建 筑工程施工合同纠纷案中，关于工程款争议占据绝大多数 就审判实践所反映的情况来看，工程款主要通过银行账户、承包人有 关人员或特定的第三方来支付，也有 部分款项是通过以房屋抵偿或 与应扣款项相抵销而视为支付这些支付方式都不同程度的存在着问 题，应当引起审判人员以及承、发包双方的足够重视一、支付给承包人的有关人员发包人将工程款直接支付给实际施工人的情形较多除了实际施 工人以外，承包人的财务人 员、现场负责人或委托授权的其他人往 往也会收取工程款个人收款常见的第一个问题是没有委托授权手续 或手续不规范有的案件中，虽然发包人能够提供承包人 有关人员 收款的凭证，但是不能提供收款人的委托手续，或委托手续授权不明， 由于施工队伍构成复杂、人员流动性大，较难找到收款人进行核实， 甚至根据无法得 知收款人的身份信息，则增加了发生纠纷的几率 第二个问题是没有收款凭据或收款收据不规范个人收款，一般是收 取现金或票据，然后出具收条、收据或经签字 的票据复印件如发 包人收款后没有出具收条，显然会导致承包人举证困难如收款凭据 不能如实、完整地记载收款日期、金额、事由、方式等信息，也容易 引发纠 纷收款日期与实际不符、收款金额大小写不一致、收款事 由未明确与工程的关联性等现象在审判实践中都有所反映，但发生几 率相对较小。
收款人向发包人出具借 条而非收条的情况也时有发生， 实际上当事人之间仅存在建设施工合同关系，不存在借贷关系，出具 借条的真实目的是预收工程款但即使通过书面证据只能认定为 借 款，也可以通过抵销而计入已付的工程款范围票 据支付引发的纠纷亦不少见，除签发空头支票较为常见外，其他 的不规范现象也在案件中有所反映一是签发转账支票时不填写收款 人，几经流转后容易出现问题 实务中还发现最终的收款人不仅不 是支票存根中记载的企业，而且与原被告也从未发生过业务往来，支 票上的内容根本无法如实反映支付情况二是转让银行承兑汇 票时 未进行背书如一起案件中，发包人未经背书，将银行承兑汇票交付 给承包人的经办人员，此后汇票多次流转也未背书背书内容上反映 出的仅是该发包人将支 票背书给最终的收款单位，既没有如实反映 支票的流转过程，也无法证明支付款项的事实三是收取票据的凭证 内容有失完整实践中有的采用收条形式，载明票据 编号、金额或 者附票据复印件；有的采用格式化的收款收据在一些收条和收据中， 仅记载收款的事实，而未载明是采用票据支付的方式，从而引发关于 票据与收条或收据是否指向同一笔款项的争议 参考资料：徐州律师 在履行合同的过程中，发包人需要将一部分工程款支付给第三 方，而承包人对此予以认可或应当认可的，同样具有法律上的效力。
1、支付给约定的第三方发 包人和承包人约定将工程款支付给第三方，该第三方通常是 债权受让人、材料供应商、施工人员、供水供电单位、审计单位、材 料检测单位、规费征收单位等，承包 人对上述第三方有债务，或发 包人按约垫付了应由承包人支付的费用实践中还出现过发包方提前 向承包人支付工程款，但基于某种考虑而通过第三方过账的情况在 双方约定将款项支付给第三方时，没有签订书面协议，或支付的凭据 不完备的情形较多有的发包人在代付费用后，并没有证据证明相应 费用与工程的关联性在 一起涉及代付规费的案件中，由于政策原 因，发包人在立项后即缴纳了工程规费，而后才与承包人签订合同， 但签订合同时规费缴纳标准已作调整，部分规费取消或 减少，双方 没有明确此前多缴纳的规费如何处理，因此由发包人自行承担2、支付给法定第三方 根据合同相对性原理，发包人一般只对承包人履行给付工程款的 义务而《最高院关于审理建设施工合同纠纷案件适用法律问题的解 释》第26条第1 款 规定，实际施工人可以直接向发包人主张权利， 发包人在欠付工程款范围内对实际施工人承担责任发包人据此向实 际施工人支付工程款的，施工单位应予以认可 此外，在转包、分 包或挂靠施工的情形下，实际施工人以承包人名义对外所负材料费 用、人工费用等债务，符合代理或表见代理特征的，相应债权人可向 承包人主张 权利，承包人在履行付款义务后，实际施工人也应予以 认可。
3、支付给基于其他因素确定的第三方在 实践中，个别的承包人或实际施工人恶意逃避债务，行政机 关或司法机关往往会介入协调，由发包人代承包人履行相应债务发 包人代为履行后，即对承包人享有无 因管理之债权，与工程款债务 可作抵销常见情形一是垫付工人工资，二是垫付工伤赔偿款但发 包人垫付后，在诉讼过程中承包人通常会对债权人的主体身份、标的 及垫付款项的真实性提出异议因此，发包人在向第三方付款时，首 先必须在行政机关、司法机关的组织协调下进行，不能擅自向第三方 付款，更不能直接与第三方结算其次，必须仔细核实第三方身份， 且付款额度控制在第三方的债权范围内最后，还要妥善保留证据， 同时寻求相关机关的见证三、以房屋抵偿一 些房地产企业会用其开发的房屋抵偿部分乃至全部工程款 但实际操作中，受房地产交易法规和政策的约束，这种抵偿并不能和 一般意义上的以物抵债一样通过转移 所有权来完成，而是需要承包 人联系购房人、商谈价款后，由开发商直接与购房人签订商品房预售 合同并开具发票，但房款实际由承包人收取这种操作方式本身不 规 范，也容易产生纠纷一方面，从手续上看，虽然购房人由承包人指 定、价格由承包人确定、房款由承包人收取，但商品房预售合同是发 包人（开发商）与购房人 签订，发包人必须按照商品房预售合同的 约定对购房人履行义务，同时还必须举证证明房款已经由承包人收取 的事实。
另一方面，抵偿时的房屋价款与商品房预售合 同约定的价 款之间存在差额部分如何处理，必须先作出明确约定四、抵销应扣款项扣款本身并不属于支付工程款范畴，而是基于一定事由，履行合 同过程中承包人对发包人负有的债务，该债务与工程款债权相互抵 销，具体主要体现为四种情形1、扣除发包人供材料款在 合同约定部分材料由发包人提供的情况下，工程造价需扣除 该部分材料款，双方产生争议的可能性较小在合同未作约定的情形 下，有的是在确定工程造价时直接扣 除，有的则是在既定造价的基 础上，将发包人供材料款计入已付工程款后者产生争议的情况较多， 材料进场后发包人没有及时要求承包人签收确认，导致诉讼过程 中 没有证据证明发包人供材料的数量、价款在一起桩基工程分包单位 与工程总承包单位之间的工程款纠纷案件中，建设单位自行采购工程 所需的钢材，由钢材供应 商直接将钢材运输至制桩的单位，但签收 人又非制桩单位员工从建设单位开始，经由工程总承包单位、桩基 工程分包单位、制桩单位，最后到钢材签收人，都没有 就建设单位 供钢材办理相应的手续，以致建设单位供钢材的规格、数量、价款无 法通过完整的证据链予以证实2、扣除违约金承包人承担的违约金，主要是延误工期的违约金，也有少数是因 未交付竣工材料而产生的违约金。
延误工期违约金的核心问题是竣工 日期及交付日期的确定在发包人将工程分包给不同承包人，但仅对 工程作整体验收的情况下，各承包人如认为实际竣工日期早于整体竣 工日期，需要提供建设单位、监理单位作出书面确认的证据3、扣除质量瑕疵的修复费用施工存在质量问题，应由承包方承担相应的修复费用如双方能 够协商确认金额，可直接从工程款中扣减如不能确认，还需要发包 方委托专业鉴定机构对质量问题进行检查、分析，提出修复方案后再 进行造价鉴定发包人单方作出的扣减决定，对承包人不发生效力4、扣除审计罚款在动用财政资金的建设项目中，通常会约定审计罚则，即送审金 额超出审定金额一定比例的，对承包人处以审计罚款符合约定条件 的审计罚款应当与工程款进行抵销。