILE 字符串等信息支持分子结构格式十分多CORINA ：http:/www.molecular- 简介：通过SMILE 字符串得到分子的结构文件一些有用的晶体学工具：http:/www.cryst.ehu.es。