火鸟LV50－战斗边疆山洞第一层 4% 冰鸟LV50－流星瀑布最里层 10% 电鸟LV50－新银叶 4% 超梦LV70－战斗边疆山洞第一层 20% 梦幻LV30－流星瀑布最里层 10% 雷皇LV50－新银叶 1% 炎帝LV50－斗士之路第一层 5% 水君LV50－流星瀑布最里层（水上） 60% 金凤LV30～40火炎近路 4% 洛基亚LV30～35 109号水路 60% 雪拉比LV5-25 119道路 1% 冰柱LV40 看看洞,有乘龙和圣诞企鹅的那一层 1% 岩柱LV50 战斗边疆山洞第一层 4% 钢柱LV50 新银叶 1% 红水都LV40 106水路 1% 蓝水都LV40 107水路 1% 海皇牙LV40 108水路高级钓竿 1% 古拉顿LV40 凹凸山 天空龙LV50 战斗边疆山洞第一层 1% 月映LV20-35 落日山外部 1% 迪奥西斯LV50 战斗边疆山洞第一层 1% 绿宝石在天柱抓天空龙 两大神兽的捕捉方法： 先去天气研究所，和博士对话得知那个地方有天气异常状态（这些地方是随机的，而且出现暴雨或者是烈日现象也是随机的），马上赶往那里……要是迟了的话，地点就会改变了以下的捕捉只是举个例子而已。
海皇牙篇： 如图中所示，是在129号水道发生了大雨现象，那么赶往129水道会有一处地方多出了个能下潜的水域需要仔细找找） 利用潜水潜下去，在里面可以找到一个“海之洞窟うみのどうく”，里面栖息着的就是海皇牙，LV70 古拉顿篇： 如图所示，是在116号道路上出现了烈日现象赶往那里，就能发现多出来个洞窟 那里是“陆之洞窟りくのどうく”，古拉顿在里面呢，LV同样是70 三神柱的捕捉方法： 首先利用潜水来到海中，在水草中遇到一种PMジ-ランス（地图鱼），抓住它然后再去抓ホエルオ-（就是皮皮鲸的进化形巨鲸） 前往132水道中的可以潜水的地点（注意要从水道的下面走），然后上浮 来到一个遗迹里，对着最上面的石板使用TM28的技能挖洞，会出现一个洞，进去后巨鲸把的位置排在第一位，而把地图鱼放在最后一位，然后调查中间的石板，事件之后就能去三神柱的地点了（三神柱的等级都是40） 岩神柱篇：在111号道路的沙漠右下 先调查墙壁,再往后退2步,再往又2步,使用HM06岩碎，洞就会打开 冰神柱篇：在105水道西北 先调查墙壁，然后绕着墙壁走一圈，洞就会打开 钢神柱篇：在120道路左边 在密室中间使用HM05闪光，洞就会打开。
两水都捕捉方法：在通关后刚下楼时的电视里播放的就是水都的影象，在和老妈对话中的选项中选择哪个，之后就会在大地图上随机遇见哪个水都（あか是红，あお是蓝）不过由于遇见它们的几率低下，而且一遇见就逃跑，所以在抓的时候要准备好有能让它们不逃跑的方法，比如有“踩影子”特性的PM果然翁，或者是有黑眼神等让对方无法逃跑的招数的高速PM另外一点，水都的能力在游戏刚开始时就已经定下来了，所以尽量就不要把大师秋浪费在它们身上了首先选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里下车后，妈妈让你上楼去调整时钟调好后下楼，妈妈说博士就在这儿，让你去找他来到隔壁的房间，上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只针鼠追赶，他让你在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑针鼠NO.001 草蜥蜴 草系NO.004 小火鸡 火系NO.006 小水狗 水系（注：对手会选择在属性上克制你的精灵赶跑针鼠后，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。
道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进104号道路的上方是天元森林在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了击败小兵后会获得一个超级球走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶继续前进，抵达金水市以下是金水市训练馆的资料：岩石系训练馆NO.074 小拳石 12级NO.074 小拳石 12级NO.299 磁石怪 15级走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵上前对话后往右走到116号道路在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的BOSS，BOSS会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。
之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战回到天元森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送你到山木镇以下是山木镇训练馆的资料：格斗系训练馆NO.066 腕力 16级NO.307 阿萨那恩 16级NO.296 拳击兔 19级挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找BOSS还会得到学习装置再去找那个老头，他会送你去卡依市刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市在110号道路会遇到对手，以下是对手的资料：小海鸥无壳蜗牛草蜥蜴 20级击败他后可获得探宝仪继续前进可到达银叶市在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆以下是道夫的资料：感知兽 16级以下是银叶市训练馆的资料：电系训练馆NO.100 雷电球 20级NO.309 疾电狗 20级NO.082 三合一磁怪 22级NO.310 电气狗 24级在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。
在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋继续前进就到西达镇了在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力回到银叶市，往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去往右走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带继续前进，穿过113号道路后来到哈吉镇哈吉镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布在流星瀑布里面会遇到水之团和熔岩团的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶击败熔岩团的首领后可取得化石，之后可会哈吉镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员以下是熔岩团首领的资料：恶啸狗 24级火山骆驼 24级超音蝠 24级下山后可来到飞音镇以下是飞音镇训练馆的资料：火系训练馆NO.218 无壳蜗牛 24级NO.322 沙漠骆驼 24级NO.323 火山骆驼 26级NO.324 火山乌龟 29级走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。
现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战以下是天元市训练馆的资料：普通系训练馆NO.327 圈圈兔 27级NO.264 大针鼠 29级NO.288 狂暴猴 27级NO.289 大猩猩 31级打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送你秘传机03冲浪在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了击败二楼的Boss后，气象台所长会送你一只天气小子以下是水之团小头目的资料：三色鲨鱼 28级恶啸狗 28级出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：无壳蜗牛 29级荷叶童子 29级草蜥蜴 31级打倒他后会得到秘传机02飞天继续前进来到日川市日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）回到日川市，对训练馆门前的隐身龙使用喷雾剂即可进去以下是日川市训练馆的资料：飞行系训练馆NO.333 彩云雀 29级NO.357 热带雷龙 29级NO.279 海鸥 30级NO.227 钢鸟 31级NO.334 大云雀 33级继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。
在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料：香蕉叶龙 31级无壳蜗牛 32级海鸥 32级草蜥蜴 34级打败他后，他就飞回家去了在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从水之团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山上山打败熔岩团的人吧回阿田市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象，立即飞往飞音镇，坐缆车上山上到山顶后往下走，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是熔岩团的秘密基地在深处遇到熔岩团首领，古拉顿也在那里对话后要与首领对战，以下是熔岩团首领的资料：恶啸狗 37级黑蝙蝠 38级火山骆驼 39级对话后古拉顿逃跑，熔岩团首领也离开之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走飞回阿田市，在右上方的水域里可进入水之团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走另外，在这个基地里还可捡到一个大师球离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市以下是道谷市训练馆的资料：超能力训练馆（2 VS 2模式）NO.278 天然鸟 41级 and NO.344 三合一土偶 41级NO.337 月神石 42级 and NO.338 太阳神石 42级在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。
来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵以下是熔岩组资料：火山骆驼 36级 and 恶啸狗 42级火山骆驼 44级 and 大嘴蝠 40级黑蝙蝠 43级 and 恶啸狗 38级以下是代后的资料：NO.375 双臂恩古 42级NO.227 钢鸟 43级NO.306 钢甲暴龙 44级打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙对话后要与水之团首领。