第十章 微生物分类及鉴定一. 分类学基础分类学(taxonomy)：生物分类的科学微生物分类学(microbial taxonomy):研究微生物分类理论和技术方法的学科1. M分类学三个组成部分(既独立又相互关联的三个部分):分类(classification) 鉴定(identification或determination)命名(nomenclature)分类(classification)：根据相似性或相关性(进化亲缘关系)将生物归属为类群或分类单元.鉴定(identification或determination)：决定某一特定分离物归属于某一已确定分类单元的过程命名(nomenclature)：给予分类类群单元与公布规则相符的名称.2. 分类单元及其等级分类单元(taxon,复数taxa)：是指具体的分类群，如： 原核生物界(Procaryotae)、杆菌科(Enterobacteriaceae)、 枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元 国际公认的7个生物分类单元:界(亚界 ), 门 (亚门 ), 纲(亚纲 ), 目(亚目 ), 科(亚科 ), 属(亚属 ), 种(亚种 ). 除此之外, 在M的分类中, 还常使用一些非正式的类群术语, 亚种以下常用培养物、菌株、居群和型；种以上常使用群、组、系等类群名称 ；近年伍斯 还在界之上使用域(domain)，他把全部生物分为古生菌域、细菌域和真核生物域，域下面再 分界，把"域"作为分类单元的最高等级。
(1). 种(species): 物种，生物分类中基本的分类单元和分类等 级 高等生物中，物种通常被看作是彼此杂交能繁殖的自然群体，这个群体与其他群体在生殖上是隔离的在这里，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：菌株的一个集合，这批菌株有许多共同稳定特征，并与其他类菌株有显著区别 有相似G+C组成，DNA杂交同源性在70%以上的菌株的集合 (2). 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的分类等级当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元--亚种变种是亚种的同义词在《国际细菌命名法规》(1976年修订本)发表以前，变种是种的亚等级，因"变种"一词易引起词义上的混淆，1976年后，细菌种的亚等级一律采用亚种，不再使用变种3). 属(genus): 介于种(或亚种)与科之间分类等级，也是生物分类中的基本分类单元通常是把具有某些共同特征或密切相关的种归为一个高一级的分类单元，称之属4). 科(family): 系统分类中，把具有某些共同特征或相关的属归为更高一级的分类单元称为科。
(5). 培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等纯培养(pure culture): 单一微生物细胞繁殖产生的培养物.(6). 菌株(strain)：在一个特定分类学中至少与其他一些群体是可以区别的生物群体是来自单个或纯培养物的微生物，一个种内菌株间在许多方面有小差别7). 居群(population)："population"一词也有人译为群体、种群或群丛等，是指一定空间中 同种个体的组合8). 型(form或type)：常指亚种以下的细分当同种或同亚种不同菌株之间的性状存在差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型由于"type"一词既代表"型"又可代表"模式" ，为避免混淆，现在对表示型的词作了修改，用"var"代替"type"现将较常用的 型的含义及其表达方式列于表中 中文译名推荐使用的名称以前使用的同义词应用于只有下列性状的菌株生物型biovarbiotype特殊的生理生化性状血清型serovarserotype不同的抗原特征致病型pathovarpathotype对宿主致病性的差异噬菌型phagovarphagotype lysotype对噬菌体溶解反应的差异形态型morphovarphagotype lysotype特殊的形态学特征常用型的术语及其含义 p322(9). 群(group), 组(section), 系(series):这些类群名称用在不同场合，常常有非常不同的含义，可以是种水平上的类群，也可以代表属以上等级的分类 单元的集合。
如《伯杰氏系统细菌学手册》第一版中，主要根据表型特征将全部原核生物分为33组将假单胞菌属(Pseudomonas)内的90个种分为5组3.微生物的命名 (1). 命名法则• 所有正式分类单元的学名, 必须用拉丁词或其他词源经拉丁化的词命名.• 属名: 一般拉丁字名词，字首字母大写, 主要特征.• 种名: 林奈氏双名法，由二个拉丁字组成，属名(字首字母大写) + 种名加词(全部小写) Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis, Bacillus thuringiensis 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp.来表示单数，spp.来表示复数. 例如 Bacillus sp. Bacillus spp. • 亚种名: 三元式组合;属名+ 种名加词 + subsp. 亚种名加词 Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans 反硝化产碱杆菌氧化木糖亚种 Bacillus subtilus subsp. nigar 枯草芽孢杆菌黑色亚种• 属级以上分类单元的名称 :特定的词尾目 ales Rickettsiales(立克次氏体目) 科 aceae Rickettsiaceae(立克次氏体科) 属 Rickettsia(立克次氏体属)• 属名, 种名, 亚种名印刷体一律斜体. (2). 命名模式模式:是一定分类单元命名的依据, 即对于一个分类单元的命名,应指定一个命名模式, 它是该分类单元的基本单元, 但不一定是该分类单元中最典型或具有代表性的基本单元.种和亚种的命名模式是模式菌株; 属和亚属的命名模式是模式种; 科(以及高于科的分类单元)的命名模式是模式属.(3). 新名称的合格发表: 国际细菌命名法规规定,对于一个新名称的有效发表,必须在International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)上发表, 或其他杂志发表后，必须向IJSEM递交论文拷贝，同时将该菌株培养物保存在美国ATCC或德国DSMZ。
IJSEM 每期公布批准的菌种名，并为其收录在Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology中做好准备发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如新目"ord.nov."、新属"gen.nov."、新种"sp.nov."等例如：Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个新发表的种 4. 细菌分类系统----Bergey’s ManualBergey’s Manual of Determinative Bacteriology1923年宾夕法尼亚大学的细菌学教授David Bergy和四个同事发表了细菌分类法,至1994年,发行了第9版. 从1974年的第8版开始,已经成为世界通用的“官方的分类”如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家；现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家) Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology1984-1989年分4卷出版第一版（给出的系统基本上是表型性的），目前正在分5卷出版该手册的第二版（rRNA,DNA和蛋白质，系统发育）。
伯杰氏系统细菌学手册第一版分类大纲p326伯杰氏系统细菌学手册第二版分类大纲 p327从1984年伯杰氏系统细菌学手册第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料伯杰氏系统细菌学手册第二版中更多地采用了核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展. 二. 微生物分类鉴定的特征和技术1987年, Wayne等提出:一个种的所有菌株DNA的相似性接近或大于70%, DTm≤5℃(一个正式的微生物种的分子学定义)1990年, Murry等提出,只根据核酸序列这种系统发育特征来确定一个属或者一个种是不切实际的.属的最初的分类应该依据表型特征,再确切的分类应该依据于分子学特征.1. 形态学特征(1)培养特征: 最重要是菌落特征：如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光 泽、水溶性色素等 .(2)细胞形态: 形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)大小(其中最重要的是细胞的宽度或直径)排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)(3)特殊的细胞结构: 鞭毛(有无鞭毛、着生位置及其数量);芽孢(有无芽孢、形状、着生位置、孢囊是否膨大)孢子(孢子形状、着生位置、数量及排列);其他(荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连 销体等);超微结构(细胞壁、细胞内膜系统、放线菌孢子表面特征等)(4)细胞内含物: 异染颗粒、聚β-羟丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴孢晶体等(5)染色反应: 革兰氏染色、抗酸性染色 (6)运动性: 鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式 2. 生理生化特征以实用为主要目的表型分类中，大量原核生物的属和种，仅仅根据形态学特征是难以区分和鉴别的，所以生理生化特征往往是这些医学上或其他应用领域中重要细菌分类鉴定的主要特征。
1)营养类型: 光能自养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型(2)对氮源的利用能力: 对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N2等的利用(3)对碳源的利用能力: 对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用(4)对生长因子的需要: 对特殊维生素、氨基酸等的依赖性(5)需氧性: 好氧、微好氧、厌氧及兼性厌氧 (6)对温度的适应性: 最适、最低及最高生长温度及致死温度(7)对pH的适应性: 在一定pH条件下的生长能力及生长的pH范围 (8)对渗透压的适应性: 对盐浓度的耐受性或嗜盐性(9)对抗生素及抑菌剂的敏感性: 对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或某些染 料的敏感性(10)代谢产物:各种特征性代射产物 (11)与宿主的关系: 共生、寄生、致病性等值得强调的是，由于不少生理生化特征是染色体外遗传因子编码的、加上影响生理生化特征表达的因素比较复杂，所以根据生理生化特征来判断亲缘关系进行系统分类时，必须与其他特征特别是基因型特征综合分析，否则就可能导致错误的结论 3. 血清型和噬菌体型(1).血清型: 细菌细胞和病毒等都含有蛋白质、脂蛋白、脂多糖等具有抗原性的物质方法:凝集反应;沉淀反应(凝胶扩散、免疫 电泳); 补体结合;直接或间接的免疫荧光抗体技术;酶联免疫等。