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1、【资源】miRNA数据库及靶基因分析软件 miRNA数据库及靶基因分析软件1.miRBase: http:/www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。2.miRecords: http:/mirecords.biolead.org/动物 mirna的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT
2、, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.3.PMRD: http:/BioI http:/cogemir.tigem.it/CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中microRNA在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。5.MicroRNAdb: http:/ http:/www.ma.uni-heidelberg.de/apps/z
3、mf/mirwalk/miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。7.TarBase: http:/diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。8.miRGator:http:/genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.htmlmiRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结
4、合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。9.miRGen:http:/www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.htmlmiRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。10.miRNAMap:http:/mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。11.Vir-Mir:http:/alk.ibms.sinic
5、a.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgiVir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。12.ViTa:http:/vita.mbc.nctu.edu.tw/ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由 miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。13.ASRP Database:http:/asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ASRP网站组织了拟南芥中的
6、小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。14.miRNApath:http:/lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.phpmiRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。15.miRex:http:/miracle.igib.res.in/mirex/miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。16.PolymiRTS:http:/compbio.uthsc.e
7、du/miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.17.SeqBuster:http:/estivill_lab.crg.es/seqbuster/a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pomp
8、eu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.18.WMD3: http:/wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgiWMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Development
9、al Biology, 72076 Tbingen, Germany.19.TargetScan:http:/www.targetscan.org/TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。20.microRNA.org:http:/www.microrna.org/miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。21.PicTar: http:/www.pictar.org/icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以
10、下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包 括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA)。22.RNAhybrid:http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.23.microInspector:http:/bioinfo.uni-plovdi
11、v.bg/microinspector/microInspector提供miRNA结合位点的预测。24.TripletSVM: http:/ http:/ http:/www.oncomir.umn.edu/SMED/index.phpS-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。28.PMRD：http:/ http:/ http:/ 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标
12、。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标31.PITA: http:/genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.htmlPITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。32.RNA22：http:/ http:/www.microrna.org/microrna/home.domiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以碱基互补(如A=U,GC等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错 配，为了体现miRNA3端和5端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数(5端11个碱基得分值乘以该值，然后和3端11个碱 基得分值相加作为碱基互补得分)。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为 miRNA总长)位碱基至少一个错配，
