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1、一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具 这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下列网址于2009年7月8日验证皆可用，若无法访问可尝试代 理。前面有的代表比较重要。很多在线工具需要java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充。1 在线信息数据库部分 SDBS光谱数据库：http:/riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C1
2、3-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以 商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、 元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。生物核磁共振数据库：http:/bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：http:/www.tcm.phy.cam.ac.uk/mdt26/crystal.html 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http:/cccbdb.nist.gov简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不
3、同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 量化频率计算校正因子：http:/cccbdb.nist.gov/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http:/www.acadsoft.co.uk注：需要付费，可免费下载试用版。 NIST化学数据库：http:/webbook.nist.gov/chemistry简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分
4、分子包含3D结构。RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http:/q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php简介：分子的RESP电荷的数据库Uppsala Electron Density Server：http:/eds.bmc.uu.se/eds简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 上海有机所化学专业数据库：http:/2
5、02.127.145.134/scdb/default.htm简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 EMSL基组数据库：https:/bse.pnl.gov/bse/portalClarkson大学相对论有效势数据库：http:/people.clarkson.edu/pac/reps.html含重原子全电子STO基组数据库：http:/ . ls/clickpse.en.htmlChemBioFinder：http:/chembiofinder.cambridgeso . r/Simp
6、leSearch.aspx简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。Sigma-Aldrich公司产品数据库：http:/ . /United_States.html简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。基本物理常数数据库：http:/physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html简介；
7、可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree-eV百奥知识数据库：http:/ 结构数据库部分GLYCAM寡糖数据库：http:/glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp ICSD无机晶体数据库：http:/icsd.ill.fr/icsd/index.php简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 NDB核酸数据库：http:/ndbserver.rutgers.edu简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。PDBbind-CN：http:/ Wiki：http:/pdbwiki
8、.org/index.php/Main_Page简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。sc-PDB：http:/bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 RCSB PDB数据库：http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.doHPDB蛋白质数据库：http:/简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 ZI
9、NC化合物虚拟筛选数据库：http:/zinc.docking.org/index.shtml简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 PubChem：http:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、 XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些
10、结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。SuperNature天然产物数据库：http:/bioinformatics.charite.de/supernatural简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。蛋白质pKa数据库(PPD)：http:/www.jenner.ac.uk/PPD蛋白质分类数据库(CATH
11、)：http:/www.cathdb.info简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi- . i2u1RffMj+-lib+F
12、SSP简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。=3 在线工具部分 Dali server：http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。Dali Database(http:/ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start)每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的
13、pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）：http:/turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html在线生成石墨结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html在线生成碳纳米管结构：http:/turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.htmlADIT蛋白质检查工具：http:/deposit.rcsb.org/adit简介：可
14、以自行上传pdb文件，通过Validate操作，自动通过PROCHECK程序绘制出各种图表用以检查蛋白质。包括ramachandran 图，chi1-chi2图，主链/侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等）、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键 长键角扭曲情况。webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)：http:/pipsa.eml.org/pipsa简介：上传pdb/pqr或输入pdb ID，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下载到运行 期间的中间文件，包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件，可被vmd等软件读取。CASTp：http:/sts-f
