精析VASP学习教程**理工大学 量子化学课题组20122014/56/25 18 -****目 录第一章 LINU*命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章 SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSH transfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章 VASP的四个输入文件33.1 INCAR33.2 KPOINTS43.3 POSCAR43.4 POTCAR5第四章实例54.1 模型的构建54.2 VASP计算84.2.1 参数测试84.2.2 晶胞优化(Cu)134.2.3 Cu(100)外表的能量24.2.4 吸附分子CO、H、CHO的构造优化24.2.5 CO吸附于Cu100外表H位44.2.6 H吸附于Cu100外表H位54.2.7 CHO吸附于Cu100外表B位64.2.8 CO和H共吸附于Cu100外表74.2.9 过渡态计算8第一章 LINU*命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章 SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSH transfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章 VASP的四个输入文件33.1 INCAR33.2 KPOINTS43.3 POSCAR43.4 POTCAR5第四章实例54.1 模型的构建54.2 VASP计算84.2.1 参数测试〔VASP〕参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。
是都要验证吗？还是只要验证其中一些？84.2.2 晶胞优化(Cu)134.2.3 Cu(100)外表的能量24.2.4 吸附分子CO、H、CHO的构造优化24.2.5 CO吸附于Cu100外表H位44.2.6 H吸附于Cu100外表H位54.2.7 CHO吸附于Cu100外表B位64.2.8 CO和H共吸附于Cu100外表74.2.9 过渡态计算8第一章 Linu*命令1.1 常用命令浏览目录cd: 进入*个目录如：cd/home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 跟根目录；ls: 显示目录下的文件注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全 浏览文件cat：显示文件内容如：cat INCAR 如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看)合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录如：mkdir T-CH3-Rh111 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径如： rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件)rm -rf abc (强制删除文件abc)tar：解压缩文件。
压缩文件？？rar 系统信息df：分区占用大小如：df -h du：各级目录的大小top：运行的任务ps a*：查看详细任务kill：杀死任务如：kill 12058 〔杀死PID为12058的任务〕注：PID为top命令的第一列数字第二章 SSH软件使用2.1 软件界面SSH界面SSH transfer2.2 SSH transfer的应用文件传输从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到效劳器中一般就是VASP计算的四个文件INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR简单应用在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件从SSH要cd到*个文件夹下时，可先从SSH transfer进入，直接复制路径栏，可快速进入第三章 VASP的四个输入文件3.1 INCARSYSTEM = nameENCUT = 400PREC = MediumEDIFF = 5E-4EDIFFG = -0.1GGA = 91VOSKWN = 1 !磁性计算ISYM = 0 !对称 0 无 1 有LREAL = .FALSE. ! 倒空间ISPIN = 2 ! 2 磁性计算 1 不进展ISTART = 0 ! 0初次计算， 1再次计算ICHARG = 2 ! 2构造原子密度ISMEAR = 2 ! -5 半导体；DOS 静态计算 0；原胞较大，k点小于4，单个原子，小分子；1 2金属体系。
SIGMA = 0.1IBRION = 2 ! 1 DIIS, 2 CG, 5 频率，3 过渡态ISIF = 2 ! 2 构造优化， 3 晶胞优化NSW = 200 ! 离子运动步数POTIM = 0.05 ! 步长NELMIN = 4 ! 最小迭代次数NELM = 200 ! 最多迭代次数LWAVE = .FALSE. ! 不输出波函数LCHARG = .FALSE. ! 不输出密度函数3.2 KPOINTS对于外表surface0M5 5 10 0 0对于分子和原子atom or molcular1Rec0 0 0 13.3 POSCARCH4在Co100外表Top位的吸附 !(名称)1.0 5.0120000839 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5.0120000839 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 15.3159999847 Co H C 16 4 1SDirect 0.000000000 0.000000000 0.108070001 T T T 0.000000000 0.000000000 0.333149999 T T T 0.250000000 0.250000000 0.000000000 F F F 0.250010014 0.250000000 0.225119993 T T T 0.500000000 0.000000000 0.108060002 T T T 0.500000000 0.000000000 0.333149999 T T T 0.750000000 0.250000000 0.000000000 F F F 0.749989986 0.250000000 0.225119993 T T T 0.000000000 0.500000000 0.108070001 T T T 0.000000000 0.500000000 0.333139986 T T T 0.250000000 0.750000000 0.000000000 F F F 0.250010014 0.750000000 0.225130007 T T T 0.500000000 0.500000000 0.108070001 T T T 0.500000000 0.500000000 0.333149999 T T T 0.750000000 0.750000000 0.000000000 F F F 0.749989986 0.750000000 0.225119993 T T T 0.500079989 0.501429975 0.451510012 T T T 0.292820007 0.502219975 0.546630025 T T T 0.601890028 0.680920005 0.546850026 T T T 0.602090001 0.323870003 0.547209978 T T T 0.499240011 0.502129972 0.523060024 T T T3.4 POTCAR从赝势库中找到所需元素的赝势文件，命名规则为：POTCAR-C(元素)。
把这几个文件放到一个文件夹下，按照前面POSCAR中的元素顺序合并在一起命令为：cat POTCAR-Co POTCAR-H POTCAR-C > POTCAR第四章 实例CO+H－CHO Cu(100)4.1 模型的构建过程：首先通过MS构建好所需模型，导出为*.cif格式；导入到Vesta程序中，输出为*.vasp根据前面所讲的POSCAR格式修改，得到所需文件图解：1. 创立MS文件：2. 导入Cu晶胞3. 导出为Cif格式翻开File---e*port，保存类型为*.cif，保存在指定位置4. 通过Vesta导出为*.vasp直接把Cu.cif拖到vesta程序中，翻开File---E*port Data...，保存类型为*.vasp，保存在指定位置5. 用写字板翻开Cu.vasp根据所需要求修改Cu.vasp，这里不需要修改在吸附外表时则需要固定，见3.3CIF file1.0 3.6147000790 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 3.6147000790 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 3.6147000790 Cu 4Direct 0.000000000 0.000000000 0。