手术部位感染最常见病原菌是葡萄球菌（金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌），其次是 肠道杆菌科细菌（大肠埃希菌、肠杆菌属、克雷伯菌属等）在发达国家，肠球菌占据了第 三位，在国内则肠球菌相对少见，铜绿假单胞菌相对多见国内前三位是金黄色葡萄球菌、 大肠埃希菌和铜绿假单胞菌故一般使用能同时杀灭G-肠道杆菌和G+葡萄球菌的抗菌药 物，不使用窄谱，一律使用杀菌剂而不用抑菌剂预防应用抗菌药物的方法1. 给药时机极为关键接受清洁手术者，在术前0.5-2小时内给药，或麻醉开始时给药， 使手术切口暴露时局部组织中已达到足以杀灭手术过程中入侵切口细菌的药物浓度2. 一般应静脉给药，且于30分钟内滴完，不宜放在大瓶液体内慢慢滴入，否则达不到有 效浓度但万古霉素、克林霉素按说明书执行较小的手术如果选择肌内注射，应于手 术前30分钟给药，若选择口服应提前1小时给药3. 血清和组织内抗菌药物有效浓度必须能够覆盖手术全过程，常用的头孢菌素血清半衰期 为1-2小时，因此如果手术时间超过3小时，或失血量大于1500ml，可术中给予第2剂， 必要时还可用第3次需长时间的手术可选用半衰期达7-8小时的头孢曲松，则无需追 加剂量。
4. 一般应短程使用，择期手术后不必再用抗菌药物的有效覆盖时间应包括整个手术过程 和手术结束后4小时，总预防时间不超过24小时，个别情况可延长至48小时手术时 间较短（＜2小时）的清洁手术，术前用药一次即可清洁-污染手术预防用药时间亦为 24小时，必要时延长至48小时污染手术可依据患者情况酌量延长若患者有明显感 染高危因素及应用假体及植入物时，可再用1次或数次，但继续用数天甚至直到拆线是 没有必要的，并不能进一步降低SSI发生率无菌切口手术野为人体无菌部位，局部无炎症、无损伤，也不涉及呼吸道、消化道、泌尿生殖道 等人体与外界相通的器官手术野无污染，通常不需预防用抗菌药物仅在下列情况时可考 虑预防用药：1、手术范围大、时间长、污染机会增加；2、手术涉及重要脏器，一旦发生感 染将造成严重后果者，如头颅手术、心脏手术、眼内手术等；3、异物植入手术，如人工心 瓣膜植入、永久性心脏起搏器放置、人工关节置换等；4、高龄或免疫缺陷者等高危人群沾染手术如上、下呼吸道，上、下消化道，泌尿生殖道手术，或经以上器官的手术及开放性创伤， 如经口咽部大手术、经阴道子宫切除术、经直肠前列腺手术，以及开放性骨折或创伤手术。
由于手术部位存在大量人体寄殖菌群，故此类手术需预防用抗菌药物感染手术由于胃肠道、尿道、胆道体液大量溢出或开放性创伤未经扩创等已造成手术野严重污染 的手术，需预防用抗菌药物术前已存在细菌性感染性感染的手术，如腹腔脏器穿孔、腹膜 炎、脓肿切除术、气性坏疽截肢术等，属抗菌药物治疗性应用，不属预防应用范畴常见手术预防用抗菌药物表手术预防用药选择颅脑手术第一、二代头抱菌素，头抱曲松颈部外科（含甲状腺）手术第一代头抱菌素经口咽部粘膜切口的大手术第一代头抱菌素+甲硝唑乳腺手术第一代头抱菌素心脏大血管手术第一、二代头抱菌素周围血管外科手术第一、二代头抱菌素经口咽部粘膜切口的大手术第一代头抱菌素+甲硝唑胸外科手术（食管、肺）第一、二代头抱菌素，头抱曲松胃十二指肠手术第一、二代头抱菌素结、直肠手术第二代头抱菌素或头抱曲松、头抱噻肟+甲硝唑肝胆系统手术第二代头抱菌素，头抱曲松、头抱哌酮腹外疝外科第一代头抱菌素阑尾手术第二代头抱或头抱噻肟+甲硝唑一般骨科手术第一代头抱菌素应用人工植入物的骨科手术（骨折内固定术、脊柱融合术、关节置换术）第一、二代头抱菌素头抱曲松泌尿外科手术第一、二代头抱菌素，环丙沙星妇科手术第一、二代头抱菌素或头抱曲松或头抱噻肟，涉及阴道时可加用甲硝唑剖宫产第一代头抱菌素（结扎脐带后给药）。